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万見
- PDB-7ztk: NME1 in complex with CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ztk
タイトルNME1 in complex with CoA
要素Nucleoside diphosphate kinase A
キーワードTRANSFERASE / NME1 / complex / nucleoside diphosphate kinase 1 / coenzyme-A
機能・相同性
機能・相同性情報


intermediate filament binding / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / DNA nuclease activity / mammary gland development / nucleoside-diphosphate kinase / gamma-tubulin binding / UTP biosynthetic process ...intermediate filament binding / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / DNA nuclease activity / mammary gland development / nucleoside-diphosphate kinase / gamma-tubulin binding / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / dTMP biosynthetic process / ribosomal small subunit binding / 3'-5' exonuclease activity / lactation / positive regulation of epithelial cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of neuron projection development / ruffle membrane / endocytosis / myelin sheath / single-stranded DNA binding / nervous system development / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / early endosome / negative regulation of gene expression / centrosome / GTP binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Nucleoside diphosphate kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Iuso, D. / Khochbin, S. / Petosa, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Other government フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Nucleoside diphosphate kinases 1 and 2 regulate a protective liver response to a high-fat diet.
著者: Iuso, D. / Garcia-Saez, I. / Coute, Y. / Yamaryo-Botte, Y. / Boeri Erba, E. / Adrait, A. / Zeaiter, N. / Tokarska-Schlattner, M. / Jilkova, Z.M. / Boussouar, F. / Barral, S. / Signor, L. / ...著者: Iuso, D. / Garcia-Saez, I. / Coute, Y. / Yamaryo-Botte, Y. / Boeri Erba, E. / Adrait, A. / Zeaiter, N. / Tokarska-Schlattner, M. / Jilkova, Z.M. / Boussouar, F. / Barral, S. / Signor, L. / Couturier, K. / Hajmirza, A. / Chuffart, F. / Bourova-Flin, E. / Vitte, A.L. / Bargier, L. / Puthier, D. / Decaens, T. / Rousseaux, S. / Botte, C. / Schlattner, U. / Petosa, C. / Khochbin, S.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase A
B: Nucleoside diphosphate kinase A
C: Nucleoside diphosphate kinase A
D: Nucleoside diphosphate kinase A
E: Nucleoside diphosphate kinase A
F: Nucleoside diphosphate kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,97212
ポリマ－105,3676
非ポリマー4,6056
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry, native mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21750 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area34300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.173, 69.450, 116.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nucleoside diphosphate kinase A / NDK A / NDP kinase A / Metastasis inhibition factor NM23 / NDPK-A / Tumor metastatic process- ...NDK A / NDP kinase A / Metastasis inhibition factor NM23 / NDPK-A / Tumor metastatic process-associated protein / nm23-M1


分子量: 17561.199 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NME1 hexamer in complex with CoA / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nme1, Nm23 / プラスミド: pETM-11
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P15532, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 36% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.13 Å / Num. obs: 26764 / % possible obs: 99.23 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 40.72 Å2 / CC1/2: 0.945 / CC star: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.254 / Rpim(I) all: 0.17 / Rrim(I) all: 0.307 / Net I/σ(I): 3.37
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.046 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 2649 / CC1/2: 0.542 / CC star: 0.839 / Rpim(I) all: 0.684 / Rrim(I) all: 1.253 / % possible all: 98.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ui4

5ui4


解像度: 2.6→49.13 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.35 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: TLS was used in the first runs of refinement (1 group/chain), but not in the last runs of refinement.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2893 1322 4.97 %
Rwork0.2725 25271 -
obs0.2733 26593 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.33 Å2 / Biso mean: 47.6645 Å2 / Biso min: 18.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7266 0 254 77 7597
Biso mean--70.9 41.05 -
残基数----912
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.70.37111090.38772821293098
2.7-2.830.36381500.30862732288299
2.83-2.980.31461470.29832782292999
2.98-3.160.31381570.30162797295499
3.16-3.410.31971710.28182770294199
3.41-3.750.29971800.269127542934100
3.75-4.290.25671440.25728512995100
4.29-5.410.24481280.243728602988100
5.41-49.130.26911360.247229043040100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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