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万見
- PDB-7zrz: Structure of the human tRNA splicing endonuclease defines substra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zrz
タイトルStructure of the human tRNA splicing endonuclease defines substrate recognition
要素
  • pre-tRNA Arg TCT 3-2
  • tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
  • tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
  • tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
  • tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNP / endonuclease / tRNA / splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome ...tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease ...tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Sekulovski, S. / Trowitzsch, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)TR 1711/1-7 ドイツ
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of substrate recognition by human tRNA splicing endonuclease TSEN.
著者: Samoil Sekulovski / Lukas Sušac / Lukas S Stelzl / Robert Tampé / Simon Trowitzsch /
要旨: Heterotetrameric human transfer RNA (tRNA) splicing endonuclease TSEN catalyzes intron excision from precursor tRNAs (pre-tRNAs), utilizing two composite active sites. Mutations in TSEN and its ...Heterotetrameric human transfer RNA (tRNA) splicing endonuclease TSEN catalyzes intron excision from precursor tRNAs (pre-tRNAs), utilizing two composite active sites. Mutations in TSEN and its associated RNA kinase CLP1 are linked to the neurodegenerative disease pontocerebellar hypoplasia (PCH). Despite the essential function of TSEN, the three-dimensional assembly of TSEN-CLP1, the mechanism of substrate recognition, and the structural consequences of disease mutations are not understood in molecular detail. Here, we present single-particle cryogenic electron microscopy reconstructions of human TSEN with intron-containing pre-tRNAs. TSEN recognizes the body of pre-tRNAs and pre-positions the 3' splice site for cleavage by an intricate protein-RNA interaction network. TSEN subunits exhibit large unstructured regions flexibly tethering CLP1. Disease mutations localize far from the substrate-binding interface and destabilize TSEN. Our work delineates molecular principles of pre-tRNA recognition and cleavage by human TSEN and rationalizes mutations associated with PCH.
履歴
登録2022年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AP1: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
BP4: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
CP1: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
DP1: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
ZN1: pre-tRNA Arg TCT 3-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,1315
ポリマ－144,1315
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16820 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area41200 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 / Leukocyte receptor cluster member 5 / tRNA-intron endonuclease Sen34 / HsSen34


分子量: 28805.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN34, LENG5, SEN34 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSV6, tRNA-intron lyase
#2: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA-intron endonuclease Sen2 / HsSen2


分子量: 30165.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN2, SEN2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NCE0, tRNA-intron lyase
#3: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / SEN54 homolog / HsSEN54 / tRNA-intron endonuclease Sen54


分子量: 32551.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN54, SEN54 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z6J9
#4: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / SEN15 homolog / HsSEN15 / tRNA-intron endonuclease Sen15


分子量: 23860.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN15, C1orf19, SEN15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WW01
#5: RNA鎖 pre-tRNA Arg TCT 3-2


分子量: 28747.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human TSEN with pre-tRNA-Arg-TCT / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 63 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 282863 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 25.35 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00226903
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50589737
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03731135
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004958
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.87611601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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