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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zql | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | d(CGCGTTAACGCG)2 B-DODECAMER AT 3100 BARS (310 MPa) | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / HIGH PRESSURE | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Prange, T. | 資金援助 | 1件 |
![]() ![]() タイトル: Behavior of B- and Z-DNA Crystals under High Hydrostatic Pressure 著者: Prange, T. / Colloc'h, N. / Dhaussy, A.C. / Lecouvey, M. / Migianu-Griffoni, E. / Girard, E. #1: ![]() タイトル: Adaptation of the base-paired double-helix molecular architecture to extreme pressure. 著者: Girard, E. / Prange, T. / Dhaussy, A.C. / Migianu-Griffoni, E. / Lecouvey, M. / Chervin, J.C. / Mezouar, M. / Kahn, R. / Fourme, R. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 556.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 556.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Dickerson's Dodecamer under hydrostatic pressure / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 % / 解説: ELONGATED COLORLESS NEEDLES |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.9 詳細: 10 micro-L of the nucleotide solution (10 mg/mL in cacodylate buffer) + 10 micro-L of a solution (20-30 % MPD + 0.01 M MGCl2) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日 / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.3738 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→34 Å / Num. obs: 2412 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.616 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 115 / CC1/2: 0.09 / Rpim(I) all: 0.233 / % possible all: 80.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BNA 解像度: 2.55→17.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 12.261 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.68 Å2 / Biso mean: 22.161 Å2 / Biso min: 10.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.55→17.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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