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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zpy | ||||||
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タイトル | Influenza polymerase A C-terminal domain of PA subunit with optimized small peptide inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / antiviral peptides / Influenza A polymerase / protein-protein interaction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Radilova, K. / Brynda, J. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2022 タイトル: Thermodynamic and structural characterization of an optimized peptide-based inhibitor of the influenza polymerase PA-PB1 subunit interaction. 著者: Radilova, K. / Zima, V. / Kral, M. / Machara, A. / Majer, P. / Hodek, J. / Weber, J. / Brynda, J. / Strmen, T. / Konvalinka, J. / Kozisek, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zpy.cif.gz | 114.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zpy.ent.gz | 84.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zpy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zpy_validation.pdf.gz | 442.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zpy_full_validation.pdf.gz | 445.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7zpy_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zpy_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6syiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52939.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/California/07/2009(H1N1) / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: C3W5X6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1302.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-MOE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M MOPS/HEPES; 15% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.72→39.04 Å / Num. obs: 46317 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.815 % / Biso Wilson estimate: 41.616 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.77 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 820273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6SYI 解像度: 1.9→39.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2386 / WRfactor Rwork: 0.1924 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 3.77 / SU ML: 0.106 / SU R Cruickshank DPI: 0.1368 / SU Rfree: 0.1322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.72 Å2 / Biso mean: 42.591 Å2 / Biso min: 24.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→39.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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