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万見
- PDB-7zns: Inactive D62N mutant of BT1760 Endo-acting levanase from Bacteroi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zns
タイトルInactive D62N mutant of BT1760 Endo-acting levanase from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
要素Glycoside hydrolase family 32
キーワードHYDROLASE / Levan / fructan / endo levanase / gut microbiota
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GH32, BT1760-like, C-terminal domain / GH32, BT1760-like, C-terminal domain / : / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-fructofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Basle, A. / Bolam, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/F014163/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Outer membrane utilisomes mediate glycan uptake in gut Bacteroidetes.
著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van ...著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van den Berg / Neil A Ranson /
要旨: Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria ...Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria is mediated by SusCD protein complexes, comprising a membrane-embedded barrel and a lipoprotein lid, which is thought to open and close to facilitate substrate binding and transport. However, surface-exposed glycan-binding proteins and glycoside hydrolases also play critical roles in the capture, processing and transport of large glycan chains. The interactions between these components in the outer membrane are poorly understood, despite being crucial for nutrient acquisition by our colonic microbiota. Here we show that for both the levan and dextran utilization systems of Bacteroides thetaiotaomicron, the additional outer membrane components assemble on the core SusCD transporter, forming stable glycan-utilizing machines that we term utilisomes. Single-particle cryogenic electron microscopy structures in the absence and presence of substrate reveal concerted conformational changes that demonstrate the mechanism of substrate capture, and rationalize the role of each component in the utilisome.
履歴
登録2022年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 32
B: Glycoside hydrolase family 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,47127
ポリマ－118,5982
非ポリマー3,87325
水3,621201
1
A: Glycoside hydrolase family 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,80316
ポリマ－59,2991
非ポリマー2,50415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,66811
ポリマ－59,2991
非ポリマー1,36910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.500, 175.500, 214.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-743-

HOH

21B-753-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 17 - 503 / Label seq-ID: 37 - 523

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 32


分子量: 59298.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_1760 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6W6
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[ha122h-2b_2-5]/1-1-1/a6-b2_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][a-D-Fruf]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DFrufb2-6DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[ha122h-2b_2-5]/1-1/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM mes pH 6.5 and 30% PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→73.71 Å / Num. obs: 73764 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 4.3 % / Num. unique obs: 4314 / CC1/2: 0.549

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
REFMAC5.8.0352精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→73.708 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.218 / WRfactor Rwork: 0.184 / SU B: 9.419 / SU ML: 0.2 / Average fsc free: 0.9355 / Average fsc work: 0.9487 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 3652 4.952 %
Rwork0.2157 70095 -
all0.218 --
obs-73747 99.557 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 42.585 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.169 Å2-0 Å20 Å2
2--2.169 Å2-0 Å2
3----4.338 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→73.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7800 0 230 201 8231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0128228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.67411173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4721.58716229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.815972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.653538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.85101278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.49710410
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21365
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.26422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.23842
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.24151
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3040.263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1590.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0450.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0234.3363894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0224.3363894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4956.494864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4966.494865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7484.6684334
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4074.594251
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5076.8986309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0266.7766184
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.3650.3168838
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.29350.3048821
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0820.0516579
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.081550.0501
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.081550.0501
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.360.3752420.35649250.35754170.8550.85495.38490.333
2.36-2.4240.3622540.35349550.35452530.8620.88499.16240.328
2.424-2.4940.352730.33448670.33551450.9120.91299.90280.302
2.494-2.5710.3532510.28947480.29250000.9210.93999.980.255
2.571-2.6550.3292560.27845830.28148420.9260.94699.9380.237
2.655-2.7480.2812570.25744060.25946630.9420.9541000.22
2.748-2.8520.2542400.24143000.24145410.9570.96199.9780.205
2.852-2.9680.332380.25641090.2643470.9150.9541000.222
2.968-3.10.3031850.24640160.24842020.940.95999.97620.212
3.1-3.2510.2682090.22337880.22639980.950.96899.9750.198
3.251-3.4270.2491860.2136440.21238310.9650.97499.97390.191
3.427-3.6340.231610.18734590.18936210.9680.98199.97240.172
3.634-3.8840.2341790.17532370.17834160.9640.9821000.16
3.884-4.1940.1951530.15430330.15631860.9790.9861000.14
4.194-4.5930.1621370.13728010.13829380.9840.9881000.127
4.593-5.1330.1831250.14225660.14426910.9830.9891000.133
5.133-5.9220.2061060.17422540.17623600.9770.9831000.16
5.922-7.2420.314820.21919510.22220350.950.97199.90170.198
7.242-10.1920.206750.19515410.19516180.9720.97799.87640.191
10.192-73.7080.174430.2559120.2519670.9760.96398.7590.269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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