PDB-7znr: Inactive D62N mutant of BT1760 Endo-acting levanase from Bacteroi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7znr

タイトル

Inactive D62N mutant of BT1760 Endo-acting levanase from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482

要素

Sucrose-6-phosphate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Levan / fructan / endo levanase / gut microbiota

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-fructofuranosidase activity / beta-fructofuranosidase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Basle, A. / Bolam, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Outer membrane utilisomes mediate glycan uptake in gut Bacteroidetes.
著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van ...
要旨: Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria ...

履歴

登録	2022年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7znr.cif.gz	378.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7znr.ent.gz	303.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7znr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7znr_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7znr_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7znr_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	7znr_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7znr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7znr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	15288C 15289C 15290C 15291C 15292C 15293C 7znsC 8a9yC 8aa0C 8aa1C 8aa2C 8aa3C 8aa4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sucrose-6-phosphate hydrolase

B: Sucrose-6-phosphate hydrolase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sucrose-6-phosphate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sucrose-6-phosphate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.720, 174.720, 215.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-701- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 17 - 503 / Label seq-ID: 37 - 523

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Sucrose-6-phosphate hydrolase 分子量: 59298.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: scrB, BSIG_4326, Btheta7330_01254 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0F2Q3, beta-fructofuranosidase

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[ha122h-2b_2-5]/1-1-1-1-1/a6-b2_b6-c2_c6-d2_d6-e2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#4: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[ha122h-2b_2-5]/1-1-1/a6-b2_b6-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][<C6O4>]{[(1+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 17分子

#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M lithium sulfate, 100 mM Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→67.87 Å / Num. obs: 48504 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 15.2 % / Num. unique obs: 4407 / CC_1/2: 0.708 / R_pim(I) all: 0.911

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
xia2		データ削減
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→67.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.159 / SU B: 12.454 / SU ML: 0.24 / Average fsc free: 0.9434 / Average fsc work: 0.9607 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.278 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	2381	4.911 %
R_work	0.1914	46103	-
all	0.194	-	-
obs	-	48484	99.916 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.516 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.516 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.032 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→67.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7800	0	284	5	8089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	8299
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.991	1.69	11246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.588	1.603	16425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.202	5	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.792	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.922	10	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.413	10	410
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	6571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	4362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.349	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.77	5.932	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.769	5.932	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.828	8.88	4864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.828	8.88	4865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.123	6.392	4405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.855	6.346	4358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.664	9.406	6382
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.239	9.338	6311
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.92	69.888	8766
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.92	69.894	8767
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.087	0.05	16081

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08739	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08739	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.65-2.719	0.402	194	0.339	3317	0.342	3527	0.87	0.887	99.5464	0.325
2.719-2.793	0.329	155	0.316	3291	0.316	3450	0.907	0.922	99.8841	0.29
2.793-2.874	0.332	162	0.272	3200	0.275	3367	0.921	0.943	99.8515	0.244
2.874-2.962	0.297	145	0.272	3093	0.273	3239	0.926	0.944	99.9691	0.24
2.962-3.059	0.32	161	0.256	3016	0.259	3178	0.932	0.953	99.9685	0.216
3.059-3.166	0.3	181	0.24	2874	0.244	3056	0.938	0.958	99.9673	0.203
3.166-3.286	0.27	155	0.225	2804	0.227	2963	0.949	0.965	99.865	0.188
3.286-3.419	0.307	153	0.211	2714	0.216	2867	0.934	0.969	100	0.179
3.419-3.571	0.241	132	0.178	2614	0.181	2747	0.961	0.979	99.9636	0.152
3.571-3.745	0.247	106	0.175	2499	0.177	2605	0.96	0.98	100	0.149
3.745-3.947	0.223	126	0.174	2372	0.176	2498	0.967	0.981	100	0.149
3.947-4.185	0.213	113	0.15	2261	0.153	2374	0.976	0.986	100	0.125
4.185-4.473	0.21	117	0.132	2121	0.136	2238	0.977	0.989	100	0.114
4.473-4.83	0.155	109	0.121	1988	0.123	2097	0.987	0.991	100	0.106
4.83-5.288	0.187	86	0.139	1852	0.141	1938	0.98	0.988	100	0.122
5.288-5.908	0.22	80	0.164	1666	0.166	1746	0.978	0.984	100	0.141
5.908-6.813	0.245	74	0.173	1493	0.176	1567	0.962	0.981	100	0.152
6.813-8.323	0.244	51	0.2	1297	0.202	1348	0.964	0.973	100	0.178
8.323-11.683	0.21	51	0.182	1016	0.184	1067	0.972	0.98	100	0.178
11.683-67.87	0.298	30	0.277	615	0.277	648	0.945	0.953	99.537	0.279

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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