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- PDB-7zmt: Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zmt
タイトルCrystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G5-006
要素
  • ATP-dependent DNA helicase Q5
  • Gluebody G5-006
キーワードHYDROLASE / Helicase / Apo form / Nanobody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / four-way junction helicase activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / DNA metabolic process / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA unwinding involved in DNA replication ...mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / four-way junction helicase activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / DNA metabolic process / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA unwinding involved in DNA replication / RNA polymerase II complex binding / 3'-5' DNA helicase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / DNA helicase activity / isomerase activity / helicase activity / replication fork / double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to xenobiotic stimulus / chromosome / mitotic cell cycle / DNA replication / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain ...RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase Q5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Aitkenhead, H. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Gluebodies improve crystal reliability and diversity through transferable nanobody mutations that introduce constitutive crystal contacts
著者: Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Wright, N.D. / Koekemoer, L. / Thompson, A. / Bezerra, G.A. / Yi, G. / Li, H. / Rangel, V.L. / Mamalis, D. / ...著者: Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Wright, N.D. / Koekemoer, L. / Thompson, A. / Bezerra, G.A. / Yi, G. / Li, H. / Rangel, V.L. / Mamalis, D. / Aitkenhead, H. / Gilbert, R.J.C. / Duerr, K. / Davis, B.G. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年10月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet_range
Item: _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id ..._pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_restr_ncs.weight_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Atoms with unrealistic or zero occupancies / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase Q5
B: ATP-dependent DNA helicase Q5
K: Gluebody G5-006
C: Gluebody G5-006
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7566
ポリマ－126,6254
非ポリマー1312
水1,49583
1
A: ATP-dependent DNA helicase Q5
C: Gluebody G5-006
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3783
ポリマ－63,3122
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26230 Å2
手法PISA
2
B: ATP-dependent DNA helicase Q5
K: Gluebody G5-006
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3783
ポリマ－63,3122
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.355, 90.675, 217.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.754, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
32K
42C

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROAA12 - 4514 - 443
211PROPROBB12 - 4514 - 443
322GLNGLNKC1 - 1244 - 127
422GLNGLNCD1 - 1244 - 127

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase Q5 / DNA helicase / RecQ-like type 5 / RecQ5 / RecQ protein-like 5


分子量: 49537.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL5, RECQ5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94762, DNA helicase
#2: 抗体 Gluebody G5-006


分子量: 13775.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium formate -- 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→60.94 Å / Num. obs: 89383 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.13→2.16 Å / Num. unique obs: 4291 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LB5

5lb5


解像度: 2.3→56.743 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.253 / WRfactor Rwork: 0.226 / SU B: 21.447 / SU ML: 0.395 / Average fsc free: 0.5554 / Average fsc work: 0.5784 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.247 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 3471 4.888 %
Rwork0.2636 67544 -
all0.265 --
obs-71015 99.533 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 72.529 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.36 Å2-0 Å26.029 Å2
2---6.964 Å20 Å2
3---1.444 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→56.743 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8729 0 0 83 8812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.64212177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3041.5819553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.76451148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.0421.111477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.663151525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4231576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21625
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.27167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.24199
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.24314
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0590.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1740.227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2110.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.5137.484553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.4997.4814552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.47911.1995693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.48111.25694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.8897.9864437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.8887.9864437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.1111.7226477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.1111.7236478
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it18.008141.3535950
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other18.008141.36435931
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0760.0513667
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1780.053434
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.075620.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.075620.05008
23KX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.177890.05006
24CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.177890.05006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.4942720.4644952X-RAY DIFFRACTION99.0332
2.36-2.4240.4782530.4614798X-RAY DIFFRACTION99.0781
2.424-2.4950.4042530.4484696X-RAY DIFFRACTION99.1784
2.495-2.5710.42290.4364549X-RAY DIFFRACTION99.2728
2.571-2.6560.4692480.4164452X-RAY DIFFRACTION99.3238
2.656-2.7490.3772120.3884250X-RAY DIFFRACTION99.1776
2.749-2.8520.4022330.3734125X-RAY DIFFRACTION99.6342
2.852-2.9690.4161950.343993X-RAY DIFFRACTION99.6906
2.969-3.1010.3472140.3143817X-RAY DIFFRACTION99.7279
3.101-3.2520.3231710.2893693X-RAY DIFFRACTION99.562
3.252-3.4280.312010.2763478X-RAY DIFFRACTION99.783
3.428-3.6350.2741560.2543328X-RAY DIFFRACTION99.7995
3.635-3.8860.2791400.2433144X-RAY DIFFRACTION99.9391
3.886-4.1970.2261440.2122905X-RAY DIFFRACTION99.9344
4.197-4.5970.2411630.192660X-RAY DIFFRACTION99.9292
4.597-5.1380.1981130.1842437X-RAY DIFFRACTION100
5.138-5.9310.243870.2022186X-RAY DIFFRACTION100
5.931-7.2590.201780.1851835X-RAY DIFFRACTION99.8956
7.259-10.2430.157800.1641429X-RAY DIFFRACTION100
10.243-56.7430.311290.249817X-RAY DIFFRACTION98.9474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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