[日本語] English
万見
- PDB-7zmm: Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zmm
タイトルCrystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G2-001
要素
  • ATP-dependent DNA helicase Q5
  • Gluebody G2-001
キーワードHYDROLASE / Helicase / Apo form / Nanobody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / transcription preinitiation complex / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / transcription preinitiation complex / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / DNA helicase activity / replication fork / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to xenobiotic stimulus / mitotic cell cycle / chromosome / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain ...RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase Q5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Aitkenhead, H. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Gluebodies improve crystal reliability and diversity through transferable nanobody mutations that introduce constitutive crystal contacts
著者: Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Wright, N.D. / Koekemoer, L. / Thompson, A. / Bezerra, G.A. / Yi, G. / Li, H. / Rangel, V.L. / Mamalis, D. / ...著者: Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Wright, N.D. / Koekemoer, L. / Thompson, A. / Bezerra, G.A. / Yi, G. / Li, H. / Rangel, V.L. / Mamalis, D. / Aitkenhead, H. / Gilbert, R.J.C. / Duerr, K. / Davis, B.G. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年10月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_contact_author / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity.pdbx_description / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_restr_ncs.weight_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.R_factor_all / _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free / _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work / _refine_ls_shell.wR_factor_R_work / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id
解説: Atoms with unrealistic or zero occupancies / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: ATP-dependent DNA helicase Q5
A: ATP-dependent DNA helicase Q5
C: ATP-dependent DNA helicase Q5
D: ATP-dependent DNA helicase Q5
K: Gluebody G2-001
E: Gluebody G2-001
F: Gluebody G2-001
G: Gluebody G2-001
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,86912
ポリマ－255,6088
非ポリマー2624
水1,71195
1
B: ATP-dependent DNA helicase Q5
F: Gluebody G2-001
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9673
ポリマ－63,9022
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
2
A: ATP-dependent DNA helicase Q5
K: Gluebody G2-001
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9673
ポリマ－63,9022
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26900 Å2
手法PISA
3
C: ATP-dependent DNA helicase Q5
E: Gluebody G2-001
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9673
ポリマ－63,9022
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
4
D: ATP-dependent DNA helicase Q5
G: Gluebody G2-001
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9673
ポリマ－63,9022
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area26440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.612, 183.969, 100.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.124, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
32B
42C
53B
63D
74A
84C
95A
105D
116C
126D
137K
147E
158K
168F
179K
189G
1910E
2010F
2111E
2211G
2312F
2412G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROSERSERBA12 - 4504 - 442
211PROPROSERSERAB12 - 4504 - 442
322PROPROSERSERBA12 - 4524 - 444
422PROPROSERSERCC12 - 4524 - 444
533PROPROSERSERBA12 - 4524 - 444
633PROPROSERSERDD12 - 4524 - 444
744PROPROSERSERAB12 - 4504 - 442
844PROPROSERSERCC12 - 4504 - 442
955PROPROSERSERAB12 - 4504 - 442
1055PROPROSERSERDD12 - 4504 - 442
1166PROPROSERSERCC12 - 4524 - 444
1266PROPROSERSERDD12 - 4524 - 444
1377GLNGLNLEULEUKE1 - 1291 - 129
1477GLNGLNLEULEUEF1 - 1291 - 129
1588GLNGLNALAALAKE1 - 1251 - 125
1688GLNGLNALAALAFG1 - 1251 - 125
1799GLNGLNALAALAKE1 - 1261 - 126
1899GLNGLNALAALAGH1 - 1261 - 126
191010GLNGLNALAALAEF1 - 1251 - 125
201010GLNGLNALAALAFG1 - 1251 - 125
211111GLNGLNALAALAEF1 - 1261 - 126
221111GLNGLNALAALAGH1 - 1261 - 126
231212GLNGLNALAALAFG1 - 1251 - 125
241212GLNGLNALAALAGH1 - 1251 - 125

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12
7Local NCS retraints between domains: 13 14
8Local NCS retraints between domains: 15 16
9Local NCS retraints between domains: 17 18
10Local NCS retraints between domains: 19 20
11Local NCS retraints between domains: 21 22
12Local NCS retraints between domains: 23 24

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent DNA helicase Q5 / DNA helicase / RecQ-like type 5 / RecQ5 / RecQ protein-like 5


分子量: 49537.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL5, RECQ5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94762, DNA helicase
#2: 抗体
Gluebody G2-001


分子量: 14364.772 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium chloride -- 25% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→183.84 Å / Num. obs: 95510 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / Num. unique obs: 4769 / CC1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LB5

5lb5


解像度: 2.5→95.938 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.287 / WRfactor Rwork: 0.24 / SU B: 15.088 / SU ML: 0.317 / Average fsc free: 0.8144 / Average fsc work: 0.8387 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.641 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2806 4407 4.844 %
Rwork0.2356 86568 -
all0.238 --
obs-90975 99.371 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 79.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.817 Å2-0 Å2-2.886 Å2
2--1.73 Å2-0 Å2
3----0.541 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→95.938 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17546 0 0 95 17641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01318018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01717075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.64324406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2481.57939251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.46452306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.55321.246939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.321153063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.14315145
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0220675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.23305
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1780.214645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.28662
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.29357
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1430.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4010.247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3270.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3040.27
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.0538.2759159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.0478.2759158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.83812.40111449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.83712.40211450
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7638.7818859
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.7638.788857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.79112.92112931
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.79112.92112931
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it18.154156.62872296
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other18.155156.62972291
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0810.0513622
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0850.0513691
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0870.0513665
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0880.0513613
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0810.0513617
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.090.0513661
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_70.0980.053709
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_80.0940.053629
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_90.0850.053654
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_100.0830.053667
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_110.0970.053645
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_120.0940.053637
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.080620.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.080620.05009
23BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085070.05009
24CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085070.05009
35BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.086590.05009
36DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.086590.05009
47AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.087880.05009
48CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.087880.05009
59AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.081220.05009
510DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.081220.05009
611CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.089710.05008
612DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.089710.05008
713KX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.097960.05009
714EX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.097960.05009
815KX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.093750.0501
816FX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.093750.0501
917KX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085160.05009
918GX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085160.05009
1019EX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.083110.0501
1020FX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.083110.0501
1121EX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.096520.0501
1122GX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.096520.0501
1223FX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.094140.0501
1224GX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.094140.0501
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.5-2.5650.3773310.36163580.36267370.6060.60699.28750.358
2.565-2.6350.3833440.34562040.34766030.6650.69899.1670.339
2.635-2.7110.382990.33360380.33563840.6850.71699.26380.324
2.711-2.7950.3862690.30959380.31262360.7630.79799.5350.295
2.795-2.8860.3633130.30456720.30760220.7880.81499.38560.285
2.886-2.9880.3722820.29454900.29858000.780.8299.51720.276
2.988-3.10.3262720.26953330.27256380.8390.87199.41470.252
3.1-3.2270.3162570.25651420.25954320.8580.88399.39250.244
3.227-3.370.3322510.2749320.27352130.8390.87299.42450.261
3.37-3.5340.322440.2646940.26349610.8720.90199.53640.256
3.534-3.7250.2852380.2544380.25247030.8880.91299.42590.247
3.725-3.9510.3131830.24442490.24744760.870.999.0170.245
3.951-4.2230.2551950.21740300.21942390.9150.92499.66970.222
4.223-4.5610.2341940.18937040.19139090.9290.9499.71860.2
4.561-4.9950.251700.18334160.18736050.9350.94999.4730.197
4.995-5.5830.2671550.21230990.21432750.9110.93199.35880.225
5.583-6.4430.2771490.22527220.22828850.9150.92699.51470.24
6.443-7.8820.2481300.20122840.20324370.9230.93499.05620.218
7.882-11.1090.198860.17618220.17719260.9550.95599.06540.198
11.109-95.9380.207450.25710030.25510700.9490.92897.94390.325

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る