PDB-7zmp: Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zmp

タイトル

Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-055

要素

ATP-dependent DNA helicase Q5
Gluebody G3-055

キーワード

HYDROLASE / Helicase / Apo form / Nanobody complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / four-way junction helicase activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / transcription preinitiation complex / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II complex binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.626 Å

データ登録者

Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Aitkenhead, H. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Gluebodies improve crystal reliability and diversity through transferable nanobody mutations that introduce constitutive crystal contacts
著者: Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Wright, N.D. / Koekemoer, L. / Thompson, A. / Bezerra, G.A. / Yi, G. / Li, H. / Rangel, V.L. / Mamalis, D. / ...

履歴

登録	2022年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zmp.cif.gz	238.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zmp.ent.gz	183.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zmp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zmp_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zmp_full_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示
XML形式データ	7zmp_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	7zmp_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zmp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zmlC 7zmmC 7zmnC 7zmoC 7zmqC 7zmrC 7zmsC 7zmtC 7zmvC 5lb5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent DNA helicase Q5

B: ATP-dependent DNA helicase Q5

K: Gluebody G3-055

C: Gluebody G3-055

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent DNA helicase Q5

C: Gluebody G3-055

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, RECQL5 and the engineered nanobody G3-055 elute in the same peak on gel filtration
63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP-dependent DNA helicase Q5

K: Gluebody G3-055

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.109, 159.267, 220.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	K
4	2	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	TRP	TRP	A	A	12 - 453	4 - 445
2	1	PRO	PRO	TRP	TRP	B	B	12 - 453	4 - 445
3	2	GLN	GLN	SER	SER	K	C	1 - 124	4 - 127
4	2	GLN	GLN	SER	SER	C	D	1 - 124	4 - 127

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	ATP-dependent DNA helicase Q5 / DNA helicase / RecQ-like type 5 / RecQ5 / RecQ protein-like 5 分子量: 49537.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL5, RECQ5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94762, DNA helicase
#2: 抗体	Gluebody G3-055 分子量: 13670.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.626→129.07 Å / Num. obs: 36355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 3.9
反射シェル	解像度: 3.63→3.69 Å / Num. unique obs: 1772 / CC_1/2: 0.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LB5

5lb5

解像度: 3.626→129.017 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.833 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.779 / SU B: 58.037 / SU ML: 0.789 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.67 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3594	1808	4.997 %
R_work	0.3322	34377	-
all	0.334	-	-
obs	-	36185	99.59 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 125.931 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.787 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.234 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.553 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.626→129.017 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8640	0	0	84	8724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	8859
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	8335
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.375	1.641	12021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.186	1.579	19191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.971	5	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.499	21.716	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.312	15	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.673	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	7547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4062
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.054	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.141	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.394	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.707	13.297	4548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.708	13.297	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	14.224	19.928	5682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	14.223	19.927	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.957	13.9	4311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.956	13.9	4311
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.36	20.556	6308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	13.359	20.555	6309
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	21.252	154.637	9744
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	21.253	154.629	9743
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	13671
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.066	0.05	3547

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05854	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05854	0.05008
2	3	K	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06624	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06624	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.626-3.72	0.437	117	0.46	2488	0.459	2659	0.227	0.214	97.9692	0.451
3.72-3.822	0.41	135	0.415	2401	0.415	2549	0.437	0.429	99.49	0.411
3.822-3.933	0.45	117	0.414	2384	0.416	2516	0.434	0.468	99.4038	0.41
3.933-4.054	0.343	115	0.383	2339	0.382	2465	0.627	0.617	99.5537	0.382
4.054-4.186	0.368	134	0.352	2185	0.353	2330	0.667	0.665	99.5279	0.344
4.186-4.333	0.318	103	0.334	2190	0.333	2298	0.718	0.709	99.7824	0.324
4.333-4.497	0.349	102	0.296	2097	0.298	2209	0.824	0.834	99.5473	0.271
4.497-4.68	0.314	104	0.271	2052	0.273	2164	0.849	0.865	99.6303	0.25
4.68-4.888	0.297	101	0.265	1912	0.266	2019	0.88	0.884	99.7028	0.242
4.888-5.126	0.383	104	0.305	1857	0.309	1961	0.827	0.853	100	0.282
5.126-5.403	0.309	111	0.298	1765	0.299	1879	0.843	0.855	99.8403	0.276
5.403-5.73	0.296	77	0.329	1693	0.327	1772	0.825	0.818	99.8871	0.307
5.73-6.125	0.387	89	0.321	1600	0.324	1692	0.798	0.826	99.8227	0.3
6.125-6.614	0.336	83	0.304	1481	0.305	1564	0.875	0.859	100	0.277
6.614-7.243	0.369	72	0.282	1380	0.286	1453	0.832	0.874	99.9312	0.257
7.243-8.095	0.332	53	0.293	1270	0.295	1324	0.872	0.876	99.9245	0.269
8.095-9.341	0.312	64	0.301	1100	0.302	1165	0.882	0.884	99.9142	0.281
9.341-11.426	0.335	61	0.318	964	0.319	1027	0.868	0.893	99.8053	0.301
11.426-16.096	0.296	37	0.355	757	0.353	794	0.883	0.881	100	0.34
16.096-129.017	0.674	28	0.485	462	0.497	493	0.64	0.772	99.3915	0.455

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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