PDB-7zmo: Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zmo

タイトル

Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-052

要素

ATP-dependent DNA helicase Q5
Gluebody G3-052

キーワード

HYDROLASE / Helicase / Apo form / Nanobody complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / four-way junction helicase activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / DNA metabolic process / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA unwinding involved in DNA replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.75 Å

データ登録者

Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Aitkenhead, H. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Gluebodies improve crystal reliability and diversity through transferable nanobody mutations that introduce constitutive crystal contacts
著者: Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Wright, N.D. / Koekemoer, L. / Thompson, A. / Bezerra, G.A. / Yi, G. / Li, H. / Rangel, V.L. / Mamalis, D. / ...

履歴

登録	2022年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zmo.cif.gz	236.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zmo.ent.gz	180.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zmo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zmo_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zmo_full_validation.pdf.gz	483.5 KB	表示
XML形式データ	7zmo_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	7zmo_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zmo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zmo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zmlC 7zmmC 7zmnC 7zmpC 7zmqC 7zmrC 7zmsC 7zmtC 7zmvC 5lb5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent DNA helicase Q5

B: ATP-dependent DNA helicase Q5

K: Gluebody G3-052

C: Gluebody G3-052

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent DNA helicase Q5

K: Gluebody G3-052

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, RECQL5 and the engineered nanobody G3-052 elute in the same peak on gel filtration
63.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP-dependent DNA helicase Q5

C: Gluebody G3-052

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.517, 150.870, 269.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	K
4	2	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	12 - 452	4 - 444
2	1	PRO	PRO	B	B	12 - 452	4 - 444
3	2	GLN	GLN	K	C	1 - 124	4 - 127
4	2	GLN	GLN	C	D	1 - 124	4 - 127

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	ATP-dependent DNA helicase Q5 / DNA helicase / RecQ-like type 5 / RecQ5 / RecQ protein-like 5 分子量: 49537.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL5, RECQ5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94762, DNA helicase
#2: 抗体	Gluebody G3-052 分子量: 13695.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1M ammonium sulfate -- 0.5% PEG8000 -- 0.1M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.03→100.67 Å / Num. obs: 71635 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 2.5
反射シェル	解像度: 3.03→3.08 Å / Num. unique obs: 3558 / CC_1/2: 0.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LB5

5lb5

解像度: 3.75→100.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.887 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 45.453 / SU ML: 0.589 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.298 / ESU R Free: 0.569 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3063	1891	4.949 %
R_work	0.2832	36322	-
all	0.284	-	-
obs	-	38213	99.854 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 127.165 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.068 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.935 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.867 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.75→100.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8550	0	10	4	8564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	8789
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	8110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.794	1.641	11949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.365	1.577	18642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.793	5	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.897	21.606	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.588	15	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.215	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	7636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.175	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.389	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.405	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.484	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	13.318	13.341	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	13.317	13.341	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	21.087	19.971	5686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	21.085	19.97	5687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.181	14.268	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.18	14.264	4233
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	18.636	20.976	6242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	18.635	20.969	6231
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	31.289	254.619	35984
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	31.289	254.62	35983
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.122	0.05	13212
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.113	0.05	3592

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12241	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12241	0.05008
2	3	K	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11348	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11348	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.75-3.847	0.493	138	0.47	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.7107
3.847-3.953	0.398	160	0.432	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.7779
3.953-4.067	0.38	124	0.4	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.8496
4.067-4.192	0.34	136	0.357	2434	X-RAY DIFFRACTION	99.9222
4.192-4.33	0.331	117	0.316	2350	X-RAY DIFFRACTION	99.7574
4.33-4.481	0.304	123	0.269	2302	X-RAY DIFFRACTION	99.8353
4.481-4.65	0.257	119	0.258	2199	X-RAY DIFFRACTION	99.9138
4.65-4.84	0.384	91	0.271	2151	X-RAY DIFFRACTION	100
4.84-5.055	0.339	111	0.28	2069	X-RAY DIFFRACTION	99.9542
5.055-5.301	0.335	107	0.316	1959	X-RAY DIFFRACTION	99.8068
5.301-5.588	0.328	100	0.317	1880	X-RAY DIFFRACTION	100
5.588-5.926	0.361	84	0.317	1772	X-RAY DIFFRACTION	99.8386
5.926-6.334	0.323	87	0.271	1678	X-RAY DIFFRACTION	99.9434
6.334-6.84	0.245	70	0.242	1595	X-RAY DIFFRACTION	99.8201
6.84-7.491	0.27	83	0.204	1442	X-RAY DIFFRACTION	99.869
7.491-8.372	0.242	64	0.167	1319	X-RAY DIFFRACTION	99.7116
8.372-9.661	0.191	67	0.178	1171	X-RAY DIFFRACTION	100
9.661-11.817	0.19	41	0.18	1028	X-RAY DIFFRACTION	100
11.817-16.648	0.187	39	0.203	800	X-RAY DIFFRACTION	99.881
16.648-100.67	0.389	30	0.413	486	X-RAY DIFFRACTION	99.2308

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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