PDB-7zmn: Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zmn

タイトル

Crystal structure of human RECQL5 helicase APO form in complex with engineered nanobody (Gluebody) G3-048

要素

ATP-dependent DNA helicase Q5
Gluebody G3-048

キーワード

HYDROLASE / Helicase / Apo form / Nanobody complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / four-way junction helicase activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / transcription preinitiation complex / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II complex binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Aitkenhead, H. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Gluebodies improve crystal reliability and diversity through transferable nanobody mutations that introduce constitutive crystal contacts
著者: Ye, M. / Makola, M. / Newman, J.A. / Fairhead, M. / MacLean, E. / Krojer, T. / Wright, N.D. / Koekemoer, L. / Thompson, A. / Bezerra, G.A. / Yi, G. / Li, H. / Rangel, V.L. / Mamalis, D. / ...

履歴

登録	2022年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zmn.cif.gz	237.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zmn.ent.gz	183 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zmn_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zmn_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	7zmn_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	7zmn_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zmn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zmlC 7zmmC 7zmoC 7zmpC 7zmqC 7zmrC 7zmsC 7zmtC 7zmvC 5lb5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent DNA helicase Q5

B: ATP-dependent DNA helicase Q5

K: Gluebody G3-048

C: Gluebody G3-048

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent DNA helicase Q5

C: Gluebody G3-048

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, RECQL5 and the engineered nanobody G3-048 elute in the same peak on gel filtration
63.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP-dependent DNA helicase Q5

K: Gluebody G3-048

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.503, 89.573, 259.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	K
4	2	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	12 - 451	4 - 443
2	1	PRO	PRO	B	B	12 - 451	4 - 443
3	2	GLN	GLN	K	C	1 - 124	4 - 127
4	2	GLN	GLN	C	D	1 - 124	4 - 127

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	ATP-dependent DNA helicase Q5 / DNA helicase / RecQ-like type 5 / RecQ5 / RecQ protein-like 5 分子量: 49537.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL5, RECQ5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94762, DNA helicase
#2: 抗体	Gluebody G3-048 分子量: 13704.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2M ammonium sulfate -- 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→129.63 Å / Num. obs: 49418 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.74→2.79 Å / Num. unique obs: 2406 / CC_1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LB5

5lb5

解像度: 3.2→129.528 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.885 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 25.875 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.487 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2746	1559	4.986 %
R_work	0.2419	29708	-
all	0.244	-	-
obs	-	31267	99.535 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.309 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.037 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.047 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→129.528 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8686	0	17	27	8730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	8957
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	8469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.643	12145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.262	1.579	19477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.333	5	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.083	21.161	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.994	15	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.607	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	7722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	4166
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.196	7.228	4542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.195	7.228	4541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.375	10.825	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.374	10.825	5677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.985	7.621	4414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.988	7.625	4402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.239	11.225	6451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.245	11.231	6434
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.141	83.148	9658
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.142	83.143	9657
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.089	0.05	13762
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.069	0.05	3729

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08903	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08903	0.05008
2	3	K	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06902	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06902	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.2-3.283	0.352	107	0.333	2160	0.334	2268	0.688	0.726	99.9559	0.296
3.283-3.373	0.355	115	0.316	2070	0.318	2202	0.782	0.78	99.228	0.272
3.373-3.471	0.366	86	0.323	2089	0.325	2189	0.736	0.786	99.3604	0.287
3.471-3.577	0.369	107	0.288	1981	0.293	2096	0.756	0.807	99.6183	0.257
3.577-3.695	0.307	92	0.281	1935	0.283	2035	0.849	0.849	99.6069	0.253
3.695-3.824	0.297	126	0.26	1845	0.263	1983	0.877	0.879	99.3949	0.227
3.824-3.968	0.276	112	0.254	1807	0.255	1929	0.897	0.897	99.4816	0.226
3.968-4.13	0.239	84	0.218	1738	0.219	1830	0.91	0.923	99.5628	0.193
4.13-4.314	0.227	75	0.201	1685	0.202	1769	0.932	0.937	99.4912	0.175
4.314-4.524	0.189	76	0.186	1626	0.186	1708	0.949	0.947	99.6487	0.167
4.524-4.769	0.222	67	0.196	1556	0.197	1628	0.944	0.938	99.6929	0.18
4.769-5.057	0.235	96	0.204	1424	0.206	1524	0.931	0.935	99.7375	0.185
5.057-5.406	0.283	59	0.214	1389	0.217	1456	0.924	0.94	99.4505	0.194
5.406-5.838	0.282	62	0.262	1288	0.263	1355	0.912	0.919	99.631	0.234
5.838-6.394	0.312	59	0.28	1196	0.281	1259	0.832	0.88	99.6823	0.252
6.394-7.147	0.259	65	0.198	1074	0.201	1144	0.92	0.945	99.5629	0.18
7.147-8.248	0.239	54	0.183	969	0.186	1026	0.932	0.95	99.7076	0.165
8.248-10.092	0.234	47	0.204	836	0.205	887	0.95	0.956	99.549	0.192
10.092-14.229	0.19	38	0.204	648	0.203	689	0.976	0.974	99.5646	0.198
14.229-129.528	0.458	32	0.39	392	0.395	436	0.806	0.873	97.2477	0.367

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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