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- PDB-7zm2: Crystal structure of HsaD from Mycobacterium tuberculosis in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zm2
タイトルCrystal structure of HsaD from Mycobacterium tuberculosis in complex with Cyclophostin-like inhibitor CyC8b
要素4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
キーワードHYDROLASE / HsaD / M. tuberculosis / cholesterol / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 4,5-9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / biological process involved in interaction with host / steroid biosynthetic process / lipid catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9SW / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Barelier, S. / Roig-Zamboni, V. / Cavalier, J.F. / Sulzenbacher, G.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Direct capture, inhibition and crystal structure of HsaD (Rv3569c) from M. tuberculosis.
著者: Barelier, S. / Avellan, R. / Gnawali, G.R. / Fourquet, P. / Roig-Zamboni, V. / Poncin, I. / Point, V. / Bourne, Y. / Audebert, S. / Camoin, L. / Spilling, C.D. / Canaan, S. / Cavalier, J.F. / Sulzenbacher, G.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
B: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2959
ポリマ－65,9732
非ポリマー1,3217
水1,946108
1
A: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子

A: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子

B: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子

B: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,58918
ポリマ－131,9464
非ポリマー2,64314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+3/21
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z+1/21
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
Buried area10500 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area38910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.834, 87.187, 105.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2 / 4-dienoate hydrolase / HOPDA hydrolase / Meta-cleavage product ...2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2 / 4-dienoate hydrolase / HOPDA hydrolase / Meta-cleavage product hydrolase / MCP hydrolase


分子量: 32986.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: hsaD, bphD, Rv3569c
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WNH5, 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-9SW / methoxy-[(3~{R})-3-[(2~{R})-1-methoxy-1,3-bis(oxidanylidene)butan-2-yl]pentadecyl]phosphinic acid


分子量: 420.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES Na 0.1 M NH4SO4 1.656 M PEG400 5.76%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980114 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980114 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.26 Å / Num. obs: 36843 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 30.436 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.2711.41.3493556431320.6960.4131.4122.499.8
9.07-45.269.80.04760186120.9990.0150.0535.699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZJT

7zjt


解像度: 2.2→45.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.451 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 1853 5 %RANDOM
Rwork0.1754 ---
obs0.1779 34964 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.47 Å2 / Biso mean: 36.045 Å2 / Biso min: 10.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→45.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4388 0 35 108 4531
Biso mean--68.09 33.82 -
残基数----568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0134524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8081.6376126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3891.5789806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0715566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.78620.645248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.84715712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4081540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021116
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 131 -
Rwork0.249 2545 -
all-2676 -
obs--99.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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