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万見

- PDB-7zm0: Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zm0

タイトル

Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

キーワード

HYDROLASE / DUB / UCHL1 / UCH-L1 / UCHL-1 / deubiquitinase / ubiquitin / cyanopyrrolidine / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

axon target recognition / male germ cell proliferation / alpha-2A adrenergic receptor binding / muscle cell development / neuron projection terminus / adult walking behavior / neuromuscular process / eating behavior / axonal transport of mitochondrion / protein deubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Grethe, C. / Gersch, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for specific inhibition of the deubiquitinase UCHL1.
著者: Grethe, C. / Schmidt, M. / Kipka, G.M. / O'Dea, R. / Gallant, K. / Janning, P. / Gersch, M.

履歴

登録	2022年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zm0.cif.gz	971.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zm0.ent.gz	679.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7zm0_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zm0_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7zm0_validation.xml.gz	81.4 KB	表示
CIF形式データ	7zm0_validation.cif.gz	103.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zm0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2etlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

E: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

F: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

G: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

H: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

I: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

J: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

255 kDa, 10 ポリマー
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A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
25.5 kDa, 1 ポリマー
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B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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E: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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F: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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G: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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H: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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I: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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J: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.926, 144.414, 158.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1 / UCH-L1 / Neuron cytoplasmic protein 9.5 / PGP 9.5 / PGP9.5 / Ubiquitin thioesterase L1 分子量: 25153.643 Da / 分子数: 10 / 変異: lysine-dimethylated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCHL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09936, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-JMF / (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide / (3S)-1-cyano-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide, reacted form of 分子量: 392.454 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→62.5 Å / Num. obs: 63622 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 46.07 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.24→2.54 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 3744 / CC_1/2: 0.917 / R_rim(I) all: 0.499 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHASER	2.8.3	位相決定
DIALS	3.1.3	データ収集
xia2	0.7.90	データ削減
STARANISO	3.335 23	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ETL

2etl

解像度: 2.24→62.5 Å / SU ML: 0.3045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.6274
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2878	1630	2.56 %
R_work	0.2401	61944	-
obs	0.2413	63574	56.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→62.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15574	0	290	331	16195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	16163
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5092	21866
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1517	2467
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	2878
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9034	5623

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.24-2.3	0.4455	6	0.3592	193	X-RAY DIFFRACTION	2.14
2.3-2.38	0.3607	17	0.3623	760	X-RAY DIFFRACTION	8.36
2.38-2.46	0.4097	32	0.3341	1359	X-RAY DIFFRACTION	14.97
2.46-2.56	0.3836	49	0.3393	1837	X-RAY DIFFRACTION	20.23
2.56-2.68	0.3641	67	0.3567	2550	X-RAY DIFFRACTION	27.94
2.68-2.82	0.42	101	0.3447	4186	X-RAY DIFFRACTION	45.86
2.82-3	0.3993	160	0.3409	5942	X-RAY DIFFRACTION	64.94
3-3.23	0.3487	218	0.2898	7950	X-RAY DIFFRACTION	87.24
3.23-3.55	0.3199	242	0.2562	9120	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.55-4.07	0.2739	242	0.2159	9203	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.07-5.12	0.2155	246	0.189	9293	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.12-62.5	0.2833	250	0.2335	9551	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.94600619174	2.89677596595	0.198829057851	3.34438443155	-0.677272217646	4.50919692688	0.378954418888	-0.0807737893774	0.226579550788	-0.0705289311187	0.172550821173	-0.482261639955	-0.832348517067	0.65994875557	-0.542657162369	0.55281597684	-0.209331220269	0.21034231612	0.433640735786	-0.078595375753	0.385501956469	-33.2241999547	-22.1864024728	-0.586046924847
2	3.30619997226	-0.498294492368	-0.895201867192	4.26685969077	1.62064820395	5.10956445924	0.203399540423	-0.585986690489	0.408232133931	0.0426079545839	-0.157481005844	0.803591735164	-1.19870471843	-0.197071022732	-0.0644234859186	0.525641183403	-0.0714193411729	0.266594430036	0.373360252793	-0.0518188999623	0.515506267549	-46.2075141521	-21.0259936616	10.0166244236
3	1.27849379513	0.306626042146	0.0957223701657	0.283595931929	0.59777173061	3.31592361906	0.15670778919	-0.614920405449	-0.0120706949464	0.3672929351	-0.312181708237	-0.205065523509	0.118891521131	0.773059494464	0.0659853617347	0.788419772974	-0.483476682994	-0.117941830187	2.22906846886	-0.0811483983044	0.310172154058	-28.1244293606	-25.2632019566	26.0776521435
4	5.26224843549	0.879503947911	-0.659941697512	4.00596276419	-0.465627083979	3.95928184021	-0.119963346367	-0.569873380907	-0.811145513736	0.00947886213451	-0.0469186763033	-0.148493500879	0.409349733208	0.465082853648	0.178666458908	0.252977169347	-0.0135636155214	0.156094776574	0.253769601732	0.0238819357423	0.318692759623	-36.4202601361	-35.4594036325	6.73807783121
5	3.5496988404	0.810880193822	-2.8197582943	2.31603142992	-0.543531909998	5.81526180541	0.0200885432705	-0.432245801491	-0.406299011347	-0.12909546831	-0.242435365636	-0.634177008353	-0.178975212421	1.05719958542	0.203466618047	0.224458712941	-0.0395177843797	0.141070439729	0.479051135944	-0.0735233149759	0.287597641768	-28.1249612556	-30.4338407115	0.15891539994
6	3.04884490606	-1.45714847929	-0.834940544536	2.01729443186	0.751040877787	6.76428987159	0.414892540877	-0.65316251903	0.194700374997	0.259473590741	-0.14810466832	-0.03200458275	-0.901761075811	0.655137104941	-0.13930036061	0.424233629239	-0.215867809601	0.211575150474	0.520613766261	-0.162244791371	0.189453292416	-36.6522768402	-23.4816316461	12.5179394646
7	4.42779897598	-1.25496653094	-2.13720803057	4.37702252949	-0.809000685678	6.35355385527	0.366288782956	-1.19765629239	0.253571122703	0.73343569271	-0.219358866724	0.18757894379	-0.559302080282	0.549453315189	-0.132925702991	0.415743059395	-0.0558164470081	0.151310994958	0.605643521109	-0.029882169068	0.330064360148	-41.6109197796	-25.7172703437	18.9542023093
8	8.94909511492	0.96778789874	-0.439367078365	0.925921938523	1.47930774331	8.2196544449	0.317498464282	0.147842048375	-0.900757136005	0.522899870083	0.287837195245	1.34432235324	0.580488018132	-0.635801871332	-0.616744998475	0.3467700725	0.0845070094218	0.00865569537308	0.529352850736	0.243093307618	0.641186059876	-7.44854425094	-13.1922924661	-17.9997234894
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51	2.28529397381	-1.70081632538	-0.495158131418	1.51243299425	0.595835894511	4.09689405672	0.140023800484	0.40612052017	-0.506165094774	-1.37672685392	-0.746043798596	1.22172236614	-0.759291968882	-0.820771775496	0.552349927543	1.20537531897	0.124244466309	-0.397615070956	0.545848239406	-0.225366389484	0.876908755467	-56.9209609836	-8.60215075507	-26.9843150593
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54	6.22291402349	1.63332864645	2.85038420941	9.52034128628	5.66067330878	5.41332443978	-0.233898399215	0.242858488656	0.106026534481	0.293110815728	0.30467836968	0.358529835219	-0.263141311406	0.428685167493	-0.0770832807459	0.446987605097	0.0055051507253	0.0836835630596	0.301990445537	-0.117745082365	0.375600852119	-50.7301423938	5.94643623664	2.16482482166
55	2.38588383624	0.613245636886	-0.303153073498	2.69057692657	1.95639893038	6.37683090569	-0.289633665928	-0.218764098395	0.0390532508368	1.24378190117	-0.305938064152	0.982543756298	0.919227044255	-0.672810512314	0.55293092472	0.946657432876	0.0279879417145	0.362592559054	0.496279703	-0.168181271683	0.854810672189	-58.2894894167	0.247133311715	10.0519497217
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -2 through 19 )	A	A	-2 - 19	1 - 22
2	2	chain 'A' and (resid 20 through 56 )	A	A	20 - 56	23 - 59
3	3	chain 'A' and (resid 57 through 69 )	A	A	57 - 69	60 - 72
4	4	chain 'A' and (resid 70 through 125 )	A	A	70 - 125	73 - 128
5	5	chain 'A' and (resid 126 through 149 )	A	A	126 - 149	129 - 152
6	6	chain 'A' and (resid 150 through 168 )	A	A	150 - 168	153 - 164
7	7	chain 'A' and (resid 169 through 221 )	A	A	169 - 221	165 - 213
8	8	chain 'B' and (resid -2 through 9 )	B	C	-2 - 9	1 - 12
9	9	chain 'B' and (resid 10 through 45 )	B	C	10 - 45	13 - 48
10	10	chain 'B' and (resid 46 through 102 )	B	C	46 - 102	49 - 105
11	11	chain 'B' and (resid 103 through 149 )	B	C	103 - 149	106 - 152
12	12	chain 'B' and (resid 150 through 175 )	B	C	150 - 175	153 - 172
13	13	chain 'B' and (resid 176 through 192 )	B	C	176 - 192	173 - 189
14	14	chain 'B' and (resid 193 through 222 )	B	C	193 - 222	190 - 219
15	15	chain 'C' and (resid 1 through 19 )	C	E	1 - 19	1 - 19
16	16	chain 'C' and (resid 20 through 35 )	C	E	20 - 35	20 - 35
17	17	chain 'C' and (resid 36 through 56 )	C	E	36 - 56	36 - 56
18	18	chain 'C' and (resid 57 through 70 )	C	E	57 - 70	57 - 70
19	19	chain 'C' and (resid 71 through 101 )	C	E	71 - 101	71 - 101
20	20	chain 'C' and (resid 102 through 112 )	C	E	102 - 112	102 - 112
21	21	chain 'C' and (resid 113 through 136 )	C	E	113 - 136	113 - 136
22	22	chain 'C' and (resid 137 through 166 )	C	E	137 - 166	137 - 157
23	23	chain 'C' and (resid 167 through 221 )	C	E	167 - 221	158 - 204
24	24	chain 'D' and (resid 0 through 35 )	D	G	0 - 35	1 - 36
25	25	chain 'D' and (resid 36 through 136 )	D	G	36 - 136	37 - 137
26	26	chain 'D' and (resid 137 through 168 )	D	G	137 - 168	138 - 163
27	27	chain 'D' and (resid 169 through 222 )	D	G	169 - 222	164 - 217
28	28	chain 'E' and (resid 0 through 31 )	E	I	0 - 31	1 - 32
29	29	chain 'E' and (resid 32 through 125 )	E	I	32 - 125	33 - 126
30	30	chain 'E' and (resid 126 through 167 )	E	I	126 - 167	127 - 162
31	31	chain 'E' and (resid 168 through 207 )	E	I	168 - 207	163 - 202
32	32	chain 'E' and (resid 208 through 223 )	E	I	208 - 223	203 - 218
33	33	chain 'F' and (resid -1 through 31 )	F	K	-1 - 31	1 - 33
34	34	chain 'F' and (resid 32 through 69 )	F	K	32 - 69	34 - 71
35	35	chain 'F' and (resid 70 through 168 )	F	K	70 - 168	72 - 158
36	36	chain 'F' and (resid 169 through 222 )	F	K	169 - 222	159 - 208
37	37	chain 'G' and (resid -1 through 19 )	G	M	-1 - 19	1 - 21
38	38	chain 'G' and (resid 20 through 56 )	G	M	20 - 56	22 - 58
39	39	chain 'G' and (resid 57 through 89 )	G	M	57 - 89	59 - 91
40	40	chain 'G' and (resid 90 through 147 )	G	M	90 - 147	92 - 149
41	41	chain 'G' and (resid 148 through 168 )	G	M	148 - 168	150 - 162
42	42	chain 'G' and (resid 169 through 190 )	G	M	169 - 190	163 - 184
43	43	chain 'G' and (resid 191 through 222 )	G	M	191 - 222	185 - 212
44	44	chain 'H' and (resid -1 through 19 )	H	O	-1 - 19	1 - 21
45	45	chain 'H' and (resid 20 through 45 )	H	O	20 - 45	22 - 47
46	46	chain 'H' and (resid 46 through 102 )	H	O	46 - 102	48 - 104
47	47	chain 'H' and (resid 103 through 149 )	H	O	103 - 149	105 - 151
48	48	chain 'H' and (resid 150 through 168 )	H	O	150 - 168	152 - 166
49	49	chain 'H' and (resid 169 through 222 )	H	O	169 - 222	167 - 220
50	50	chain 'I' and (resid 0 through 31 )	I	Q	0 - 31	1 - 32
51	51	chain 'I' and (resid 32 through 136 )	I	Q	32 - 136	33 - 133
52	52	chain 'I' and (resid 137 through 175 )	I	Q	137 - 175	134 - 161
53	53	chain 'I' and (resid 176 through 222 )	I	Q	176 - 222	162 - 206
54	54	chain 'J' and (resid -1 through 35 )	J	S	-1 - 35	1 - 37
55	55	chain 'J' and (resid 36 through 136 )	J	S	36 - 136	38 - 134
56	56	chain 'J' and (resid 137 through 221 )	J	S	137 - 221	135 - 200

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