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- PDB-7zln: Crystal structure of SOCS2:ElonginB:ElonginC in complex with comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zln
タイトルCrystal structure of SOCS2:ElonginB:ElonginC in complex with compound 11
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Suppressor of cytokine signaling 2
キーワードLIGASE / E3 ligase / suppressor of cytokine signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding ...negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of multicellular organism growth / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / regulation of signal transduction / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / mammary gland alveolus development / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Growth hormone receptor signaling / cellular response to hormone stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Negative regulation of FLT3 / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / regulation of cell growth / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to estradiol / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin B / Elongin-C ...Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin B / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JI9 / Suppressor of cytokine signaling 2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ramachandran, S. / Ciulli, A. / Makukhin, N.
資金援助European Union, スイス, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2012-StG-311460 DrugE3CRLsEuropean Union
Innovative Medicines Initiative875510 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure-based design of a phosphotyrosine-masked covalent ligand targeting the E3 ligase SOCS2.
著者: Ramachandran, S. / Makukhin, N. / Haubrich, K. / Nagala, M. / Forrester, B. / Lynch, D.M. / Casement, R. / Testa, A. / Bruno, E. / Gitto, R. / Ciulli, A.
履歴
登録2022年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of cytokine signaling 2
B: Elongin-B
C: Elongin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9144
ポリマ－43,3963
非ポリマー5181
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.687, 52.258, 77.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.941, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of cytokine signaling 2 / SOCS-2 / Cytokine-inducible SH2 protein 2 / CIS-2 / STAT-induced STAT inhibitor 2 / SSI-2


分子量: 19273.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOCS2, CIS2, SSI2, STATI2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14508
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: 化合物 ChemComp-JI9 / [4-[(2~{S})-3-[(4-fluoranyl-3-methyl-phenyl)methylamino]-2-[2-(4-fluorophenyl)ethanoylamino]-3-oxidanylidene-propyl]phenyl] dihydrogen phosphate


分子量: 518.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25F2N2O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Tris-bicine, PEG8K (9-14%), ethylene glycol (26-20%) with seeding
PH範囲: 6.5-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→54.01 Å / Num. obs: 13506 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 61.01 Å2 / CC1/2: 0.103 / Rpim(I) all: 0.763 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Num. unique obs: 962 / CC1/2: 0.005

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SBC

解像度: 2.6→53.93 Å / SU ML: 0.6534 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.8056
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3338 674 5.28 %
Rwork0.2799 12087 -
obs0.2827 12761 94.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→53.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2618 0 36 28 2682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55323700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0395425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7155385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.80.45671240.44712042X-RAY DIFFRACTION81.74
2.8-3.080.38021110.38642371X-RAY DIFFRACTION91.89
3.08-3.520.38211480.31982534X-RAY DIFFRACTION99.48
3.52-4.440.36231590.27732500X-RAY DIFFRACTION98.3
4.44-53.930.25851320.22812640X-RAY DIFFRACTION99.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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