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Yorodumi- PDB-7zls: co-crystal structure of SOCS2:ElonginB:ElonginC in complex with c... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7zls | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | co-crystal structure of SOCS2:ElonginB:ElonginC in complex with compound 13 | |||||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / E3 ligase / suppressor of cytokine signaling | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / cytokine receptor binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / elongin complex / growth hormone receptor binding / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex ...negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / cytokine receptor binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / elongin complex / growth hormone receptor binding / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / mammary gland alveolus development / regulation of signal transduction / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Growth hormone receptor signaling / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cellular response to hormone stimulus / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / insulin-like growth factor receptor binding / lactation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Negative regulation of FLT3 / positive regulation of neuron differentiation / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of cell growth / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytokine-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to estradiol / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.92 Å | |||||||||
Authors | Ramachandran, S. / Ciulli, A. / Makukhin, N. | |||||||||
| Funding support | European Union, Switzerland, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023Title: Structure-based design of a phosphotyrosine-masked covalent ligand targeting the E3 ligase SOCS2. Authors: Ramachandran, S. / Makukhin, N. / Haubrich, K. / Nagala, M. / Forrester, B. / Lynch, D.M. / Casement, R. / Testa, A. / Bruno, E. / Gitto, R. / Ciulli, A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7zls.cif.gz | 686.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7zls.ent.gz | 470.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7zls.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7zls_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7zls_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 7zls_validation.xml.gz | 63 KB | Display | |
| Data in CIF | 7zls_validation.cif.gz | 84.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zls | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7zlmC ![]() 7zlnC ![]() 7zloC ![]() 7zlpC ![]() 7zlrC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 12 molecules ADJGBEKHCFLI
| #1: Protein | Mass: 19273.268 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SOCS2, CIS2, SSI2, STATI2 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 13147.781 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOB, TCEB2 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 10974.616 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOC, TCEB1 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 548 molecules 




| #4: Chemical | ChemComp-EDO / | ||
|---|---|---|---|
| #5: Chemical | ChemComp-JH9 / [ #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.36 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Bis-Tris propane 6.5, 20 % w/v PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9201 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 24, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9201 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.92→63.18 Å / Num. obs: 146767 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 42.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.8 |
| Reflection shell | Resolution: 1.92→1.95 Å / Num. unique obs: 7206 / CC1/2: 0.407 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: SBC Resolution: 1.92→63.18 Å / SU ML: 0.3119 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.6442 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 53.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.92→63.18 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Controller
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Switzerland, 2items
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