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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zlm | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of SOCS2:ElonginB:ElonginC in complex with compound MN551 | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / E3 ligase / suppressor of cytokine signaling | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway ...JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of multicellular organism growth / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / mammary gland alveolus development / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Growth hormone receptor signaling / cellular response to hormone stimulus / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Negative regulation of FLT3 / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of cell growth / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / insulin-like growth factor receptor binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to estradiol / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Ramachandran, S. / Ciulli, A. / Makukhin, N. | |||||||||
資金援助 | European Union, スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure-based design of a phosphotyrosine-masked covalent ligand targeting the E3 ligase SOCS2. 著者: Ramachandran, S. / Makukhin, N. / Haubrich, K. / Nagala, M. / Forrester, B. / Lynch, D.M. / Casement, R. / Testa, A. / Bruno, E. / Gitto, R. / Ciulli, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zlm.cif.gz | 702.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zlm.ent.gz | 479.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zlm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zlm_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zlm_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zlm_validation.xml.gz | 58.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zlm_validation.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zlm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19273.268 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOCS2, CIS2, SSI2, STATI2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14508 #2: タンパク質 | 分子量: 13147.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370 #3: タンパク質 | 分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369 #4: 化合物 | ChemComp-JIH / [ #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Bis-Tris propane 6.5, 20 % w/v PEG 3350 with seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→78.37 Å / Num. obs: 181660 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 29.52 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 1.605 / Num. unique obs: 8234 / CC1/2: 0.351 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SBC 解像度: 1.79→78.37 Å / SU ML: 0.2662 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.4531 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→78.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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