PDB-7zlf: Mutant L39Y-L58F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zlf

タイトル

Mutant L39Y-L58F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex with endogenous fatty acid

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutation / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kurpiewska, K. / Bonarek, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2023
タイトル: beta-Lactoglobulin variants as potential carriers of pramoxine: Comprehensive structural and biophysical studies.
著者: Bonarek, P. / Mularczyk, D. / Loch, J.I. / Kurpiewska, K. / Dziedzicka-Wasylewska, M.

履歴

登録	2022年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zlf.cif.gz	75.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zlf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zlf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zlf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zlf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z9zC 7za0C 7zcdC 1bsyS 7zdc C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.245, 53.245, 111.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-332- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18317.047 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L39Y, L58F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-DUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P02754

-
非ポリマー , 5種, 66分子

#2: 化合物	ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.4 M in 0.5 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→15.21 Å / Num. obs: 11150 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_rim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / R_merge(I) obs: 1.046 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 898 / CC_1/2: 0.631 / R_rim(I) all: 1.181 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 2.1→15.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 11.72 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.186

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2374	1052	9.454 %
R_work	0.1912	10076	-
all	0.196	-	-
obs	-	11128	99.357 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.259 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.397 Å²	0.198 Å²	-0 Å²
2-	-	0.397 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.287 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→15.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1216	0	28	61	1305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.629	1.649	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.248	1.583	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.98	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.708	25.357	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.725	15	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.936	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.234	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.013	3.101	609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.003	3.099	608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.17	4.627	756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.169	4.629	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.477	3.524	652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.454	3.494	649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.041	5.122	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.023	5.072	935
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.147	35.617	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.125	35.544	1271

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.34	62	0.277	728	0.282	794	0.758	0.794	99.4962	0.268
2.154-2.211	0.296	77	0.268	702	0.271	784	0.81	0.827	99.3622	0.259
2.211-2.274	0.296	65	0.24	678	0.245	747	0.843	0.873	99.4645	0.228
2.274-2.343	0.289	57	0.247	665	0.25	725	0.879	0.883	99.5862	0.231
2.343-2.417	0.325	64	0.242	666	0.249	734	0.847	0.892	99.455	0.228
2.417-2.5	0.323	53	0.236	622	0.242	676	0.876	0.904	99.8521	0.213
2.5-2.592	0.288	68	0.197	595	0.206	663	0.909	0.933	100	0.188
2.592-2.694	0.297	59	0.212	586	0.22	646	0.919	0.932	99.8452	0.193
2.694-2.81	0.296	75	0.215	559	0.225	634	0.908	0.924	100	0.2
2.81-2.942	0.223	56	0.197	554	0.199	610	0.917	0.938	100	0.191
2.942-3.095	0.233	59	0.19	505	0.195	564	0.939	0.945	100	0.183
3.095-3.274	0.229	45	0.173	492	0.178	537	0.942	0.958	100	0.168
3.274-3.489	0.156	70	0.179	439	0.176	509	0.958	0.958	100	0.178
3.489-3.752	0.26	41	0.179	446	0.186	487	0.928	0.959	100	0.179
3.752-4.085	0.196	44	0.158	413	0.162	457	0.956	0.962	100	0.16
4.085-4.527	0.182	46	0.141	367	0.146	414	0.964	0.974	99.7585	0.144
4.527-5.152	0.18	32	0.146	346	0.149	378	0.966	0.977	100	0.153
5.152-6.136	0.296	32	0.193	294	0.202	326	0.934	0.96	100	0.201
6.136-8.047	0.241	28	0.198	244	0.203	272	0.924	0.955	100	0.206
8.047-15.21	0.263	19	0.197	174	0.204	198	0.96	0.966	97.4747	0.214

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.2183 Å / Origin y: 4.9196 Å / Origin z: 3.5662 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0946 Å²	-0.0481 Å²	-0.0299 Å²	-	0.0347 Å²	0.0194 Å²	-	-	0.0199 Å²
L	0.1855 °²	0.0912 °²	0.4031 °²	-	1.085 °²	0.3023 °²	-	-	1.3017 °²
S	-0.0891 Å °	0.0734 Å °	0.0495 Å °	-0.0268 Å °	-0.0011 Å °	0.0997 Å °	-0.0366 Å °	0.1186 Å °	0.0903 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	201
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	202

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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