PDB-7za0: Mutant L58F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7za0

タイトル

Mutant L58F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex with pramocaine

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / ligand / mutation / pramocaine

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kurpiewska, K. / Bonarek, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2023
タイトル: beta-Lactoglobulin variants as potential carriers of pramoxine: Comprehensive structural and biophysical studies.
著者: Bonarek, P. / Mularczyk, D. / Loch, J.I. / Kurpiewska, K. / Dziedzicka-Wasylewska, M.

履歴

登録	2022年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7za0.cif.gz	79.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7za0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7za0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7za0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7za0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z9zC 7zcdC 7zlfC 1bsyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.722, 53.722, 112.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18267.031 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L58F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-PX9 / Pramocaine / プラモキシン分子量: 293.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate in 0.5 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→13.84 Å / Num. obs: 11346 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 933 / CC_1/2: 0.78 / R_rim(I) all: 0.491 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 2.1→13.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 12.388 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.179

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2242	1058	9.342 %
R_work	0.1747	10267	-
all	0.179	-	-
obs	-	11325	98.401 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.695 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0.09 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.585 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→13.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1215	0	26	130	1371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	1.648	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.239	1.583	2887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.715	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.036	25.536	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.511	15	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.611	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.048	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.307	2.918	609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.307	2.917	608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.616	4.348	756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.614	4.349	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.9	3.434	653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.898	3.415	650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.831	4.954	946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.838	4.919	941
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.736	34.647	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.613	34.298	1284

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.292	70	0.266	749	0.268	836	0.812	0.807	97.9665	0.269
2.154-2.211	0.334	90	0.252	687	0.26	787	0.818	0.861	98.7294	0.251
2.211-2.274	0.24	51	0.221	698	0.223	754	0.897	0.896	99.3369	0.218
2.274-2.342	0.26	57	0.216	705	0.22	773	0.889	0.905	98.577	0.211
2.342-2.416	0.261	54	0.209	657	0.213	716	0.886	0.916	99.3017	0.201
2.416-2.498	0.25	66	0.197	635	0.202	706	0.925	0.93	99.2918	0.184
2.498-2.589	0.328	65	0.202	632	0.213	699	0.85	0.911	99.7139	0.187
2.589-2.691	0.291	61	0.205	593	0.214	659	0.902	0.916	99.2413	0.191
2.691-2.806	0.257	78	0.192	551	0.2	629	0.923	0.935	100	0.178
2.806-2.937	0.206	46	0.147	570	0.152	616	0.96	0.964	100	0.134
2.937-3.088	0.219	42	0.17	539	0.173	581	0.941	0.954	100	0.158
3.088-3.265	0.259	50	0.17	498	0.178	548	0.927	0.945	100	0.163
3.265-3.477	0.194	62	0.162	479	0.166	543	0.955	0.962	99.6317	0.155
3.477-3.736	0.196	72	0.16	422	0.165	497	0.96	0.967	99.3964	0.155
3.736-4.063	0.183	43	0.149	416	0.152	464	0.959	0.969	98.9224	0.145
4.063-4.494	0.159	46	0.132	375	0.134	427	0.968	0.98	98.5948	0.126
4.494-5.1	0.179	31	0.126	338	0.13	380	0.968	0.982	97.1053	0.123
5.1-6.045	0.224	21	0.211	315	0.212	346	0.939	0.951	97.1098	0.208
6.045-7.834	0.37	28	0.173	243	0.189	286	0.897	0.962	94.7552	0.169
7.834-13.84	0.164	25	0.166	165	0.166	207	0.969	0.975	91.7874	0.162

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.5929 Å / Origin y: 4.6352 Å / Origin z: 3.5473 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1676 Å²	-0.0416 Å²	-0.0183 Å²	-	0.0488 Å²	0.0226 Å²	-	-	0.0139 Å²
L	0.2099 °²	0.3531 °²	0.1793 °²	-	0.9988 °²	0.3613 °²	-	-	1.3613 °²
S	-0.1518 Å °	0.0428 Å °	0.0352 Å °	-0.1061 Å °	0.0566 Å °	0.0819 Å °	-0.047 Å °	0.1638 Å °	0.0952 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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