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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zkz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cystinosin from Arabidopsis thaliana bound to two nanobodies | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Cystinosin / PQ-loop protein / proton coupling / cystine transport | ||||||
機能・相同性 | Lysosomal cystine transporter / Repeated motif present between transmembrane helices in cystinosin, yeast ERS1p, mannose-P-dolichol utilization defect 1, and other hypothetical proteins. / PQ-loop repeat / PQ loop repeat / plant-type vacuole / lysosomal membrane / Cystinosin homolog![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Loebel, M. / Newstead, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for proton coupled cystine transport by cystinosin. 著者: Lobel, M. / Salphati, S.P. / El Omari, K. / Wagner, A. / Tucker, S.J. / Parker, J.L. / Newstead, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zk1SC ![]() 7zkwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31902.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: At5g40670, MNF13.23 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 13888.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 13157.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.75 詳細: 28% PEG 500DME, 100 mM MES-NaOH, pH 5.75, 150 mM K-formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月25日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.329→104.76 Å / Num. obs: 31727 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 61.36 Å2 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 7.9 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7ZK1 解像度: 2.329→20.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.26 / SU Rfree Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.216
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原子変位パラメータ | Biso max: 131.19 Å2 / Biso mean: 66.88 Å2 / Biso min: 43.51 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.329→20.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.33→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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