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万見
- PDB-7zks: SRPK1 IN COMPLEX WITH INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zks
タイトルSRPK1 IN COMPLEX WITH INHIBITOR
要素SRSF protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / SRPK1 / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / positive regulation of viral genome replication / RNA splicing / chromosome segregation ...sperm DNA condensation / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / positive regulation of viral genome replication / RNA splicing / chromosome segregation / nuclear matrix / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / innate immune response / protein serine/threonine kinase activity / chromatin / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IXQ / SRSF protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Graedler, U.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: MSC-1186, a Highly Selective Pan-SRPK Inhibitor Based on an Exceptionally Decorated Benzimidazole-Pyrimidine Core.
著者: Schroder, M. / Leiendecker, M. / Gradler, U. / Braun, J. / Blum, A. / Wanior, M. / Berger, B.T. / Kramer, A. / Muller, S. / Esdar, C. / Knapp, S. / Heinrich, T.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SRSF protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5833
ポリマ－44,0851
非ポリマー4972
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.877, 74.877, 309.168
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 SRSF protein kinase 1 / SFRS protein kinase 1 / Serine/arginine-rich protein-specific kinase 1 / SR-protein-specific kinase 1


分子量: 44085.406 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN,KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRPK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96SB4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-IXQ / N-[3-[[[2-(6-chloranyl-5-fluoranyl-1H-benzimidazol-2-yl)pyrimidin-4-yl]amino]methyl]pyridin-2-yl]-N-methyl-methanesulfonamide / N-(3-{[2-(5-Chloro-6-fluoro-1H-benzoimidazol-2-yl)-pyrimidin-4-ylamino]-methyl}-pyridin-2-yl)-N-methyl-methanesulfonamide


分子量: 461.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17ClFN7O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 5 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, 20 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→64.85 Å / Num. obs: 23552 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 53.917 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.059 / Rsym value: 0.053 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 19.84
反射 シェル解像度: 2.28→2.53 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique obs: 6045 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.586 / Rsym value: 0.526 / % possible all: 94.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (8-JUN-2022)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5xv7

5xv7


解像度: 2.28→25.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU R Cruickshank DPI: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.315 / SU Rfree Blow DPI: 0.247 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2897 1258 5.34 %RANDOM
Rwork0.2428 ---
obs0.2455 23537 96 %-
原子変位パラメータBiso max: 108.97 Å2 / Biso mean: 52.35 Å2 / Biso min: 18.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0496 Å20 Å20 Å2
2---6.0496 Å20 Å2
3---12.0991 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→25.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2830 0 32 168 3030
Biso mean--50.15 51.01 -
残基数----348
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1024SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes483HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2934HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion370SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2277SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2934HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3977HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.53
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 23 4.88 %
Rwork0.3469 448 -
all0.351 471 -
obs--92.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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