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- PDB-7zkr: Human GABARAP in complex with stapled peptide Pen3-ortho -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zkr
タイトルHuman GABARAP in complex with stapled peptide Pen3-ortho
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
  • Pen3-ortho
キーワードPROTEIN BINDING / Autophagy-related protein / stapled peptide / GABARAP / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / microtubule associated complex / Macroautophagy / beta-tubulin binding / axoneme ...positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / microtubule associated complex / Macroautophagy / beta-tubulin binding / axoneme / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / smooth endoplasmic reticulum / autophagosome / protein targeting / sperm midpiece / microtubule cytoskeleton organization / protein transport / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / Golgi membrane / ubiquitin protein ligase binding / synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ORTHO-XYLENE / PHOSPHATE ION / Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Ueffing, A. / Brown, H. / Willbold, D. / Kritzer, J.A. / Weiergraeber, O.H.
資金援助 米国, ドイツ, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM125856 米国
National Science Foundation (NSF, United States)US, 2003010 米国
German Research Foundation (DFG)267205415 ドイツ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Design of Stapled Peptides That Bind GABARAP and Inhibit Autophagy.
著者: Brown, H. / Chung, M. / Uffing, A. / Batistatou, N. / Tsang, T. / Doskocil, S. / Mao, W. / Willbold, D. / Bast Jr., R.C. / Lu, Z. / Weiergraber, O.H. / Kritzer, J.A.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
B: Pen3-ortho
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0227
ポリマ－15,5962
非ポリマー4275
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.030, 99.030, 99.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

CL

21B-209-

HOH

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 14086.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95166
#2: タンパク質・ペプチド Pen3-ortho


分子量: 1509.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: residues (NH2) and (OXE) are not matched although they are present in coordinate file. Please check.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 211分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-OXE / ORTHO-XYLENE / o-キシレン


分子量: 106.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: magnesium acetate, sodium cacodylate, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→70.02 Å / Num. obs: 65281 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.77 % / Biso Wilson estimate: 12.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.48
反射 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 4816 / CC1/2: 0.559 / Rrim(I) all: 1.694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D32

3d32


解像度: 1.1→49.51 Å / SU ML: 0.1115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 16.8494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.167 3265 5 %
Rwork0.14 62012 -
obs0.1413 65277 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1068 0 25 206 1299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00461375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79041881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0859187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7537524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.120.39131400.35072657X-RAY DIFFRACTION99.96
1.12-1.130.3041420.29512686X-RAY DIFFRACTION100
1.13-1.150.2361400.18842672X-RAY DIFFRACTION100
1.15-1.170.17961420.1712696X-RAY DIFFRACTION100
1.17-1.190.17161410.16512677X-RAY DIFFRACTION99.96
1.19-1.220.17211420.14572686X-RAY DIFFRACTION100
1.22-1.240.20081390.16242649X-RAY DIFFRACTION99.96
1.24-1.270.22141410.16962688X-RAY DIFFRACTION99.93
1.27-1.30.15841420.14392690X-RAY DIFFRACTION100
1.3-1.330.17751400.142663X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.370.16741420.12982694X-RAY DIFFRACTION100
1.37-1.410.16621410.13112685X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.450.15411420.11972687X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.50.15231420.11542701X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.560.13591420.1132699X-RAY DIFFRACTION99.96
1.56-1.640.14781400.1082668X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.720.12691430.1162706X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.830.16591420.13162708X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.970.15261430.13152704X-RAY DIFFRACTION99.89
1.97-2.170.1351420.12882701X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.480.16591430.13792729X-RAY DIFFRACTION99.93
2.48-3.130.17831440.14382737X-RAY DIFFRACTION100
3.13-49.510.17051500.14082829X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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