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- PDB-7zjt: Crystal structure of HsaD from Mycobacterium tuberculosis at 1.96... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zjt
タイトルCrystal structure of HsaD from Mycobacterium tuberculosis at 1.96 A resolution
要素4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HsaD / M. tuberculosis (結核菌) / cholesterol (コレステロール)
機能・相同性
機能・相同性情報


4,9-DSHA hydrolase activity / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / chlorophyllase activity / 4,5-9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / chlorophyll metabolic process / biological process involved in interaction with host / steroid biosynthetic process / : ...4,9-DSHA hydrolase activity / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / chlorophyllase activity / 4,5-9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / chlorophyll metabolic process / biological process involved in interaction with host / steroid biosynthetic process / : / lipid catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Barelier, S. / Roig-Zamboni, V. / Cavalier, J.F. / Sulzenbacher, G.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Direct capture, inhibition and crystal structure of HsaD (Rv3569c) from M. tuberculosis.
著者: Barelier, S. / Avellan, R. / Gnawali, G.R. / Fourquet, P. / Roig-Zamboni, V. / Poncin, I. / Point, V. / Bourne, Y. / Audebert, S. / Camoin, L. / Spilling, C.D. / Canaan, S. / Cavalier, J.F. / Sulzenbacher, G.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
B: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2047
ポリマ－65,9732
非ポリマー2305
水5,278293
1
A: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子

A: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子

B: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子

B: 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,40714
ポリマ－131,9464
非ポリマー46110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+3/21
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z+1/21
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
Buried area10120 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area39440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.810, 87.416, 106.182
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2 / 4-dienoate hydrolase / HOPDA hydrolase / Meta-cleavage product ...2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2 / 4-dienoate hydrolase / HOPDA hydrolase / Meta-cleavage product hydrolase / MCP hydrolase


分子量: 32986.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: hsaD, bphD, Rv3569c
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WNH5, 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES Sodium 0.1 M NH4SO4 1.5 M PEG400 10%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.953725 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→45.38 Å / Num. obs: 51930 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 14.812 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.96-2.019.91.1652.134340.6530.3781.22894.4
8.98-45.3890.03144.16340.9990.0110.03399.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.03 Å45.38 Å
Translation5.03 Å45.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VF2

2vf2


解像度: 1.96→45.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.476 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 2689 5.2 %RANDOM
Rwork0.1831 ---
obs0.1849 49214 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.04 Å2 / Biso mean: 25.002 Å2 / Biso min: 4.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å2-0 Å20 Å2
2--0.91 Å2-0 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→45.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4388 0 11 293 4692
Biso mean--44.15 31 -
残基数----568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.6386119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3561.5779863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9915572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.16320.645248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0715715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9561540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021119
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 205 -
Rwork0.282 3390 -
obs--94.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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