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- PDB-7zjp: Optimization of TEAD P-Site Binding Fragment Hit into In Vivo Act... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zjp
タイトルOptimization of TEAD P-Site Binding Fragment Hit into In Vivo Active Lead MSC-4106
要素Transcriptional enhancer factor TEF-1
キーワードTRANSCRIPTION / IMMUNOGLOBULIN-LIKE FOLD / ACTIVATOR / DISEASE MUTATION / DNA-BINDING / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION-PROTEIN BINDING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly ...TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JJU / Transcriptional enhancer factor TEF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Freire, F. / Heinrich, T. / Petersson, C. / Schneider, R. / Garg, S. / Schwarz, D. / Gunera, J. / Seshire, A. / Koetzner, L. / Schlesiger, S. ...Freire, F. / Heinrich, T. / Petersson, C. / Schneider, R. / Garg, S. / Schwarz, D. / Gunera, J. / Seshire, A. / Koetzner, L. / Schlesiger, S. / Musil, D. / Schilke, H. / Doerfel, B. / Diehl, P. / Boepple, P. / Lemos, A.R. / Sousa, P.M.F. / Freire, F. / Bandeiras, T.M. / Carswell, E. / Pearson, N. / Sirohi, S. / Hooker, M. / Trivier, E. / Broome, R. / Balsiger, A. / Crowden, A. / Dillon, C. / Wienke, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Optimization of TEAD P-Site Binding Fragment Hit into In Vivo Active Lead MSC-4106 .
著者: Heinrich, T. / Peterson, C. / Schneider, R. / Garg, S. / Schwarz, D. / Gunera, J. / Seshire, A. / Kotzner, L. / Schlesiger, S. / Musil, D. / Schilke, H. / Doerfel, B. / Diehl, P. / Bopple, P. ...著者: Heinrich, T. / Peterson, C. / Schneider, R. / Garg, S. / Schwarz, D. / Gunera, J. / Seshire, A. / Kotzner, L. / Schlesiger, S. / Musil, D. / Schilke, H. / Doerfel, B. / Diehl, P. / Bopple, P. / Lemos, A.R. / Sousa, P.M.F. / Freire, F. / Bandeiras, T.M. / Carswell, E. / Pearson, N. / Sirohi, S. / Hooker, M. / Trivier, E. / Broome, R. / Balsiger, A. / Crowden, A. / Dillon, C. / Wienke, D.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9297
ポリマ－50,9222
非ポリマー1,0075
水1,51384
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0124
ポリマ－25,4611
非ポリマー5513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9163
ポリマ－25,4611
非ポリマー4552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.359, 108.359, 132.162
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-1 / NTEF-1 / Protein GT-IIC / TEA domain family member 1 / TEAD-1 / Transcription factor 13 / TCF-13


分子量: 25460.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD1, TCF13, TEF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P28347
#2: 化合物 ChemComp-JJU / 2-methyl-4-[4-(trifluoromethyl)phenyl]pyrazolo[3,4-b]indole-7-carboxylic acid


分子量: 359.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H12F3N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2 M Ammonium Sulfate 20 % w/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999909 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999909 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→83.8 Å / Num. obs: 30690 / % possible obs: 74.7 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.19→2.39 Å / Num. unique obs: 1535 / CC1/2: 0.566 / Rpim(I) all: 0.557

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KYS

3kys


解像度: 2.19→27.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.219 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.196
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1497 4.88 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.193 30662 74.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 140.94 Å2 / Biso mean: 60.09 Å2 / Biso min: 29.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6358 Å20 Å20 Å2
2--0.6358 Å20 Å2
3----1.2717 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→27.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 67 84 3638
Biso mean--61.67 58.52 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1290SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes619HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3656HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion449SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3957SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3656HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4937HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.6
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 24 3.91 %
Rwork-590 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5060.05430.45261.66350.07971.6794-0.0887-0.06-0.06270.03010.03950.1328-0.0656-0.28410.0491-0.08660.00950.0254-0.0934-0.0413-0.107316.218241.39670.6163
21.02330.31210.09441.23570.51941.661-0.091-0.07480.09390.04020.0198-0.0395-0.204-0.04330.0712-0.0681-0.01-0.044-0.0515-0.0911-0.080842.297954.198215.3515
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A207 - 426
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B209 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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