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- PDB-7zjq: Human TEAD3 in complex with 1-Cyclopentyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyrid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zjq
タイトルHuman TEAD3 in complex with 1-Cyclopentyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxylic acid
要素(Transcriptional enhancer factor TEF-5) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / IMMUNOGLOBULIN-LIKE FOLD / ACTIVATOR / DISEASE MUTATION / DNA-BINDING / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION-PROTEIN BINDING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / embryonic organ development / female pregnancy / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...asymmetric neuroblast division / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / embryonic organ development / female pregnancy / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional enhancer factor TEF-5 (TEAD3) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain ...Transcriptional enhancer factor TEF-5 (TEAD3) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JIK / Transcriptional enhancer factor TEF-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Musil, D. / Sousa, C.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Optimization of TEAD P-Site Binding Fragment Hit into In Vivo Active Lead MSC-4106 .
著者: Heinrich, T. / Peterson, C. / Schneider, R. / Garg, S. / Schwarz, D. / Gunera, J. / Seshire, A. / Kotzner, L. / Schlesiger, S. / Musil, D. / Schilke, H. / Doerfel, B. / Diehl, P. / Bopple, P. ...著者: Heinrich, T. / Peterson, C. / Schneider, R. / Garg, S. / Schwarz, D. / Gunera, J. / Seshire, A. / Kotzner, L. / Schlesiger, S. / Musil, D. / Schilke, H. / Doerfel, B. / Diehl, P. / Bopple, P. / Lemos, A.R. / Sousa, P.M.F. / Freire, F. / Bandeiras, T.M. / Carswell, E. / Pearson, N. / Sirohi, S. / Hooker, M. / Trivier, E. / Broome, R. / Balsiger, A. / Crowden, A. / Dillon, C. / Wienke, D.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-5
B: Transcriptional enhancer factor TEF-5
C: Transcriptional enhancer factor TEF-5
D: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1768
ポリマ－101,2514
非ポリマー9254
水1,51384
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5562
ポリマ－25,3251
非ポリマー2311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5402
ポリマ－25,3091
非ポリマー2311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5402
ポリマ－25,3091
非ポリマー2311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5402
ポリマ－25,3091
非ポリマー2311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.470, 121.660, 154.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-5 / DTEF-1 / TEA domain family member 3 / TEAD-3


分子量: 25324.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD3, TEAD5, TEF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99594
#2: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-5 / DTEF-1 / TEA domain family member 3 / TEAD-3


分子量: 25308.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD3, TEAD5, TEF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99594
#3: 化合物
ChemComp-JIK / 1-cyclopentylpyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxylic acid


分子量: 231.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM Sodium Acetate, 100 mM Calcium acetate,, 10% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→47.771 Å / Num. obs: 72638 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.095→2.22 Å / Num. unique obs: 11388 / CC1/2: 0.04 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (3-FEB-2022)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EMW

5emw


解像度: 2.095→47.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.22 / SU Rfree Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2789 3597 5 %RANDOM
Rwork0.2566 ---
obs0.2578 71971 98.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 243.9 Å2 / Biso mean: 92.75 Å2 / Biso min: 49.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.6189 Å20 Å20 Å2
2---26.4795 Å20 Å2
3----0.1394 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.89 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.095→47.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6770 0 68 84 6922
Biso mean--77.34 80.47 -
残基数----835
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2459SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1185HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7084HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion881SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4600SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7084HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9575HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.1
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5201 71 4.93 %
Rwork0.5481 1369 -
all0.5467 1440 -
obs--72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85180.35940.59611.546-1.27082.4738-0.0173-0.04-0.03570.0077-0.09330.03470.075-0.06960.1105-0.08540.0280.0532-0.0024-0.152-0.0489-10.9298-1.08910.9303
22.102-1.1424-1.18930.01690.11262.92610.01080.09210.06430.0665-0.074-0.21490.1353-0.06070.0632-0.21590.00110.03740.0901-0.0396-0.0803-1.04354.1909-23.222
32.4099-0.7137-0.41990.5745-0.71580.5927-0.0138-0.11430.013-0.23580.03220.2344-0.0252-0.0037-0.0185-0.1309-0.0159-0.05510.0632-0.152-0.0442-26.667715.1415-29.424
45.88820.8606-0.927802.81261.11270.00460.0785-0.01390.25080.0647-0.02260.22660.1087-0.0693-0.03650.1093-0.052-0.11770.14220.026914.84496.841620.0374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A219 - 434
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B219 - 434
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C219 - 434
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D219 - 434

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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