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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zjq | ||||||
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タイトル | Human TEAD3 in complex with 1-Cyclopentyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxylic acid | ||||||
要素 | (Transcriptional enhancer factor TEF-5) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / IMMUNOGLOBULIN-LIKE FOLD / ACTIVATOR / DISEASE MUTATION / DNA-BINDING / NUCLEUS (細胞核) / PHOSPHOPROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION-PROTEIN BINDING COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 asymmetric neuroblast division / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / embryonic organ development / female pregnancy / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...asymmetric neuroblast division / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / embryonic organ development / female pregnancy / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å | ||||||
データ登録者 | Musil, D. / Sousa, C.M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Optimization of TEAD P-Site Binding Fragment Hit into In Vivo Active Lead MSC-4106 . 著者: Heinrich, T. / Peterson, C. / Schneider, R. / Garg, S. / Schwarz, D. / Gunera, J. / Seshire, A. / Kotzner, L. / Schlesiger, S. / Musil, D. / Schilke, H. / Doerfel, B. / Diehl, P. / Bopple, P. ...著者: Heinrich, T. / Peterson, C. / Schneider, R. / Garg, S. / Schwarz, D. / Gunera, J. / Seshire, A. / Kotzner, L. / Schlesiger, S. / Musil, D. / Schilke, H. / Doerfel, B. / Diehl, P. / Bopple, P. / Lemos, A.R. / Sousa, P.M.F. / Freire, F. / Bandeiras, T.M. / Carswell, E. / Pearson, N. / Sirohi, S. / Hooker, M. / Trivier, E. / Broome, R. / Balsiger, A. / Crowden, A. / Dillon, C. / Wienke, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zjq.cif.gz | 356.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zjq.ent.gz | 292.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zjq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zjq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7zjpC 5emwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25324.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD3, TEAD5, TEF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99594 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 25308.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD3, TEAD5, TEF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99594 #3: 化合物 | ChemComp-JIK / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 100 mM Sodium Acetate, 100 mM Calcium acetate,, 10% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9998 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.095→47.771 Å / Num. obs: 72638 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.095→2.22 Å / Num. unique obs: 11388 / CC1/2: 0.04 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EMW 解像度: 2.095→47.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.22 / SU Rfree Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
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原子変位パラメータ | Biso max: 243.9 Å2 / Biso mean: 92.75 Å2 / Biso min: 49.53 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.89 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.095→47.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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