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- PDB-7zjm: Crystal structure of a complex between CspZ from Borrelia burgdor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zjm
タイトルCrystal structure of a complex between CspZ from Borrelia burgdorferi strain B408 and human FH SCR domains 6-7
要素
  • Complement factor H
  • CspZ
キーワードIMMUNE SYSTEM / Lyme disease / complement system / borreliosis / BBH06.
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade ...regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / heparin binding / blood microparticle / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Complement factor H
類似検索 - 構成要素
生物種Borreliella burgdorferi (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Brangulis, K. / Marcinkiewicz, A. / Hart, T.M. / Dupuis, A.P. / Zamba Campero, M. / Nowak, T.A. / Stout, J.L. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Bogans, J. ...Brangulis, K. / Marcinkiewicz, A. / Hart, T.M. / Dupuis, A.P. / Zamba Campero, M. / Nowak, T.A. / Stout, J.L. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Bogans, J. / Ciota, A.T. / Kraiczy, P. / Kolokotronis, S.O. / Lin, Y.-P.
資金援助 Latvia, 1件
組織認可番号国
Other governmentlzp-2020/2-0378 Latvia
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structural evolution of an immune evasion determinant shapes pathogen host tropism.
著者: Marcinkiewicz, A.L. / Brangulis, K. / Dupuis 2nd, A.P. / Hart, T.M. / Zamba-Campero, M. / Nowak, T.A. / Stout, J.L. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Bogans, J. / Ciota, A.T. / Kraiczy, P. / ...著者: Marcinkiewicz, A.L. / Brangulis, K. / Dupuis 2nd, A.P. / Hart, T.M. / Zamba-Campero, M. / Nowak, T.A. / Stout, J.L. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Bogans, J. / Ciota, A.T. / Kraiczy, P. / Kolokotronis, S.O. / Lin, Y.P.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CspZ
B: Complement factor H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,74014
ポリマ－39,8992
非ポリマー84012
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.098, 71.069, 147.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CspZ


分子量: 25520.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First 4 residues (GAMG) are remnants from the expression tag after TEV protease cleavage. C-terminal region only.
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア)
株: B408 / 遺伝子: cspZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Complement factor H / H factor 1 / Complement inhibitor factor H SCR domains 6-7


分子量: 14379.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFH, HF, HF1, HF2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P08603

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非ポリマー , 4種, 40分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M Zinc acetate 0.1 M imidazole (pH 7.4) 10% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→73.87 Å / Num. obs: 14404 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.59→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 1708 / CC1/2: 0.926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AYD, 4CBE

4ayd

4cbe


解像度: 2.59→73.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 11.527 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.659 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2758 781 5.4 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
obs0.2209 13580 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.98 Å2 / Biso mean: 31.914 Å2 / Biso min: 6.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→73.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2787 0 34 28 2849
Biso mean--40.5 25.6 -
残基数----342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.6483893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1921.5896214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6675341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2623.397156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.56215510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0051513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02683
LS精密化 シェル解像度: 2.592→2.659 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 57 -
Rwork0.27 980 -
all-1037 -
obs--99.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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