PDB-7zhi: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zhi

タイトル

Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum with bound inhibitor indole

要素

Aspartate carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aspartate transcarbamoylase / Plasmodium falciparum / fragment-based screening / inhibitor / malaria

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.946 Å

データ登録者

Wang, C. / Zhang, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials.
著者: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R.

履歴

登録	2022年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.2	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zhi.cif.gz	742.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zhi.ent.gz	609.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zhi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zczC 7zeaC 7zgsC 7zidC 7zp2C 7zstC 5ilqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase

C: Aspartate carbamoyltransferase

ヘテロ分子

121 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.714, 103.822, 87.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.922, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
2	1	1	TYR	TYR	B	B	39 - 383	3 - 347
3	2	2	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
4	2	2	TYR	TYR	C	C	39 - 383	3 - 347
5	3	3	PHE	PHE	B	B	38 - 383	2 - 347
6	3	3	PHE	PHE	C	C	38 - 383	2 - 347

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase 分子量: 40350.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1344800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1K910, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-IND / INDOLE / インド-ル分子量: 117.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.946→44.8 Å / Num. obs: 28662 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.086 / R_rim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.95→3.12 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.409 / Num. unique obs: 4263 / CC_1/2: 0.857 / R_pim(I) all: 0.39 / R_rim(I) all: 0.566

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ILQ

5ilq

解像度: 2.946→43.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 44.653 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.393 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2385	1331	4.647 %
R_work	0.1911	27314	-
all	0.193	-	-
obs	-	28645	98.888 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.716 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.222 Å²	0 Å²	0.636 Å²
2-	-	7.994 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.847 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.946→43.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8172	0	28	31	8231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	8356
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.715	1.64	11287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	1.586	18419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.616	5	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.901	24.009	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.805	15	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.929	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	7766
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	4041
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4059
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.023	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.398	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.426	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.476	4.533	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.477	4.533	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.06	6.797	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.059	6.797	5023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.303	4.74	4330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.291	4.734	4323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.946	7.027	6265
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.935	7.018	6254
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.434	52.303	9122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.432	52.283	9120
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.097	0.05	10707
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.097	0.05	10722
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.108	0.05	10824

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0968	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0968	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09651	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09651	0.05008
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10778	0.05008
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10778	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.946-3.022	0.342	98	0.333	1946	X-RAY DIFFRACTION	96.4606
3.022-3.105	0.326	96	0.312	1987	X-RAY DIFFRACTION	99.7128
3.105-3.195	0.297	78	0.284	1924	X-RAY DIFFRACTION	99.4536
3.195-3.293	0.254	69	0.24	1878	X-RAY DIFFRACTION	99.795
3.293-3.401	0.259	105	0.22	1779	X-RAY DIFFRACTION	99.7353
3.401-3.521	0.282	103	0.209	1732	X-RAY DIFFRACTION	99.7283
3.521-3.653	0.228	92	0.208	1700	X-RAY DIFFRACTION	99.7218
3.653-3.802	0.275	96	0.19	1611	X-RAY DIFFRACTION	99.3597
3.802-3.971	0.221	66	0.175	1561	X-RAY DIFFRACTION	99.1469
3.971-4.165	0.247	69	0.152	1485	X-RAY DIFFRACTION	98.9179
4.165-4.389	0.196	61	0.144	1416	X-RAY DIFFRACTION	98.3356
4.389-4.655	0.174	57	0.135	1322	X-RAY DIFFRACTION	98.3595
4.655-4.976	0.199	50	0.141	1267	X-RAY DIFFRACTION	98.2103
4.976-5.374	0.261	87	0.188	1137	X-RAY DIFFRACTION	99.2701
5.374-5.885	0.217	42	0.179	1103	X-RAY DIFFRACTION	99.3062
5.885-6.577	0.253	42	0.169	982	X-RAY DIFFRACTION	99.3211
6.577-7.589	0.184	32	0.157	885	X-RAY DIFFRACTION	98.7083
7.589-9.283	0.147	24	0.157	723	X-RAY DIFFRACTION	95.6466
9.283-13.075	0.216	45	0.195	551	X-RAY DIFFRACTION	97.7049

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9065	-1.2544	-0.191	1.0975	-0.1238	1.8965	-0.0113	0.1623	-0.1432	0.0407	0.0697	-0.0444	0.152	0.1739	-0.0585	0.1974	-0.0238	0.0631	0.1957	-0.0118	0.1542	50.5511	-0.1188	13.4523
2	2.3668	0.0132	-1.0487	1.007	-1.3847	2.9005	0.0118	0.09	-0.1616	0.0714	-0.0312	0.1567	0.1616	-0.0167	0.0194	0.2845	-0.0311	0.0314	0.0106	-0.0241	0.1687	21.1086	-4.7108	45.4241
3	1.9302	0.1556	0.8458	0.7636	-0.1396	3.6432	-0.0215	0.3764	-0.0041	-0.2012	0.1007	0.2698	0.0188	-0.22	-0.0792	0.1359	-0.0277	0.017	0.3134	0.0686	0.3271	8.655	8.9129	6.2053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	39 - 383
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	38 - 383
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	38 - 383

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)