PDB-7zfs: BRD4 in complex with FragLite32

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zfs

タイトル

BRD4 in complex with FragLite32

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / FragLites / anomalous / BRD4 / Fragment screening

機能・相同性

Amanitin/phalloidin toxin / toxin activity / 4-bromanyl-1,2-dimethoxy-benzene / Alpha-amanitin proprotein 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Turberville, S. / Martin, M.P. / Hope, I. / Noble, M.E.M.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mapping Ligand Interactions of Bromodomains BRD4 and ATAD2 with FragLites and PepLites─Halogenated Probes of Druglike and Peptide-like Molecular Interactions.
著者: Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / ...

履歴

登録	2022年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zfs.cif.gz	48.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zfs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zfs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zfs_validation.pdf.gz	864.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zfs_full_validation.pdf.gz	864.7 KB	表示
XML形式データ	7zfs_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	7zfs_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/7zfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/7zfs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ppxC 7qu7C 7qukC 7qumC 7qwoC 7qx1C 7qxtC 7qykC 7qylC 7qzmC 7qzyC 7qzzC 7r00C 7r05C 7r0yC 7z9hC 7z9iC 7z9jC 7z9nC 7z9oC 7z9sC 7z9uC 7z9wC 7z9yC 7za6C 7za7C 7za8C 7za9C 7zaaC 7zadC 7zaeC 7zajC 7zaqC 7zarC 7zatC 7ze6C 7ze7C 7zefC 7zenC 7zfnC 7zfoC 7zftC 7zfuC 7zfvC 7zfyC 7zfzC 7zg1C 7zg2C 5lrqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.842, 43.142, 78.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15294.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-IS0 / 4-bromanyl-1,2-dimethoxy-benzene / 1,2-ジメトキシ-4-ブロモベンゼン分子量: 217.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉BrO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Buffer system 3 (1 M Tris, 1 M BICINE, pH 8.5), 34-44% Precipitant Solution 3 (20% PEG 4000, 40%) and 60-80 mM Halogens Mix (NaF, NaBr and NaI) solution

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.911635 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.911635 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.25→39.49 Å / Num. obs: 36606 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.85-39.49	10.6	0.03	281	0.999	0.012	0.033
1.25-1.27	12.5	4.293	1784	0.323	1.815	4.665

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LRQ

5lrq

解像度: 1.25→39.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.16 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	1895	5.186 %
R_work	0.2025	34644	-
all	0.204	-	-
obs	-	36539	99.94 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.235 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.891 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.481 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→39.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1076	0	21	155	1252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.845	1.657	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.644	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.715	25.085	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.904	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	31.046	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	884
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.327	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.498	1.637	522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.164	2.449	653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.952	1.964	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.031	2.833	897
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.624	24.603	1859

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.282	0.308	121	0.334	2515	X-RAY DIFFRACTION	99.8107
1.282-1.318	0.331	128	0.31	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
1.318-1.356	0.318	134	0.3	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.356-1.397	0.279	142	0.271	2313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.397-1.443	0.247	130	0.249	2237	X-RAY DIFFRACTION	100
1.443-1.494	0.247	115	0.231	2189	X-RAY DIFFRACTION	99.9566
1.494-1.55	0.236	116	0.208	2125	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.614	0.231	104	0.198	2038	X-RAY DIFFRACTION	99.9533
1.614-1.685	0.211	96	0.183	1980	X-RAY DIFFRACTION	100
1.685-1.768	0.235	99	0.193	1858	X-RAY DIFFRACTION	99.9489
1.768-1.863	0.234	99	0.183	1792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.863-1.976	0.231	96	0.19	1704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.976-2.112	0.252	89	0.201	1590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.112-2.281	0.204	80	0.187	1500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.281-2.499	0.227	98	0.19	1377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.499-2.794	0.187	86	0.195	1224	X-RAY DIFFRACTION	99.9237
2.794-3.225	0.252	55	0.2	1136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.225-3.948	0.214	51	0.177	960	X-RAY DIFFRACTION	100
3.948-5.577	0.168	36	0.166	771	X-RAY DIFFRACTION	100
5.577-39.49	0.27	20	0.266	462	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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