PDB-7z9w: BRD4 in complex with FragLite1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z9w

タイトル

BRD4 in complex with FragLite1

要素

Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / ATAD2 / INHIBITOR / FRAGMENT / BROMODOMAIN / FRAGLITE

機能・相同性

4-bromo-1H-pyrazole / Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.988 Å

データ登録者

Turberville, S. / Martin, M.P. / Hope, I. / Noble, M.E.M.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mapping Ligand Interactions of Bromodomains BRD4 and ATAD2 with FragLites and PepLites─Halogenated Probes of Druglike and Peptide-like Molecular Interactions.
著者: Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / ...

履歴

登録	2022年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z9w.cif.gz	48.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z9w.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z9w_validation.pdf.gz	819.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z9w_full_validation.pdf.gz	820.9 KB	表示
XML形式データ	7z9w_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	7z9w_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ppxC 7qu7C 7qukC 7qumC 7qwoC 7qx1C 7qxtC 7qykC 7qylC 7qzmC 7qzyC 7qzzC 7r00C 7r05C 7r0yC 7z9hC 7z9iC 7z9jC 7z9nC 7z9oC 7z9sC 7z9uC 7z9yC 7za6C 7za7C 7za8C 7za9C 7zaaC 7zadC 7zaeC 7zajC 7zaqC 7zarC 7zatC 7ze6C 7ze7C 7zefC 7zenC 7zfnC 7zfoC 7zfsC 7zftC 7zfuC 7zfvC 7zfyC 7zfzC 7zg1C 7zg2C 5lrqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.008, 43.052, 79.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoform C of Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15294.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885-2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-BYZ / 4-bromo-1H-pyrazole 分子量: 146.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₃BrN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Buffer system 3 (1 M Tris, 1 M BICINE, pH 8.5), 34-44% Precipitant Solution 3 (20% PEG 4000, 40%) and 60-80 mM Halogens Mix (NaF, NaBr and NaI) solution

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.95397 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95397 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.988→39.731 Å / Num. obs: 61691 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 12.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
5.32-37.7	6.6	0.061	567	0.99	1	99.9
0.988-1.01	1.1	0.75	283	0.404	1	7.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LRQ

5lrq

解像度: 0.988→39.731 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 0.52 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2205	3101	5.033 %
R_work	0.1994	58515	-
all	0.201	-	-
obs	-	61616	83.569 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.901 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.534 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.457 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.078 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.988→39.731 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1076	0	18	174	1268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.823	1.655	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.682	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.523	25	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.012	15	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	31.793	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.429	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.353	1.196	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.912	1.798	661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.517	1.492	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.612	2.137	898
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.215	18.825	1871

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.988-1.014	0.312	25	0.341	576	X-RAY DIFFRACTION	11.1565
1.014-1.042	0.323	93	0.347	1809	X-RAY DIFFRACTION	36.0842
1.042-1.072	0.308	158	0.32	2823	X-RAY DIFFRACTION	58.5658
1.072-1.105	0.253	166	0.282	3666	X-RAY DIFFRACTION	76.7167
1.105-1.141	0.253	213	0.243	4127	X-RAY DIFFRACTION	90.738
1.141-1.181	0.219	236	0.226	4302	X-RAY DIFFRACTION	97.1526
1.181-1.226	0.228	250	0.211	4203	X-RAY DIFFRACTION	98.4524
1.226-1.276	0.216	219	0.206	4092	X-RAY DIFFRACTION	99.5612
1.276-1.332	0.196	190	0.192	3939	X-RAY DIFFRACTION	99.8549
1.332-1.397	0.214	217	0.188	3803	X-RAY DIFFRACTION	99.9254
1.397-1.473	0.22	186	0.18	3615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.473-1.562	0.201	169	0.181	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.67	0.186	172	0.173	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.804	0.224	146	0.188	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
1.804-1.976	0.225	150	0.187	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.9657
1.976-2.209	0.22	145	0.194	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.55	0.198	120	0.193	2243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-3.123	0.205	128	0.2	1895	X-RAY DIFFRACTION	99.9506
3.123-4.413	0.217	66	0.178	1543	X-RAY DIFFRACTION	100
4.413-39.731	0.29	52	0.255	886	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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