PDB-7zfn: BRD4 in complex with FragLite24

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zfn

タイトル

BRD4 in complex with FragLite24

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / FragLites / anomalous / BRD4 / Fragment screening

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Turberville, S. / Martin, M.P. / Hope, I. / Noble, M.E.M.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mapping Ligand Interactions of Bromodomains BRD4 and ATAD2 with FragLites and PepLites─Halogenated Probes of Druglike and Peptide-like Molecular Interactions.
著者: Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / ...

履歴

登録	2022年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zfn.cif.gz	48.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zfn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zfn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/7zfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/7zfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ppxC 7qu7C 7qukC 7qumC 7qwoC 7qx1C 7qxtC 7qykC 7qylC 7qzmC 7qzyC 7qzzC 7r00C 7r05C 7r0yC 7z9hC 7z9iC 7z9jC 7z9nC 7z9oC 7z9sC 7z9uC 7z9wC 7z9yC 7za6C 7za7C 7za8C 7za9C 7zaaC 7zadC 7zaeC 7zajC 7zaqC 7zarC 7zatC 7ze6C 7ze7C 7zefC 7zenC 7zfoC 7zfsC 7zftC 7zfuC 7zfvC 7zfyC 7zfzC 7zg1C 7zg2C 5lrqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.793, 43.134, 78.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15294.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-IT4 / 4-bromanyl-2-oxidanyl-benzoic acid / 4-ブロモサリチル酸分子量: 217.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅BrO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Buffer system 3 (1 M Tris, 1 M BICINE, pH 8.5), 34-44% Precipitant Solution 3 (20% PEG 4000, 40%) and 60-80 mM Halogens Mix (NaF, NaBr and NaI) solution

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.911635 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.911635 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.12→39.5 Å / Num. obs: 50545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.13-39.5	11.1	0.033	381	0.998	0.013	0.035
1.12-1.14	11.2	6.039	2477	0.439	2.759	6.649

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LRQ

5lrq

解像度: 1.12→39.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.024 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2436	2526	5.005 %
R_work	0.2107	47948	-
all	0.212	-	-
obs	-	50474	99.958 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.312 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.521 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.091 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→39.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1076	0	28	159	1263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.937	1.653	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.823	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.168	25.085	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.846	15	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.796	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	909
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.325	0.2	789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.458	1.465	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.14	2.197	661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.009	1.937	630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.197	2.788	916
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.301	23.192	1880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.12-1.149	0.399	172	0.38	3520	X-RAY DIFFRACTION	99.8378
1.149-1.181	0.344	174	0.356	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.181-1.215	0.313	192	0.32	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
1.215-1.252	0.328	168	0.302	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.252-1.293	0.257	172	0.293	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.293-1.339	0.257	156	0.254	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.339-1.389	0.284	154	0.24	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.389-1.446	0.234	152	0.211	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
1.446-1.51	0.256	144	0.2	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.584	0.211	143	0.188	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.584-1.669	0.224	135	0.185	2446	X-RAY DIFFRACTION	100
1.669-1.771	0.241	130	0.193	2357	X-RAY DIFFRACTION	100
1.771-1.893	0.205	125	0.191	2216	X-RAY DIFFRACTION	99.9573
1.893-2.044	0.233	104	0.2	2059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.044-2.239	0.218	96	0.196	1916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.239-2.503	0.245	77	0.202	1768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.503-2.89	0.196	81	0.204	1540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.539	0.232	64	0.2	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.539-4.999	0.205	46	0.155	1056	X-RAY DIFFRACTION	100
4.999-39.5	0.343	41	0.229	618	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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