PDB-7zej: Crystal structure of the human MGC45594 gene product in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zej

タイトル

Crystal structure of the human MGC45594 gene product in complex with celecoxib.

要素

Prostaglandin reductase 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alkenal reductases / prostaglandin reductases / phase 1 xenobiotic metabolism / reactive oxygen species / lipid peroxidation / polyunsaturated fatty acid / inflammation / lipid mediator metabolism / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-oxidase [NAD(P)+] activity / : / negative regulation of fat cell differentiation / peroxisome / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Shafqat, N. / Yue, W.W. / Koekemoer, L. / Niesen, F. / Ugochukwu, E. / Vollmar, M. / Weigelt, J. / Krojer, T. / Pike, A. / Chaikaud, A. ...

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human prostaglandin/alkenal reductases: substrate specificities, inhibitor profiles, structural insights and subcellular localization suggest protective roles in inflammatory and ...
著者: Shafqat, N. / Dakin, S.G. / Estrada, F.M. / Niesen, F.H. / Wells, G. / Yapp, C. / Troumpra, M.K. / Brotherton, D. / Porte, S. / Mesa, J. / Yakovtseva, E. / Farres, J. / Pares, X. / Liu, T. / ...

履歴

登録	2022年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zej.cif.gz	268.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zej.ent.gz	211.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zej.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zej_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zej_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7zej_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	7zej_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7zej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7zej	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c0cS 2wek 2x1h 2x7h S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MGC45594A

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prostaglandin reductase 3

B: Prostaglandin reductase 3

ヘテロ分子

74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prostaglandin reductase 3

ヘテロ分子

B: Prostaglandin reductase 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.830, 51.410, 75.880
Angle α, β, γ (deg.)	93.860, 91.480, 101.290
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Prostaglandin reductase 3 / PRG-3 / Zinc-binding alcohol dehydrogenase domain-containing protein 2 分子量: 36250.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZADH2, PTGR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8N4Q0, 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CEL / 4-[5-(4-METHYLPHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-1H-PYRAZOL-1-YL]BENZENESULFONAMIDE / CELECOXIB / セレコキシブ分子量: 381.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄F₃N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.5M NA MALONATE pH 7.0, 0.25W/V JEFFAMINE ED 2001 pH 7.0 HEPES pH 8.0 PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→16.76 Å / Num. obs: 101296 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.79→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.226 / Num. unique obs: 6992

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2C0C

2c0c

解像度: 1.79→16.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.935 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	1731	3.095 %
R_work	0.1847	54203	-
all	0.186	-	-
obs	-	55934	85.782 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.314 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.469 Å²	-1.735 Å²	0.488 Å²
2-	-	4.797 Å²	0.202 Å²
3-	-	-	-3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→16.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5074	0	148	169	5391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.58	1.661	7276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.319	1.579	11769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.995	5	681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.341	22.488	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	8.439	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.754	15	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.634	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.989	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	939
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	4563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.072	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.302	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.294	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.911	2.724	2727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.911	2.723	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.909	4.076	3407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.908	4.077	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.54	3.06	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.54	3.062	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.988	4.49	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.988	4.492	3870
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.639	32.731	5627
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.634	32.711	5610

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.836	0.318	100	0.313	3164	X-RAY DIFFRACTION	67.9292
1.836-1.887	0.321	89	0.297	3634	X-RAY DIFFRACTION	78.3624
1.887-1.941	0.281	119	0.275	3559	X-RAY DIFFRACTION	81.4257
1.941-2.001	0.287	107	0.245	3732	X-RAY DIFFRACTION	85.6728
2.001-2.067	0.277	102	0.236	3573	X-RAY DIFFRACTION	86.1463
2.067-2.139	0.239	111	0.223	3478	X-RAY DIFFRACTION	85.7792
2.139-2.22	0.244	119	0.197	3401	X-RAY DIFFRACTION	87.1072
2.22-2.31	0.234	109	0.189	3302	X-RAY DIFFRACTION	88.5514
2.31-2.413	0.268	115	0.177	3164	X-RAY DIFFRACTION	89.4679
2.413-2.531	0.21	111	0.165	3102	X-RAY DIFFRACTION	90.3543
2.531-2.667	0.216	100	0.161	2958	X-RAY DIFFRACTION	90.9578
2.667-2.829	0.264	87	0.176	2833	X-RAY DIFFRACTION	90.9374
2.829-3.024	0.235	71	0.169	2633	X-RAY DIFFRACTION	90.314
3.024-3.266	0.203	83	0.155	2437	X-RAY DIFFRACTION	90.3874
3.266-3.577	0.214	76	0.166	2213	X-RAY DIFFRACTION	89.589
3.577-3.998	0.191	62	0.163	2013	X-RAY DIFFRACTION	88.5617
3.998-4.614	0.182	61	0.137	1659	X-RAY DIFFRACTION	84.8963
4.614-5.646	0.278	53	0.163	1486	X-RAY DIFFRACTION	88.7032
5.646-7.963	0.209	39	0.171	1245	X-RAY DIFFRACTION	96.5414
7.963-7.963	0.217	17	0.17	617	X-RAY DIFFRACTION	85.3298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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