PDB-7zcd: Mutant L39Y-L58F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zcd

タイトル

Mutant L39Y-L58F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex with pramocaine

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutation / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kurpiewska, K. / Bonarek, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2023
タイトル: beta-Lactoglobulin variants as potential carriers of pramoxine: Comprehensive structural and biophysical studies.
著者: Bonarek, P. / Mularczyk, D. / Loch, J.I. / Kurpiewska, K. / Dziedzicka-Wasylewska, M.

履歴

登録	2022年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zcd.cif.gz	75.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zcd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zcd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zcd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z9zC 7za0C 7zlfC 1bsyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.551, 53.551, 110.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-354- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18317.047 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L39Y, L58F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-PX9 / Pramocaine / プラモキシン分子量: 293.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M ammonium sulfate, 0.5 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→14.99 Å / Num. obs: 11262 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / R_merge(I) obs: 1.373 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 919 / CC_1/2: 0.654 / R_rim(I) all: 1.551

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 2.1→14.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 15.246 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.209

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2689	1057	9.411 %
R_work	0.2231	10174	-
all	0.227	-	-
obs	-	11231	99.442 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.685 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.264 Å²	0.132 Å²	0 Å²
2-	-	0.264 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.855 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→14.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1217	0	26	56	1299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	1.65	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.166	1.582	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.361	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.85	25.357	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.221	15	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.334	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.747	3.214	609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.748	3.214	608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.935	4.797	756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.934	4.798	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.81	3.556	656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.793	3.523	653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.098	5.214	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.075	5.159	945
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.617	36.762	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.607	36.704	1308

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.153	0.421	63	0.355	738	X-RAY DIFFRACTION	99.2565
2.153-2.211	0.368	75	0.333	708	X-RAY DIFFRACTION	99.7452
2.211-2.274	0.35	70	0.313	685	X-RAY DIFFRACTION	99.7358
2.274-2.342	0.382	52	0.308	686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.342-2.417	0.393	69	0.294	660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.417-2.5	0.301	45	0.286	638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.591	0.376	72	0.257	603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.591-2.694	0.333	63	0.27	594	X-RAY DIFFRACTION	99.848
2.694-2.809	0.33	67	0.27	568	X-RAY DIFFRACTION	99.8428
2.809-2.941	0.339	63	0.235	517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.941-3.094	0.303	58	0.246	539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.273	0.272	47	0.232	481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.273-3.487	0.238	70	0.223	452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.487-3.749	0.267	43	0.196	454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.749-4.082	0.187	44	0.177	412	X-RAY DIFFRACTION	100
4.082-4.522	0.213	42	0.159	372	X-RAY DIFFRACTION	100
4.522-5.144	0.161	35	0.158	347	X-RAY DIFFRACTION	100
5.144-6.122	0.315	33	0.209	297	X-RAY DIFFRACTION	100
6.122-8.015	0.242	28	0.21	248	X-RAY DIFFRACTION	100
8.015-14.99	0.236	18	0.183	175	X-RAY DIFFRACTION	96.0199

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.5529 Å / Origin y: 4.5825 Å / Origin z: 3.5356 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2755 Å²	-0.0724 Å²	-0.0448 Å²	-	0.0876 Å²	0.0396 Å²	-	-	0.0448 Å²
L	0.2681 °²	-0.03 °²	0.436 °²	-	1.1389 °²	0.3909 °²	-	-	1.9235 °²
S	-0.216 Å °	0.0827 Å °	0.0109 Å °	-0.1562 Å °	0.1007 Å °	0.2108 Å °	-0.1482 Å °	0.3082 Å °	0.1152 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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