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万見
- PDB-7zc1: Subtomogram averaging of Rubisco from Cyanobium carboxysome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zc1
タイトルSubtomogram averaging of Rubisco from Cyanobium carboxysome
要素
  • Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
  • Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Rubisco / alpha carboxysomes
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / carboxysome / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Ni, T. / Zhu, Y. / Seaton-Burn, W. / Zhang, P.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and assembly of cargo Rubisco in two native α-carboxysomes.
著者: Tao Ni / Yaqi Sun / Will Burn / Monsour M J Al-Hazeem / Yanan Zhu / Xiulian Yu / Lu-Ning Liu / Peijun Zhang /
要旨: Carboxysomes are a family of bacterial microcompartments in cyanobacteria and chemoautotrophs. They encapsulate Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) and carbonic anhydrase ...Carboxysomes are a family of bacterial microcompartments in cyanobacteria and chemoautotrophs. They encapsulate Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) and carbonic anhydrase catalyzing carbon fixation inside a proteinaceous shell. How Rubisco complexes pack within the carboxysomes is unknown. Using cryo-electron tomography, we determine the distinct 3D organization of Rubisco inside two distant α-carboxysomes from a marine α-cyanobacterium Cyanobium sp. PCC 7001 where Rubiscos are organized in three concentric layers, and from a chemoautotrophic bacterium Halothiobacillus neapolitanus where they form intertwining spirals. We further resolve the structures of native Rubisco as well as its higher-order assembly at near-atomic resolutions by subtomogram averaging. The structures surprisingly reveal that the authentic intrinsically disordered linker protein CsoS2 interacts with Rubiscos in native carboxysomes but functions distinctively in the two α-carboxysomes. In contrast to the uniform Rubisco-CsoS2 association in the Cyanobium α-carboxysome, CsoS2 binds only to the Rubiscos close to the shell in the Halo α-carboxysome. Our findings provide critical knowledge of the assembly principles of α-carboxysomes, which may aid in the rational design and repurposing of carboxysome structures for new functions.
履歴
登録2022年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
H: Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit
J: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
K: Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit
M: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
N: Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit
P: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
Q: Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit
S: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit
V: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
W: Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,95316
ポリマ－523,95316
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit


分子量: 52526.531 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア)
遺伝子: rbcL, cbbL, CPCC7001_1083 / 発現宿主: Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア) / 参照: UniProt: A5CKD0, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit


分子量: 12967.611 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア)
遺伝子: CPCC7001_1801 / 発現宿主: Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア) / 参照: UniProt: B5ILN2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Structure of Rubisco within Cyanobium carboxysome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm
撮影電子線照射量: 3.65 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 150 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4emClarityCTF補正
10emClarity最終オイラー角割当
12emClarity３次元再構成
13cisTEM３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152317 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 139 / Num. of volumes extracted: 152317
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00235816
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52348568
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.06212896
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045096
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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