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- PDB-7zax: Solution structure of thanatin-like derivative 7 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zax
タイトルSolution structure of thanatin-like derivative 7 in complex with K. pneumoniae LptA
要素
  • Lipopolysaccharide export system protein LptA
  • Thanatin-like derivative
キーワードANTIBIOTIC / STRUCTURE FROM CYANA 3.98.13
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transmembrane transporter activity / glycolipid transfer activity / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / defense response to fungus / lipopolysaccharide binding / outer membrane-bounded periplasmic space / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide assembly, LptC-related / Lipopolysaccharide export system protein LptC / : / Lipopolysaccharide-assembly, LptC-related / Lipopolysaccharide export system protein LptA / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional fusion protein / Thanatin
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
Podisus maculiventris (昆虫)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Oi, K.K. / Moehle, K. / Zerbe, O.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
Innosuisse33285.1 IP-LSEuropean Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Peptidomimetic antibiotics disrupt the lipopolysaccharide transport bridge of drug-resistant Enterobacteriaceae.
著者: Schuster, M. / Brabet, E. / Oi, K.K. / Desjonqueres, N. / Moehle, K. / Le Poupon, K. / Hell, S. / Gable, S. / Rithie, V. / Dillinger, S. / Zbinden, P. / Luther, A. / Li, C. / Stiegeler, S. / ...著者: Schuster, M. / Brabet, E. / Oi, K.K. / Desjonqueres, N. / Moehle, K. / Le Poupon, K. / Hell, S. / Gable, S. / Rithie, V. / Dillinger, S. / Zbinden, P. / Luther, A. / Li, C. / Stiegeler, S. / D'Arco, C. / Locher, H. / Remus, T. / DiMaio, S. / Motta, P. / Wach, A. / Jung, F. / Upert, G. / Obrecht, D. / Benghezal, M. / Zerbe, O.
履歴
登録2022年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年6月14日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide export system protein LptA
B: Thanatin-like derivative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7982
ポリマ－16,7982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide export system protein LptA


分子量: 14790.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: lptC, lptA, NCTC9128_02683 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X3CC60
#2: タンパク質・ペプチド Thanatin-like derivative


分子量: 2007.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: VAN = HYP = hydroxyproline PEN = penicillamine DAB = diaminobutyric acid DDA = D-DAB
由来: (合成) Podisus maculiventris (昆虫) / 参照: UniProt: P55788
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(COCA)CB
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-13C; U-15N] Lipopolysaccharide export system protein LptA, 50 mM sodium phosphate, 150 mM NaCl, 500 uM Thanatin-like derivative 4, 90% H2O/10% D2O
詳細: 13C,15N-labelled LptA(28-145) / Label: LptAm_15N13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMLipopolysaccharide export system protein LptA[U-13C; U-15N]1
50 mMsodium phosphatenone1
150 mMNaClnone1
500 uMThanatin-like derivative 4none1
試料状態イオン強度: 150 mM / Ionic strength err: 10 / Label: conditions_1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98Gunthert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
MOE2020.09Chemical Computing Group ULC, 1010 Sherbooke St. West, Suite #910, Montreal, QC, Canada, H3A 2R7, 2022精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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