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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zau | ||||||
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タイトル | Fascin-1 in complex with Nb 3E11 | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Nanobody / actin-bundling inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome ...microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome / positive regulation of filopodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / microvillus / actin filament bundle assembly / stress fiber / positive regulation of lamellipodium assembly / ruffle / filopodium / regulation of actin cytoskeleton organization / cell motility / actin filament binding / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / growth cone / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cytoskeleton / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Burgess, S.G. / Bayliss, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A nanobody inhibitor of Fascin-1 actin-bundling activity and filopodia formation. 著者: Burgess, S.G. / Paul, N.R. / Richards, M.W. / Ault, J.R. / Askenatzis, L. / Claydon, S.G. / Corbyn, R. / Machesky, L.M. / Bayliss, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 494.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 392 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 514.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 537.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 93.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 130.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2x1oS ![]() 3llpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55079.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 14723.501 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.02 M D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine; 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→105.16 Å / Num. obs: 155971 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 46.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7600 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.427 / Rrim(I) all: 0.748 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3LLP, 2X1O 解像度: 2.2→59.44 Å / SU ML: 0.4285 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 42.7365 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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