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- PDB-7zau: Fascin-1 in complex with Nb 3E11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zau
タイトルFascin-1 in complex with Nb 3E11
要素
  • Fascin
  • Nanobody 3E11
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Nanobody / actin-bundling inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome ...microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome / positive regulation of filopodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / microvillus / actin filament bundle assembly / stress fiber / positive regulation of lamellipodium assembly / ruffle / filopodium / regulation of actin cytoskeleton organization / cell motility / actin filament binding / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / growth cone / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cytoskeleton / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fascin / Fascin, metazoans / Fascin domain / Fascin domain / Actin-crosslinking
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fascin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Burgess, S.G. / Bayliss, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC24461/A23303 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2024
タイトル: A nanobody inhibitor of Fascin-1 actin-bundling activity and filopodia formation.
著者: Burgess, S.G. / Paul, N.R. / Richards, M.W. / Ault, J.R. / Askenatzis, L. / Claydon, S.G. / Corbyn, R. / Machesky, L.M. / Bayliss, R.
履歴
登録2022年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fascin
B: Nanobody 3E11
C: Fascin
D: Nanobody 3E11
E: Fascin
F: Nanobody 3E11
G: Fascin
H: Nanobody 3E11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,73529
ポリマ－279,2118
非ポリマー1,52421
水17,006944
1
A: Fascin
B: Nanobody 3E11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1758
ポリマ－69,8032
非ポリマー3726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fascin
D: Nanobody 3E11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0335
ポリマ－69,8032
非ポリマー2303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Fascin
F: Nanobody 3E11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,43210
ポリマ－69,8032
非ポリマー6298
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Fascin
H: Nanobody 3E11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0956
ポリマ－69,8032
非ポリマー2924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.907, 210.324, 105.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.262, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Fascin / 55 kDa actin-bundling protein / Singed-like protein / p55


分子量: 55079.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FSCN1, FAN1, HSN, SNL / プラスミド: pBDDP-SPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16658
#2: 抗体
Nanobody 3E11


分子量: 14723.501 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 944 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine; 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→105.16 Å / Num. obs: 155971 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 46.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7600 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.427 / Rrim(I) all: 0.748 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
Zanudaデータ削減
PHENIX1.19_4085精密化
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LLP, 2X1O

3llp

2x1o


解像度: 2.2→59.44 Å / SU ML: 0.4285 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 42.7365
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2904 7598 5.09 %
Rwork0.2468 141646 -
obs0.2491 149244 95.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18284 0 99 944 19327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003218782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.670525475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04692785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00393343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.87396512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.220.4812400.46714168X-RAY DIFFRACTION84.95
2.22-2.250.48512300.45824365X-RAY DIFFRACTION88.67
2.25-2.280.46252080.44934460X-RAY DIFFRACTION89.41
2.28-2.310.47612410.44274444X-RAY DIFFRACTION90.67
2.31-2.340.48292250.43134579X-RAY DIFFRACTION92.1
2.34-2.370.49312320.43844567X-RAY DIFFRACTION92.29
2.37-2.40.47082320.4194579X-RAY DIFFRACTION92.97
2.4-2.440.43892520.40124564X-RAY DIFFRACTION92.51
2.44-2.480.46042650.40164539X-RAY DIFFRACTION93.15
2.48-2.520.42742280.38024717X-RAY DIFFRACTION94.01
2.52-2.560.48182110.37044672X-RAY DIFFRACTION94.76
2.56-2.610.45342340.35894706X-RAY DIFFRACTION94.95
2.61-2.660.41642610.35184631X-RAY DIFFRACTION94.44
2.66-2.710.43462410.35244736X-RAY DIFFRACTION95.33
2.71-2.770.4052680.35074745X-RAY DIFFRACTION96.37
2.77-2.830.40622260.32314815X-RAY DIFFRACTION96.64
2.83-2.910.3482460.30054790X-RAY DIFFRACTION97.52
2.91-2.980.33362970.29164820X-RAY DIFFRACTION97.69
2.98-3.070.34252430.28594886X-RAY DIFFRACTION98.07
3.07-3.170.31222850.27754753X-RAY DIFFRACTION98.02
3.17-3.280.35152550.28294911X-RAY DIFFRACTION98.95
3.28-3.420.312650.24714906X-RAY DIFFRACTION98.99
3.42-3.570.31152940.22784877X-RAY DIFFRACTION99.1
3.57-3.760.31482580.21164909X-RAY DIFFRACTION99.44
3.76-3.990.2542710.20234913X-RAY DIFFRACTION99.31
3.99-4.30.20742730.17674891X-RAY DIFFRACTION99.61
4.3-4.740.21393180.15754913X-RAY DIFFRACTION99.58
4.74-5.420.20632610.17384927X-RAY DIFFRACTION99.39
5.42-6.830.22512650.19284943X-RAY DIFFRACTION99.64
6.83-59.440.18572730.19234920X-RAY DIFFRACTION97.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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