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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zam | ||||||
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タイトル | Sam68 | ||||||
要素 | Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Spinal Muscular Atrophy | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of RNA export from nucleus / Grb2-Sos complex / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / positive regulation of RNA export from nucleus / poly(A) binding / poly(U) RNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of translational initiation / signaling adaptor activity / SH2 domain binding ...regulation of RNA export from nucleus / Grb2-Sos complex / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / positive regulation of RNA export from nucleus / poly(A) binding / poly(U) RNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of translational initiation / signaling adaptor activity / SH2 domain binding / protein tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / mRNA processing / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / T cell receptor signaling pathway / spermatogenesis / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Nadal, M. / Fuentes-Prior, P. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023 タイトル: Structure and function analysis of Sam68 and hnRNP A1 synergy in the exclusion of exon 7 from SMN2 transcripts. 著者: Nadal, M. / Anton, R. / Dorca-Arevalo, J. / Estebanez-Perpina, E. / Tizzano, E.F. / Fuentes-Prior, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zam.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zam.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7zam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7zam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7zam | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7z89C 7z8aC 7z9aC 7z9bC 7zabC 7zacC 7zafC 5emoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 143 - 260 / Label seq-ID: 1 - 118
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB
#1: タンパク質 | 分子量: 13489.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHDRBS1, SAM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07666 |
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-非ポリマー , 5種, 49分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→97.99 Å / Num. obs: 20122 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.94 Å / Num. unique obs: 14029 / CC1/2: 0.693 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EMO 解像度: 2.79→97.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.585 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.197 / 詳細: Hydrogens have not been used
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.623 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→97.99 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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