PDB-7za7: BRD4 in complex with FragLite5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7za7

タイトル

BRD4 in complex with FragLite5

要素

Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / BRD4 / INHIBITOR / FRAGMENT / BROMODOMAIN / FRAGLITE

機能・相同性

4-iodanylpyridin-2-amine / Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.06 Å

データ登録者

Turberville, S. / Martin, M.P. / Hope, I. / Noble, M.E.M.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mapping Ligand Interactions of Bromodomains BRD4 and ATAD2 with FragLites and PepLites─Halogenated Probes of Druglike and Peptide-like Molecular Interactions.
著者: Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / ...

履歴

登録	2022年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7za7.cif.gz	74.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7za7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7za7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7za7_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7za7_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7za7_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	7za7_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7za7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7za7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ppxC 7qu7C 7qukC 7qumC 7qwoC 7qx1C 7qxtC 7qykC 7qylC 7qzmC 7qzyC 7qzzC 7r00C 7r05C 7r0yC 7z9hC 7z9iC 7z9jC 7z9nC 7z9oC 7z9sC 7z9uC 7z9wC 7z9yC 7za6C 7za8C 7za9C 7zaaC 7zadC 7zaeC 7zajC 7zaqC 7zarC 7zatC 7ze6C 7ze7C 7zefC 7zenC 7zfnC 7zfoC 7zfsC 7zftC 7zfuC 7zfvC 7zfyC 7zfzC 7zg1C 7zg2C 5lrqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.013, 43.068, 79.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoform C of Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15294.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885-2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-IIS / 4-iodanylpyridin-2-amine 分子量: 220.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅IN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Buffer system 3 (1 M Tris, 1 M BICINE, pH 8.5), 34-44% Precipitant Solution 3 (20% PEG 4000, 40%) and 60-80 mM Halogens Mix (NaF, NaBr and NaI) solution

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.95397 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95397 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.06→39.61 Å / Num. obs: 55793 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
5.81-39.61	6	0.098	444	0.976	0.057	0.114
1.06-1.08	2.7	1.75	1838	0.34	1.301	2.199

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LRQ

5lrq

解像度: 1.06→39.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 0.49 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2062	2748	4.931 %
R_work	0.1954	52976	-
all	0.196	-	-
obs	-	55724	93.178 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.093 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.523 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.609 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.06→39.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1076	0	28	163	1267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.914	1.658	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.588	1.572	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.472	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.409	25.085	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.126	15	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	32.141	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.326	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.215	1.077	542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.185	1.072	541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.817	1.619	685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.828	1.624	686
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.042	1.451	639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.04	1.462	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.17	2.066	926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.168	2.076	927
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.648	15.019	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.646	15.048	1446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.06-1.088	0.288	139	0.285	2661	X-RAY DIFFRACTION	64.2644
1.088-1.117	0.245	153	0.255	3027	X-RAY DIFFRACTION	75.1418
1.117-1.15	0.255	151	0.236	3366	X-RAY DIFFRACTION	84.747
1.15-1.185	0.235	196	0.22	3357	X-RAY DIFFRACTION	88.7363
1.185-1.224	0.231	188	0.211	3452	X-RAY DIFFRACTION	92.9757
1.224-1.267	0.205	189	0.208	3545	X-RAY DIFFRACTION	98.6005
1.267-1.315	0.205	189	0.196	3436	X-RAY DIFFRACTION	99.7523
1.315-1.368	0.223	169	0.193	3351	X-RAY DIFFRACTION	99.745
1.368-1.429	0.202	166	0.187	3209	X-RAY DIFFRACTION	99.8521
1.429-1.499	0.193	169	0.175	3069	X-RAY DIFFRACTION	99.8766
1.499-1.58	0.198	142	0.178	2952	X-RAY DIFFRACTION	99.9354
1.58-1.676	0.2	139	0.171	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.9655
1.676-1.791	0.2	143	0.183	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.964
1.791-1.935	0.207	131	0.185	2437	X-RAY DIFFRACTION	99.9611
1.935-2.119	0.217	119	0.181	2263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.119-2.369	0.175	101	0.175	2077	X-RAY DIFFRACTION	100
2.369-2.735	0.205	91	0.192	1843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.735-3.349	0.207	64	0.198	1571	X-RAY DIFFRACTION	99.8778
3.349-4.732	0.167	73	0.184	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
4.732-39.61	0.323	36	0.282	733	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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