PDB-7z9z: Mutant L39Y of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z9z

タイトル

Mutant L39Y of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex with pramocaine

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / ligand / mutation / pramocaine

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kurpiewska, K. / Bonarek, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2023
タイトル: beta-Lactoglobulin variants as potential carriers of pramoxine: Comprehensive structural and biophysical studies.
著者: Bonarek, P. / Mularczyk, D. / Loch, J.I. / Kurpiewska, K. / Dziedzicka-Wasylewska, M.

履歴

登録	2022年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z9z.cif.gz	49.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z9z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z9z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z9z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7za0C 7zcdC 7zlfC 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.5 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.321, 53.321, 110.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-357- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18325.111 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L39Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Deut-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-PX9 / Pramocaine / プラモキシン分子量: 293.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate in 0.5 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→14.76 Å / Num. obs: 6648 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.61 Å / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 796 / CC_1/2: 0.723 / R_rim(I) all: 0.751

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 2.5→14.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 12.339 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.85 / ESU R Free: 0.349

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2758	1013	15.302 %
R_work	0.2045	5607	-
all	0.215	-	-
obs	-	6620	98.541 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.846 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.544 Å²	0.272 Å²	0 Å²
2-	-	0.544 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.763 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→14.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1175	0	27	59	1261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.648	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.13	1.582	2855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.179	5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.848	25.098	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.86	15	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.541	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.262	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.648	3.795	595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.638	3.793	594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.213	5.668	739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.211	5.67	740
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.273	4.304	639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.214	4.275	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.403	6.261	926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.356	6.214	921
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.12	43.68	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.098	43.639	1279

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.563	0.42	103	0.344	376	0.361	479	0.663	0.692	100	0.348
2.563-2.631	0.391	62	0.319	383	0.329	445	0.716	0.762	100	0.324
2.631-2.705	0.285	72	0.31	379	0.306	451	0.843	0.804	100	0.301
2.705-2.785	0.396	62	0.264	370	0.284	432	0.791	0.846	100	0.256
2.785-2.873	0.394	68	0.274	346	0.293	414	0.798	0.858	100	0.265
2.873-2.97	0.351	66	0.239	352	0.256	418	0.84	0.894	100	0.229
2.97-3.077	0.295	60	0.226	356	0.236	416	0.875	0.901	100	0.213
3.077-3.197	0.285	35	0.218	334	0.224	369	0.893	0.912	100	0.207
3.197-3.332	0.309	72	0.215	309	0.231	381	0.879	0.926	100	0.21
3.332-3.486	0.318	46	0.184	291	0.2	337	0.878	0.947	100	0.177
3.486-3.663	0.208	64	0.18	278	0.185	342	0.944	0.959	100	0.175
3.663-3.871	0.295	32	0.19	298	0.199	330	0.916	0.951	100	0.183
3.871-4.118	0.242	36	0.175	274	0.183	310	0.929	0.945	100	0.17
4.118-4.419	0.191	45	0.163	248	0.167	293	0.959	0.961	100	0.157
4.419-4.798	0.202	48	0.129	223	0.141	273	0.955	0.977	99.2674	0.124
4.798-5.295	0.209	34	0.166	214	0.172	251	0.946	0.961	98.8048	0.159
5.295-5.987	0.404	34	0.221	190	0.243	229	0.866	0.949	97.8166	0.211
5.987-7.048	0.288	27	0.221	162	0.231	199	0.934	0.948	94.9749	0.204
7.048-8.995	0.2	35	0.168	127	0.175	174	0.959	0.967	93.1034	0.16
8.995-14.76	0.168	12	0.191	97	0.188	126	0.967	0.965	86.5079	0.188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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