PDB-7z9y: BRD4 in complex with FragLite2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z9y

タイトル

BRD4 in complex with FragLite2

要素

Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / BRD4 / INHIBITOR / FRAGMENT / BROMODOMAIN / FRAGLITE

機能・相同性

4-IODOPYRAZOLE / Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.04 Å

データ登録者

Turberville, S. / Martin, M.P. / Hope, I. / Noble, M.E.M.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mapping Ligand Interactions of Bromodomains BRD4 and ATAD2 with FragLites and PepLites─Halogenated Probes of Druglike and Peptide-like Molecular Interactions.
著者: Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / ...

履歴

登録	2022年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年3月1日	Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z9y.cif.gz	75.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z9y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z9y_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z9y_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7z9y_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	7z9y_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ppxC 7qu7C 7qukC 7qumC 7qwoC 7qx1C 7qxtC 7qykC 7qylC 7qzmC 7qzyC 7qzzC 7r00C 7r05C 7r0yC 7z9hC 7z9iC 7z9jC 7z9nC 7z9oC 7z9sC 7z9uC 7z9wC 7za6C 7za7C 7za8C 7za9C 7zaaC 7zadC 7zaeC 7zajC 7zaqC 7zarC 7zatC 7ze6C 7ze7C 7zefC 7zenC 7zfnC 7zfoC 7zfsC 7zftC 7zfuC 7zfvC 7zfyC 7zfzC 7zg1C 7zg2C 5lrqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.967, 43.113, 79.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoform C of Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15294.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885-2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PYZ / 4-IODOPYRAZOLE / 4-ヨ-ド-1H-ピラゾ-ル分子量: 193.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₃IN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Buffer system 3 (1 M Tris, 1 M BICINE, pH 8.5), 34-44% Precipitant Solution 3 (20% PEG 4000, 40%) and 60-80 mM Halogens Mix (NaF, NaBr and NaI) solution

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.95397 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95397 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.04→39.69 Å / Num. obs: 59412 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
5.7-39.69	5.6	0.058	473	0.985	0.039	0.071
1.04-1.06	1.9	1.239	1574	0.341	1.159	1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LRQ

5lrq

解像度: 1.04→39.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 0.54 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	2931	4.939 %
R_work	0.1916	56411	-
all	0.192	-	-
obs	-	59342	93.574 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.553 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.482 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.102 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.04→39.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1076	0	30	210	1316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.89	1.66	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.555	1.575	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.002	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.435	25	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.816	15	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.359	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.263	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.366	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.259	1.093	537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.219	1.087	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.853	1.64	677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.869	1.645	678
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.957	1.405	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.955	1.406	639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.035	2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.033	2.001	923
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.612	15.853	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.61	15.851	1461

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.04-1.067	0.342	116	0.345	2384	X-RAY DIFFRACTION	53.8677
1.067-1.096	0.336	164	0.302	3082	X-RAY DIFFRACTION	72.0853
1.096-1.128	0.276	202	0.257	3663	X-RAY DIFFRACTION	87.9809
1.128-1.163	0.251	185	0.237	3982	X-RAY DIFFRACTION	97.2916
1.163-1.201	0.238	210	0.226	3915	X-RAY DIFFRACTION	99.7823
1.201-1.243	0.229	213	0.209	3788	X-RAY DIFFRACTION	99.975
1.243-1.29	0.216	191	0.198	3665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.343	0.201	183	0.188	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.343-1.402	0.204	183	0.185	3407	X-RAY DIFFRACTION	100
1.402-1.471	0.19	170	0.174	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.471-1.55	0.209	150	0.178	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.644	0.183	130	0.171	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
1.644-1.758	0.196	141	0.175	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.9656
1.758-1.898	0.194	134	0.176	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-2.079	0.179	145	0.176	2366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.079-2.325	0.175	101	0.169	2195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.325-2.684	0.197	122	0.192	1919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.684-3.286	0.233	71	0.183	1669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.286-4.643	0.175	75	0.165	1309	X-RAY DIFFRACTION	99.7118
4.643-39.69	0.3	45	0.278	771	X-RAY DIFFRACTION	99.8776

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関連情報:EMDBヘッダ

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