PDB-7z9b: Sam68

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z9b

タイトル

Sam68

要素

KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Spinal Muscular Atrophy (SMA)

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.333 Å

データ登録者

Nadal, M. / Fuentes-Prior, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Structure and function analysis of Sam68 and hnRNP A1 synergy in the exclusion of exon 7 from SMN2 transcripts.
著者: Nadal, M. / Anton, R. / Dorca-Arevalo, J. / Estebanez-Perpina, E. / Tizzano, E.F. / Fuentes-Prior, P.

履歴

登録	2022年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z9b.cif.gz	87 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z9b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z9b_validation.pdf.gz	475 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z9b_full_validation.pdf.gz	483.3 KB	表示
XML形式データ	7z9b_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	7z9b_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z9b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z89C 7z8aC 7z9aC 7zabC 7zacC 7zafC 7zamC 5emoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

BBB: KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

CCC: KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

ヘテロ分子

40.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

BBB: KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.1 kDa, 2 ポリマー

2

CCC: KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

ヘテロ分子

CCC: KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.726, 237.593, 82.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1001- IOD

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	BBB
6	3	CCC

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 144 - 259 / Label seq-ID: 1 - 116

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	2	1	BBB	B
3	3	2	AAA	A
4	4	2	CCC	C
5	5	3	BBB	B
6	6	3	CCC	C

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
タンパク質 , 1種, 3分子 AAABBBCCC

#1: タンパク質	KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1 分子量: 13255.592 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N338_08991 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A094KT80

-
非ポリマー , 5種, 18分子

#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.31→188.8 Å / Num. obs: 19923 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 3.33→3.35 Å / Num. unique obs: 2867 / CC_1/2: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EMO

5emo

解像度: 3.333→118.797 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 25.676 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	1054	5.293 %
R_work	0.2167	18860	-
all	0.218	-	-
obs	-	19914	99.371 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.854 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.496 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	15.213 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.717 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.333→118.797 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2786	0	37	9	2832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.025	1.644	3838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.238	5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.547	23.333	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.596	15	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.548	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.184	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.331	0.2	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.892	11.196	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	16.404	16.794	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	14.161	12.143	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	19.503	17.864	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	23.716	212.632	11173
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.073	0.05	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.073	0.05	3589
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.077	0.05	3580

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07319	0.05011
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07319	0.05011
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07305	0.05011
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07305	0.05011
3	5	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07729	0.05011
3	6	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07729	0.05011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.333-3.419	0.54	81	0.464	1365	0.469	1452	0.004	0.004	99.5868	0.445
3.419-3.513	0.525	60	0.447	1356	0.45	1418	0.142	0.173	99.859	0.416
3.513-3.614	0.409	77	0.383	1317	0.384	1398	0.418	0.412	99.7139	0.349
3.614-3.726	0.306	80	0.331	1242	0.33	1331	0.631	0.588	99.3238	0.294
3.726-3.848	0.409	82	0.308	1207	0.314	1291	0.616	0.687	99.8451	0.265
3.848-3.983	0.295	76	0.283	1201	0.284	1288	0.782	0.779	99.146	0.249
3.983-4.133	0.267	67	0.235	1141	0.237	1213	0.828	0.865	99.5878	0.202
4.133-4.301	0.211	62	0.21	1108	0.21	1176	0.898	0.894	99.4898	0.183
4.301-4.492	0.175	76	0.191	1042	0.19	1119	0.933	0.916	99.9106	0.168
4.492-4.711	0.256	66	0.186	1028	0.19	1102	0.899	0.925	99.274	0.163
4.711-4.966	0.276	53	0.162	962	0.167	1021	0.872	0.946	99.4123	0.144
4.966-5.266	0.264	35	0.151	943	0.154	985	0.923	0.958	99.2893	0.136
5.266-5.629	0.157	35	0.179	878	0.178	919	0.952	0.948	99.3471	0.152
5.629-6.079	0.177	34	0.179	822	0.179	859	0.953	0.953	99.6508	0.155
6.079-6.657	0.186	43	0.169	762	0.17	811	0.959	0.955	99.2602	0.151
6.657-7.44	0.261	32	0.147	691	0.151	730	0.937	0.97	99.0411	0.141
7.44-8.586	0.15	47	0.116	601	0.118	651	0.971	0.981	99.5392	0.118
8.586-10.502	0.113	26	0.115	521	0.115	558	0.983	0.985	98.0287	0.125
10.502-14.794	0.203	14	0.156	420	0.158	443	0.955	0.978	97.9684	0.182
14.794-118.797	0.391	8	0.356	253	0.356	275	0.839	0.87	94.9091	0.466

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