PDB-7z8y: Crystal structure of the SUN1-KASH6 9:6 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z8y

タイトル

Crystal structure of the SUN1-KASH6 9:6 complex

要素

Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
SUN domain-containing protein 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / LINC complex / nuclear structure / microtubules

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / vesicle targeting / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / vesicle fusion / nuclear inner membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Gurusaran, M. / Davies, O.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of SUN1-KASH6 reveals an asymmetric LINC complex architecture compatible with nuclear membrane insertion.
著者: Gurusaran, M. / Erlandsen, B.S. / Davies, O.R.

履歴

登録	2022年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7z8y.ent.gz	217.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7z8y_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z8y_full_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示
XML形式データ	7z8y_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	7z8y_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/7z8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/7z8y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8b46C 8b5xC 6r2iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SUN domain-containing protein 1

B: SUN domain-containing protein 1

C: SUN domain-containing protein 1

D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

ヘテロ分子

74.3 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SUN domain-containing protein 1

B: SUN domain-containing protein 1

C: SUN domain-containing protein 1

D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1

B: SUN domain-containing protein 1

C: SUN domain-containing protein 1

D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1

B: SUN domain-containing protein 1

C: SUN domain-containing protein 1

D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS
223 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.762, 133.762, 106.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 618 through 798 or resid 802 through 811))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 618 through 798 or resid 802 through 811))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 618 through 798 or resid 802 through 811))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	THR	TYR	A	1 - 181
d_1	2	ens_1	TYR	VAL	A	185 - 194
d_2	1	ens_1	THR	TYR	B	1 - 181
d_2	2	ens_1	TYR	VAL	B	185 - 194
d_3	1	ens_1	THR	TYR	C	1 - 181
d_3	2	ens_1	TYR	VAL	C	185 - 194

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.918997833691, -0.110984563934, 0.378319188305), (0.265145091094, -0.536184863008, -0.801376237076), (0.291789414373, 0.83677250149, -0.463325715248)	-3.43904691706, 134.978999185, -19.8695442386
2	given	(0.91961066672, 0.171660380367, 0.353339688497), (-0.247716253122, -0.444685305618, 0.860750624111), (0.304881746902, -0.879083439032, -0.366414284146)	-25.1873547534, 87.1397901653, 104.251443414

#1: タンパク質	SUN domain-containing protein 1 / Protein unc-84 homolog A / Sad1/unc-84 protein-like 1 分子量: 22530.379 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN1, KIAA0810, UNC84A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94901
#2: タンパク質・ペプチド	Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2 / Lymphoid-restricted membrane protein / Protein Jaw1 分子量: 3264.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAG2, JAW1, LRMP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12912
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis Tris 5.5, 0.3 M magnesium formate, 30% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→78.49 Å / Num. obs: 32666 / % possible obs: 67.2 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 35.01 Å² / R_pim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.29→2.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1635 / R_pim(I) all: 0.499

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		data processing
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R2I

6r2i

解像度: 2.29→48.46 Å / SU ML: 0.2519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3037
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2183	1732	5.3 %
R_work	0.1847	30920	-
obs	0.1865	32652	67.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→48.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4944	0	4	228	5176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0036	5100
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7305	6933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0478	740
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	901
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.6544	1858

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.80069211602
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	3.58736597378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.36	0.3343	15	0.2708	224	X-RAY DIFFRACTION	5.92
2.36-2.44	0.3021	28	0.23	534	X-RAY DIFFRACTION	14.04
2.44-2.52	0.3027	50	0.2516	798	X-RAY DIFFRACTION	20.93
2.52-2.63	0.2872	93	0.268	1250	X-RAY DIFFRACTION	33.33
2.63-2.74	0.2951	101	0.2503	2020	X-RAY DIFFRACTION	52.66
2.75-2.89	0.3053	170	0.249	2995	X-RAY DIFFRACTION	78.38
2.89-3.07	0.2634	236	0.2285	3782	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.07-3.31	0.2398	220	0.2002	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.64	0.1966	185	0.1794	3874	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.17	0.203	213	0.1598	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-5.25	0.181	201	0.145	3865	X-RAY DIFFRACTION	100
5.25-48.46	0.1909	220	0.1789	3914	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.87767026936	0.545726917597	-0.403797791083	2.77648217494	-0.169726648214	3.00383143788	-0.112688768485	-0.188305718205	0.0658621598677	-0.102636247407	0.0811616237449	-0.22358723766	-0.157772823871	0.221854923834	0.0405139695763	0.216050976697	0.0638370686902	-0.0722140792026	0.387207481484	-0.0167384691969	0.242911062297	35.4039103246	65.4472463654	40.1014040883
2	1.7337691694	0.342508837969	0.678874523124	2.38738560728	-0.33970535392	2.33603137851	-0.0740243787374	0.0549662069666	0.267276570083	-0.0991854077762	0.0564240427964	0.134238832838	-0.336634008322	-0.0799124868901	-0.0205974318924	0.222234912786	0.0812766041223	-0.0214713276608	0.319481274219	-0.0105361498432	0.20464061844	24.9235922466	67.0471024133	46.1670538388
3	4.45373715566	1.37463161368	1.50124966196	4.31198603417	0.0967345721961	5.17786432437	0.0680416636354	-0.1844036678	-0.533791799034	0.0234829196052	0.0400924845931	-0.273599461137	0.485355497369	-0.0749980722893	-0.0941620713736	0.213366230615	0.137207308434	-0.020706041835	0.356829896065	0.0101201922905	0.273157293814	31.7784584046	50.8611421072	48.8499479704
4	1.04548593331	1.33175116668	0.739626813043	2.88879861792	0.623797514893	5.6541654901	0.29746686481	-0.121862600599	0.126419374518	-0.0779154792829	0.0334764604284	-0.0482586999424	-0.391586461897	-0.0662430325355	-0.0661881387275	0.115909575343	0.0674912005196	-0.0675325135518	0.33558447987	0.0296933645886	0.232635083565	29.011026028	61.6997593572	50.5270552106
5	0.379549209092	0.00180762919263	-0.462660863988	1.58200232138	-0.0811526967167	1.6610166889	-0.0175519786067	0.0620215546103	0.0866239210268	-0.0991259465218	0.0743701607737	-0.213049329164	-0.0539347583941	0.122854701969	-0.075246727624	0.201662841132	0.0797473219756	0.0262483384118	0.324172002975	-0.0217156240055	0.260284644256	32.4127450622	71.9193900371	23.8470961231
6	3.35913996348	0.193250811263	-0.58822849802	6.5150947719	-0.165523869438	4.41499475306	-0.0176742953126	0.295766643559	0.365018040564	-0.653577671674	-0.00891850291797	-0.219868714406	-0.322076245507	0.243009784794	0.0972858198014	0.272157056506	0.0148083168567	0.0663102849715	0.391343333295	-0.00687508045995	0.268023611984	37.6841390767	74.6552642282	11.6764530861
7	2.85730414236	0.178774822501	-0.322734251829	1.98853043078	-0.660678801522	2.11448895494	-0.0344989016396	-0.378900039544	-0.0632189160079	0.279871990863	0.061719185913	-0.345946679586	-0.131448658106	0.57897014792	-0.0159282346997	0.24806665687	-0.00224607685763	-0.0947738699621	0.345313428179	-0.0618412409603	0.30050056731	38.0247906002	80.4623931724	46.8022425962
8	7.44228480256	-0.469126879861	6.82695376587	6.33566050922	-4.66365286031	9.07329737778	-0.54640897212	0.036202842231	0.0818035864175	-0.377766254076	-0.186607213817	-0.488701523971	-1.18272948929	-0.816474538235	0.890415646564	0.370888174513	0.0230332452234	0.105248039345	0.455856670587	-0.00965143656829	0.412389817709	17.1341095953	95.5459072342	28.8506000808
9	3.20136929213	-1.38002858257	0.0703213334607	2.30703570802	-1.72585668668	1.6005292894	-0.123277659939	0.246364630106	-0.362028327918	-0.415158385537	0.0589948677059	0.132810611273	0.079926223218	-0.241057003167	-0.070223865956	0.427489783431	0.079122054132	-0.0231048185325	0.331743181667	-0.103673414255	0.305507323464	13.3740955214	88.5143260255	29.1232166652
10	1.89738390221	0.0960025142824	-1.08133027039	1.46280063808	-0.0165234578026	3.52478341803	-0.0206491281508	0.00167371662514	0.299396609876	-0.0846018131216	0.0195850651575	-0.152928820604	-0.255004419954	0.236965929109	-0.0330924528874	0.307760302117	0.0272103877306	-0.0352117132231	0.197587593825	-0.0480041402511	0.35253245681	28.758018005	91.3247829849	41.4504669617
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13	2.68750072589	-0.306069273336	-1.10470204656	2.60904359216	0.440078483853	4.76616556875	-0.229235119632	-0.136354771901	0.366990309768	0.0694921710959	0.0672712268403	-0.36447366756	-0.581627979812	0.0576367493833	0.161320215199	0.244188323198	0.00609307485698	-0.0606616826008	0.211775459646	-0.0680787049639	0.359313106579	30.2679437098	95.1434433067	40.1505811882
14	5.98932078179	1.32939470661	-4.56116861122	8.23863572166	-2.92470792194	8.11544457978	0.103975714385	0.775868386441	0.746822883987	-0.333187919816	0.201469765943	-0.187073148478	-1.62636290243	0.408218233129	-0.360662248958	0.794100469929	-0.0270469593578	-0.157998294076	0.579807542627	0.0525533776866	0.736624878623	14.2110304562	73.160593427	27.9531998334
15	4.74516201459	-3.99554515164	-6.54696205441	6.51834637011	4.68967428833	9.73364025	-0.310313382007	-0.258795635656	-0.533983360406	0.157780658498	-0.854495791587	0.810776524452	0.448542008442	-0.803980489444	0.683790906397	0.285266562638	0.0411908363083	-0.0788713482272	0.431692545792	-0.0564839671247	0.301354789635	21.613030804	57.9932620616	30.8328274685
16	6.86361610602	6.23439475908	0.377326308708	5.63916579972	0.443740040465	0.445576108145	-0.725361925439	2.01443991313	-1.00302330096	-0.853614719807	0.456768835279	0.540857720189	0.266714409071	-0.542202691387	0.0318934130207	1.05723992576	-0.0155979545981	-0.0471895840267	1.26457879873	-0.283498569927	1.02420746604	17.0199963881	87.0312964762	20.2410664853

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 618 through 665 )	A	A	618 - 665	1 - 48
2	2	chain 'A' and (resid 666 through 738 )	A	A	666 - 738	49 - 121
3	3	chain 'A' and (resid 739 through 789 )	A	A	739 - 789	122 - 172
4	4	chain 'A' and (resid 790 through 811 )	A	A	790 - 811	173 - 194
5	5	chain 'B' and (resid 618 through 738 )	B	B	618 - 738	1 - 121
6	6	chain 'B' and (resid 739 through 811 )	B	B	739 - 811	122 - 194
7	7	chain 'C' and (resid 618 through 656 )	C	C	618 - 656	1 - 39
8	8	chain 'C' and (resid 657 through 667 )	C	C	657 - 667	40 - 50
9	9	chain 'C' and (resid 668 through 686 )	C	C	668 - 686	51 - 69
10	10	chain 'C' and (resid 687 through 727 )	C	C	687 - 727	70 - 110
11	11	chain 'C' and (resid 728 through 772 )	C	C	728 - 772	111 - 155
12	12	chain 'C' and (resid 773 through 789 )	C	C	773 - 789	156 - 172
13	13	chain 'C' and (resid 790 through 811 )	C	C	790 - 811	173 - 194
14	14	chain 'D' and (resid 529 through 544 )	D	D	529 - 544	1 - 16
15	15	chain 'D' and (resid 545 through 555 )	D	D	545 - 555	17 - 27
16	16	chain 'E' and (resid 543 through 555 )	E	E	543 - 555	1 - 13

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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