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- PDB-8b5x: Crystal structure of the SUN1-KASH6 9:6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b5x
タイトルCrystal structure of the SUN1-KASH6 9:6 complex
要素
  • Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
  • SUN domain-containing protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / LINC complex / nuclear structure / microtubules
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / vesicle targeting / homologous chromosome pairing at meiosis / vesicle fusion / lamin binding / nuclear inner membrane ...nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / vesicle targeting / homologous chromosome pairing at meiosis / vesicle fusion / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / azurophil granule membrane / nucleus organization / immune system process / single fertilization / response to mechanical stimulus / protein-membrane adaptor activity / Meiotic synapsis / ossification / spindle pole / nuclear envelope / chromosome / microtubule binding / spermatogenesis / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MRVI1 / MRVI1 protein / SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain-containing protein 1, N-terminal / Mitochondrial RNA binding protein MRP / SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SUN domain-containing protein 1 / Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Erlandsen, B.S. / Gurusaran, M. / Davies, O.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust219413/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of SUN1-KASH6 reveals an asymmetric LINC complex architecture compatible with nuclear membrane insertion.
著者: Gurusaran, M. / Erlandsen, B.S. / Davies, O.R.
履歴
登録2022年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 1
B: SUN domain-containing protein 1
C: SUN domain-containing protein 1
D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6779
ポリマ－77,5245
非ポリマー1534
水5,981332
1
A: SUN domain-containing protein 1
B: SUN domain-containing protein 1
C: SUN domain-containing protein 1
D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1
B: SUN domain-containing protein 1
C: SUN domain-containing protein 1
D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1
B: SUN domain-containing protein 1
C: SUN domain-containing protein 1
D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,03127
ポリマ－232,57315
非ポリマー45812
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.921, 133.921, 106.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 618 - 811 / Label seq-ID: 9 - 202

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.959858490649, 0.123234466303, -0.251962188124), (-0.152114185065, -0.526018342782, -0.836759211338), (-0.235654307474, 0.841497456545, -0.486157462143)-13.8064177585, 36.1539211382, -76.8058755474
2given(0.917560415427, -0.267221554281, -0.29440707357), (0.115504078365, -0.529382464846, 0.840483797461), (-0.380449328981, -0.805199880055, -0.454875215018)2.1132488631, 86.3269337449, -14.1675236982

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要素

#1: タンパク質 SUN domain-containing protein 1 / Protein unc-84 homolog A / Sad1/unc-84 protein-like 1


分子量: 22530.379 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN1, KIAA0810, UNC84A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94901
#2: タンパク質・ペプチド Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2 / Lymphoid-restricted membrane protein / Protein Jaw1


分子量: 4966.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAG2, JAW1, LRMP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12912
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M sodium acetate; 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5 (+25% ethylene glycol cryoprotectant)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6702 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→115.98 Å / Num. obs: 43359 / % possible obs: 57.8 % / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 35.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.984→2.221 Å / Rmerge(I) obs: 2.107 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2170 / CC1/2: 0.663 / Rpim(I) all: 0.458 / % possible all: 10.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8B46

8b46


解像度: 1.98→32.17 Å / SU ML: 0.2158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.0829
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 2257 5.21 %
Rwork0.1733 41068 -
obs0.1753 43325 57.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→32.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4939 0 4 332 5275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00845077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09556898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0608734
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.76561848
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.56379077352
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.88113640443
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.030.151440.281131X-RAY DIFFRACTION2.92
2.03-2.070.1456110.2393275X-RAY DIFFRACTION6.19
2.07-2.130.2132270.2507444X-RAY DIFFRACTION10.06
2.13-2.180.3213340.2295683X-RAY DIFFRACTION15.45
2.18-2.250.2641540.2421932X-RAY DIFFRACTION21.21
2.25-2.320.273580.25081222X-RAY DIFFRACTION27.48
2.32-2.40.2624780.24441702X-RAY DIFFRACTION37.99
2.4-2.50.29481080.2372125X-RAY DIFFRACTION47.93
2.5-2.610.25081360.2362754X-RAY DIFFRACTION61.94
2.61-2.750.27052230.2424031X-RAY DIFFRACTION90.92
2.75-2.920.25122670.21734431X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.150.24642480.18954449X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.460.20432200.17034466X-RAY DIFFRACTION99.96
3.47-3.970.17342370.14764467X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.990.17542540.13484477X-RAY DIFFRACTION99.98
4.99-32.170.20412980.15744479X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2980413952840.3013227008860.6084423629862.54094286720.2193281548411.716629713070.0156510993174-0.0490549271998-0.04725091169840.0696698425950.0366453434169-0.4145984757610.1870710481830.070245946559-0.0133112082080.131593044947-0.0536150616905-0.05995876629340.3643207965570.00331524983670.327958663643-29.794773231738.9580503584-13.9916769698
21.72021989761-1.280300130871.060578880251.74968107644-0.9551067298592.19867845730.06417979407180.045846613329-0.152637753889-0.03860774255870.0521020069810.1931132065970.156829816335-0.0986852086485-0.1546084285960.195592902933-0.0982082352527-0.01239776921460.296058545201-0.006032573545920.212090270422-42.74792656546.7879822506-10.0802053619
32.02697456809-0.146490504130.6285514373644.2697346429-0.3650840717094.88461149598-0.00256604198178-0.209449540245-0.282831205240.4641116770640.00836995204958-0.3889059918390.04140307012110.496623786836-0.04518379821670.16798422961-0.0254039613201-0.1216894531550.374415927081-0.06976028730160.237167900543-27.942754256844.4813976514-2.32136837206
42.14142659970.931193423804-0.7991992777093.193291268551.425824073221.61901426938-0.126707580747-0.0849949306562-0.3210650895870.6187907659820.126996799082-0.3072380661980.272975075990.2375496312420.04663414390480.280404842485-0.0285015843908-0.1263071672340.3748706816880.0005143410172750.228847788923-30.095180027841.1214237347-0.204135434391
51.698633974350.80163191961-0.2323333029992.48782962244-0.6983823486812.741191919980.00835245041446-0.100423812407-0.107418105836-0.0953740698646-0.0238789859434-0.2201130964910.1934293534310.334616956194-0.04301076061580.1993668679610.04099125876530.008709912698620.23842521284-0.07904133264690.235119273425-35.40267095831.771730179-28.9300351556
62.094791896410.04668720282930.1264735096151.756890210030.03087670436633.46900240194-0.0286140044197-0.0409810264183-0.1714394721680.0988862409593-0.00346285837642-0.1133144686420.267144240548-0.02341852847550.01537129107560.267978306768-0.0379168532712-0.004051877074450.139900781938-0.05198589421830.265741706807-42.343772853225.2548125224-25.7069265433
73.734128219111.303962909140.2118480924024.69016150892-0.02997006043352.457280641340.174243091330.455160840665-0.827705663667-0.1506868488870.123543217812-0.4389414553990.5478817912570.37220430117-0.292486267070.3802172574050.05383100144010.02799542910190.212103539958-0.1199604237810.42253226237-35.542112701317.4097396041-31.608430427
88.37427777652-2.461382830263.801628978045.482657954880.9995987231772.679646962130.05816163906721.26668768738-0.363638042562-1.20821564991-0.00942451037956-0.3302099071071.07665060873-0.00644361512250.00200268612080.705164860234-0.0830816318710.1179357567270.412574031228-0.1835547858870.413439272812-39.044689418518.2619355724-43.7008994543
91.9029853946-0.132744581111.651310988811.91283978538-1.493312245774.165738999450.141217601247-0.0700979639689-0.0530177131882-0.15995151021-0.0370622030023-0.2979801248320.4729974881820.39440020778-0.08295556952350.2876785817820.02667277817880.03339796618520.22579569999-0.07961243523830.367626340179-36.647550359120.6826627941-27.9971311932
100.257478145122-0.3947489862870.4099051132222.44010881584-0.04314496952652.78150960572-0.1043532493310.152222286075-0.1123579465030.01328775203880.0822572176539-0.25535427810.07748708150160.268290031525-0.005158987469620.14942458175-0.1008211359950.06445811690580.36897684618-0.01664389857380.231945932973-31.605950923850.4289869125-27.6560291042
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131.77300190226-1.00262965126-0.6555631747492.051377786560.0005849747324446.458799914390.0552251026539-0.0447565977332-0.433642491963-0.08464095605950.266331397325-0.2718097151030.1369063896880.0839453243646-0.1718045096170.129430234034-0.07277301337710.06776817404030.3283425844370.01703598259030.226373452619-37.818448680954.5021793443-37.9800665819
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 618 through 666 )AA618 - 6661 - 49
22chain 'A' and (resid 667 through 712 )AA667 - 71250 - 95
33chain 'A' and (resid 713 through 772 )AA713 - 77296 - 155
44chain 'A' and (resid 773 through 811 )AA773 - 811156 - 194
55chain 'B' and (resid 618 through 670 )BB618 - 6701 - 53
66chain 'B' and (resid 671 through 727 )BB671 - 72754 - 110
77chain 'B' and (resid 728 through 772 )BB728 - 772111 - 155
88chain 'B' and (resid 773 through 789 )BB773 - 789156 - 172
99chain 'B' and (resid 790 through 811 )BB790 - 811173 - 194
1010chain 'C' and (resid 618 through 665 )CC618 - 6651 - 48
1111chain 'C' and (resid 666 through 738 )CC666 - 73849 - 121
1212chain 'C' and (resid 739 through 789 )CC739 - 789122 - 172
1313chain 'C' and (resid 790 through 811 )CC790 - 811173 - 194
1414chain 'D' and (resid 530 through 544 )DD530 - 5441 - 15
1515chain 'D' and (resid 545 through 555 )DD545 - 55516 - 26
1616chain 'E' and (resid 543 through 555 )EE543 - 5551 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る