PDB-8b46: Crystal structure of the SUN1-KASH6 9:9 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b46

タイトル

Crystal structure of the SUN1-KASH6 9:9 complex

要素

Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2
SUN domain-containing protein 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / LINC complex / nuclear structure / microtubules

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / vesicle targeting / homologous chromosome pairing at meiosis / vesicle fusion / lamin binding / nuclear inner membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Gurusaran, M. / Erlandsen, B.S. / Davies, O.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of SUN1-KASH6 reveals an asymmetric LINC complex architecture compatible with nuclear membrane insertion.
著者: Gurusaran, M. / Erlandsen, B.S. / Davies, O.R.

履歴

登録	2022年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b46.cif.gz	334.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b46.ent.gz	225.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b46	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7z8yC 8b5xC 6r2iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SUN domain-containing protein 1

B: SUN domain-containing protein 1

C: SUN domain-containing protein 1

D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

F: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

ヘテロ分子

82.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SUN domain-containing protein 1

B: SUN domain-containing protein 1

C: SUN domain-containing protein 1

D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

F: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1

B: SUN domain-containing protein 1

C: SUN domain-containing protein 1

D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

F: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 1

B: SUN domain-containing protein 1

C: SUN domain-containing protein 1

D: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

E: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

F: Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
248 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.094, 134.094, 106.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "B"
d_3	ens_1	chain "C"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	THR	VAL	A	1 - 194
d_2	1	ens_1	THR	VAL	B	1 - 194
d_3	1	ens_1	THR	VAL	C	1 - 194

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.169459797514, -0.498271938528, -0.850299036988), (-0.773960279246, 0.601421826967, -0.198184944425), (0.610138396739, 0.624513299557, -0.487559509702)	69.8973205265, 40.7043673623, 2.44397908899
2	given	(-0.229817965356, -0.780805732781, 0.580969973798), (-0.398192593424, 0.620134429791, 0.675925992643), (-0.888046373418, -0.0759980042081, -0.453429092599)	44.918272488, 5.44411756421, 63.5507757519

#1: タンパク質	SUN domain-containing protein 1 / Protein unc-84 homolog A / Sad1/unc-84 protein-like 1 分子量: 22530.379 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN1, KIAA0810, UNC84A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94901
#2: タンパク質・ペプチド	Inositol 1,4,5-triphosphate receptor associated 2 / Lymphoid-restricted membrane protein / Protein Jaw1 分子量: 4966.522 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAG2, JAW1, LRMP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12912
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.15 M Magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 3% w/v PEG 6000 (+25% ethylene glycol cryoprotectant)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6702 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6702 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.665→116.129 Å / Num. obs: 70755 / % possible obs: 55.7 % / 冗長度: 21.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.29 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.665→1.889 Å / R_merge(I) obs: 1.887 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3538 / CC_1/2: 0.676 / R_pim(I) all: 0.622 / % possible all: 8.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R2I

6r2i

解像度: 1.67→43.89 Å / SU ML: 0.1671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.8527
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1896	3445	4.87 %
R_work	0.1658	67275	-
obs	0.1669	70720	55.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→43.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4961	0	4	582	5547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0136	5100
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2959	6930
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0761	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0108	901
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7265	1858

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.60819269146
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.85891325112

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.69	0.2808	7	0.2777	98	X-RAY DIFFRACTION	2.09
1.69-1.71	0.3261	22	0.2816	215	X-RAY DIFFRACTION	4.7
1.71-1.74	0.3167	23	0.2629	291	X-RAY DIFFRACTION	6.22
1.74-1.76	0.198	18	0.2868	357	X-RAY DIFFRACTION	7.46
1.76-1.79	0.2545	28	0.2803	447	X-RAY DIFFRACTION	9.5
1.79-1.82	0.284	25	0.2573	562	X-RAY DIFFRACTION	11.52
1.82-1.86	0.2326	33	0.2444	640	X-RAY DIFFRACTION	13.42
1.86-1.89	0.2778	34	0.2505	882	X-RAY DIFFRACTION	18.01
1.89-1.93	0.2223	45	0.2499	1050	X-RAY DIFFRACTION	21.78
1.93-1.97	0.213	70	0.2347	1387	X-RAY DIFFRACTION	28.72
1.97-2.02	0.2316	94	0.2172	1638	X-RAY DIFFRACTION	34.28
2.02-2.07	0.2705	105	0.2179	1997	X-RAY DIFFRACTION	41.66
2.07-2.13	0.2242	129	0.217	2442	X-RAY DIFFRACTION	50.69
2.13-2.19	0.2243	167	0.2107	3033	X-RAY DIFFRACTION	63.2
2.19-2.26	0.2525	227	0.2065	3808	X-RAY DIFFRACTION	79.46
2.26-2.34	0.2469	230	0.2069	4729	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2.34-2.43	0.2428	276	0.1973	4796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.55	0.2544	221	0.1907	4855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.68	0.1952	253	0.1793	4852	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.68-2.85	0.2104	264	0.1756	4803	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.85-3.07	0.1812	226	0.167	4866	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.38	0.1607	229	0.1486	4837	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.38-3.86	0.1614	230	0.1384	4885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.87	0.1568	216	0.1274	4910	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.87-43.89	0.1604	273	0.1599	4895	X-RAY DIFFRACTION	99.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.09123674122	0.886819986332	0.600751743846	0.459997498199	-0.181473313562	1.91319606049	0.0582582086797	-0.0425543670503	-0.357345049175	-0.0376753469786	-0.0155188575413	-0.185469254921	0.259871456697	-0.0265206812209	0.0416161193847	0.200303667527	0.0925708189721	0.000758568657972	0.186417345193	0.0495823433885	0.270482328689	18.8486466431	45.3764667762	39.285137577
2	0.182074907032	-0.104663334816	-0.0574119139198	1.21192378231	-0.820554875884	1.9012896135	0.0157181770239	-0.0684537606396	0.0438771073873	0.0469245527306	0.0462477590637	0.137588573697	-0.0503805823682	-0.205385760559	-0.105774698525	0.141976050292	0.072887569528	-0.00781070994803	0.25600735563	0.0114447850494	0.195422961151	19.1529442475	60.5175596431	43.2365200787
3	3.17398529032	1.26444268388	-0.791190762251	2.02185308889	-1.15712777144	4.95819055487	0.125424374929	-0.335638502383	-0.262136828743	0.239684414588	-0.0989145513995	-0.0334630394869	0.242017476566	0.0649091514837	0.0251719272943	0.242470458838	0.0834705108509	-0.0734416463302	0.219664390047	0.0506150672019	0.213826509641	24.5972712818	46.5547192503	51.0079564038
4	2.79219444329	-0.29208799102	0.97937354775	1.47504130766	1.32123925979	1.62368920458	0.201407090521	-0.49931570628	-0.371051999012	0.334253984864	-0.248603161724	0.092360170062	0.380479379835	-0.202280723372	0.0757314652279	0.259929584125	0.0289872294742	-0.0429309440562	0.319167399512	0.0896208318066	0.198255861356	20.5567884691	46.7159679192	53.1100812256
5	2.8264731337	-0.675227689158	0.179099302985	2.05256663926	-0.388682076044	2.54365719819	-0.0368685184759	0.251140612723	-0.351900846458	-0.13298793884	-0.00684897169404	-0.247405993396	0.715203490319	0.260586399647	0.120317091698	0.319651565585	0.109651394681	0.00308008180777	0.220167686923	-0.0863347765202	0.288614489225	18.0537189677	42.079037863	18.9869539153
6	2.13487228493	-0.0308896346815	-1.70859683462	0.732681169187	-0.580714534654	2.76110155954	0.0202457791789	0.0955760027954	0.126999841855	0.167638164931	-0.0321247821033	-0.1947464435	0.071472413403	0.0485524635471	-0.0154231384346	0.179891756988	0.0261562471836	-0.0516232864205	0.362688959142	-0.0137494104653	0.297255998664	-7.15740991551	56.469617538	35.7337532159
7	3.1362385946	0.0067159878231	-0.390728429518	2.50492540558	0.0865774320009	4.6238946726	0.200634276695	-0.482235941852	0.657512684081	0.416368253029	-0.0374228777005	-0.206230582411	-0.505194517954	-0.374705923565	-0.0983453005178	0.291043270399	0.0120429664309	-0.00137234025317	0.466182822911	-0.0716697691183	0.351350305829	-5.23060494541	61.5395837302	39.5030464973
8	1.91463326403	0.176016361546	0.313989724509	1.53982773038	-0.22987554925	3.26779182033	0.0894716812839	0.0287859643957	-0.224568048513	-0.0424998257429	0.00136447947778	0.0686478666092	0.270927128268	-0.0319503060188	-0.0780941865403	0.143209164588	-0.00796963107947	-0.0321723781732	0.200715718481	-0.0429713836763	0.228871986324	2.30202585482	46.3596161156	24.5378591957
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19	9.2074183804	-1.63132784707	-5.452473759	7.5968785137	2.45733592434	3.52192662168	-0.579256510562	-0.520352618192	-1.5873972561	1.72088447823	-0.168109271165	1.16924816313	1.3922845304	-1.52117929366	0.771504484615	0.841869669726	-0.0899500475726	0.208985011397	0.755927503586	0.00206322631927	0.750499939898	10.8738797908	67.2867233333	37.3105096299
20	7.87125552185	-1.41022727714	2.67313000155	6.95377020708	-4.59165176052	7.36086072165	0.134926151137	0.26032510553	0.501743531766	-0.020096526723	-0.549949639449	-0.324944577821	-0.144707972611	0.533807749841	0.420605535962	0.157096994969	0.0799741815988	-0.015857861132	0.195955926848	-0.0403026807533	0.159368183723	27.4724469865	68.3605908447	34.9478145888
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22	2.674484341	-2.23516823088	-1.02918847075	3.74989729561	2.1673516122	1.46655627697	0.353751162567	0.590504043231	0.24651518454	0.305418559534	-0.298748772472	1.61809288478	-0.510538583064	-0.941668715638	-0.00764485337452	0.296381376553	0.0449660428905	0.0732373898252	0.683166620498	0.0591839589469	0.416486468133	13.7311829671	59.1067269767	13.0110858897

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 618 through 666 )	A	A	618 - 666	1 - 49
2	2	chain 'A' and (resid 667 through 712 )	A	A	667 - 712	50 - 95
3	3	chain 'A' and (resid 713 through 772 )	A	A	713 - 772	96 - 155
4	4	chain 'A' and (resid 773 through 811 )	A	A	773 - 811	156 - 194
5	5	chain 'B' and (resid 618 through 654 )	B	B	618 - 654	1 - 37
6	6	chain 'B' and (resid 655 through 670 )	B	B	655 - 670	38 - 53
7	7	chain 'B' and (resid 671 through 681 )	B	B	671 - 681	54 - 64
8	8	chain 'B' and (resid 682 through 727 )	B	B	682 - 727	65 - 110
9	9	chain 'B' and (resid 728 through 738 )	B	B	728 - 738	111 - 121
10	10	chain 'B' and (resid 739 through 753 )	B	B	739 - 753	122 - 136
11	11	chain 'B' and (resid 754 through 772 )	B	B	754 - 772	137 - 155
12	12	chain 'B' and (resid 773 through 789 )	B	B	773 - 789	156 - 172
13	13	chain 'B' and (resid 790 through 811 )	B	B	790 - 811	173 - 194
14	14	chain 'C' and (resid 618 through 665 )	C	C	618 - 665	1 - 48
15	15	chain 'C' and (resid 666 through 738 )	C	C	666 - 738	49 - 121
16	16	chain 'C' and (resid 739 through 772 )	C	C	739 - 772	122 - 155
17	17	chain 'C' and (resid 773 through 789 )	C	C	773 - 789	156 - 172
18	18	chain 'C' and (resid 790 through 811 )	C	C	790 - 811	173 - 194
19	19	chain 'D' and (resid 530 through 544 )	D	D	530 - 544	1 - 15
20	20	chain 'D' and (resid 545 through 555 )	D	D	545 - 555	16 - 26
21	21	chain 'E' and (resid 543 through 555 )	E	E	543 - 555	1 - 13
22	22	chain 'F' and (resid 553 through 555 )	F	F	553 - 555	1 - 3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)