+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8b46 | ||||||
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Title | Crystal structure of the SUN1-KASH6 9:9 complex | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / LINC complex / nuclear structure / microtubules | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / vesicle targeting / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / vesicle fusion / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / nuclear inner membrane ...nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / vesicle targeting / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / vesicle fusion / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / azurophil granule membrane / immune system process / nucleus organization / single fertilization / ossification / response to mechanical stimulus / protein-membrane adaptor activity / Meiotic synapsis / spindle pole / chromosome / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / nuclear membrane / spermatogenesis / microtubule binding / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.67 Å | ||||||
Authors | Gurusaran, M. / Erlandsen, B.S. / Davies, O.R. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2024 Title: The crystal structure of SUN1-KASH6 reveals an asymmetric LINC complex architecture compatible with nuclear membrane insertion. Authors: Gurusaran, M. / Erlandsen, B.S. / Davies, O.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8b46.cif.gz | 334.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8b46.ent.gz | 225.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8b46.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8b46_validation.pdf.gz | 473.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8b46_full_validation.pdf.gz | 480.7 KB | Display | |
Data in XML | 8b46_validation.xml.gz | 30.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8b46_validation.cif.gz | 45.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/8b46 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7z8yC 8b5xC 6r2iS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 22530.379 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SUN1, KIAA0810, UNC84A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O94901 #2: Protein/peptide | Mass: 4966.522 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IRAG2, JAW1, LRMP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q12912 #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.15 M Magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 3% w/v PEG 6000 (+25% ethylene glycol cryoprotectant) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.6702 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.6702 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.665→116.129 Å / Num. obs: 70755 / % possible obs: 55.7 % / Redundancy: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 25.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.665→1.889 Å / Rmerge(I) obs: 1.887 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3538 / CC1/2: 0.676 / Rpim(I) all: 0.622 / % possible all: 8.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6R2I Resolution: 1.67→43.89 Å / SU ML: 0.1671 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.8527 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.67→43.89 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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