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- PDB-7z8a: Sam68 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z8a
タイトルSam68
要素KHDR1 protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / STAR
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A) binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / mRNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sam68, tyrosine-rich domain / KHDRBS, Qua1 domain / Qua1 domain / Tyrosine-rich domain of Sam68 / KH domain-containing BBP-like / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NITRATE ION / S-1,2-PROPANEDIOL / KHDR1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Nadal, M. / Fuentes-Prior, P.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Other private スペイン
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Structure and function analysis of Sam68 and hnRNP A1 synergy in the exclusion of exon 7 from SMN2 transcripts.
著者: Nadal, M. / Anton, R. / Dorca-Arevalo, J. / Estebanez-Perpina, E. / Tizzano, E.F. / Fuentes-Prior, P.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: KHDR1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,15718
ポリマ－13,1161
非ポリマー1,04217
水86548
1
AAA: KHDR1 protein
ヘテロ分子

AAA: KHDR1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,31436
ポリマ－26,2312
非ポリマー2,08334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/41
Buried area7520 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area14180 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)68.565, 68.565, 83.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 KHDR1 protein


分子量: 13115.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Khdrbs1, MELVER_R13249 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7K8A7M1

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非ポリマー , 5種, 65分子

#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate 2 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.53 Å / Num. obs: 12775 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.3 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 1402 / CC1/2: 0.406

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EMO

5emo


解像度: 2.06→48.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.346 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 625 4.892 %
Rwork0.2037 12150 -
all0.206 --
obs-12775 99.533 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 45.544 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.562 Å20 Å20 Å2
2---1.562 Å20 Å2
3---3.124 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数918 0 68 48 1034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.012989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8561.6551302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5555114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58823.02343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.77815186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.292154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02726
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2250.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.6040.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5943.742459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8885.599572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.744.921530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.9886.83730
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.92374.5833845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.1130.382500.373883X-RAY DIFFRACTION99.7861
2.113-2.1710.326360.326844X-RAY DIFFRACTION99.0991
2.171-2.2340.334440.334830X-RAY DIFFRACTION99.5444
2.234-2.3030.473400.344805X-RAY DIFFRACTION99.5289
2.303-2.3780.401370.272799X-RAY DIFFRACTION99.8805
2.378-2.4620.25450.242766X-RAY DIFFRACTION100
2.462-2.5550.247340.245737X-RAY DIFFRACTION99.7413
2.555-2.6590.258350.221700X-RAY DIFFRACTION99.4587
2.659-2.7770.275380.212696X-RAY DIFFRACTION100
2.777-2.9120.24340.203656X-RAY DIFFRACTION100
2.912-3.0690.22320.2623X-RAY DIFFRACTION100
3.069-3.2550.306280.187601X-RAY DIFFRACTION99.683
3.255-3.4790.203390.186556X-RAY DIFFRACTION99.1667
3.479-3.7570.233340.147514X-RAY DIFFRACTION99.8178
3.757-4.1140.169160.135496X-RAY DIFFRACTION99.2248
4.114-4.5980.133190.133454X-RAY DIFFRACTION99.3697
4.598-5.3050.196150.167406X-RAY DIFFRACTION99.0588
5.305-6.4880.269210.221334X-RAY DIFFRACTION98.0663
6.488-9.1350.219160.204275X-RAY DIFFRACTION98.3108
9.135-48.530.274120.236175X-RAY DIFFRACTION98.4211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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