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- PDB-7z89: Sam68 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z89
タイトルSam68
要素Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Spinal muscular Atrophy
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RNA export from nucleus / Grb2-Sos complex / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / positive regulation of RNA export from nucleus / poly(A) binding / poly(U) RNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of translational initiation / signaling adaptor activity / SH2 domain binding ...regulation of RNA export from nucleus / Grb2-Sos complex / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / positive regulation of RNA export from nucleus / poly(A) binding / poly(U) RNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of translational initiation / signaling adaptor activity / SH2 domain binding / protein tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / mRNA processing / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / T cell receptor signaling pathway / spermatogenesis / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sam68, tyrosine-rich domain / KHDRBS, Qua1 domain / Qua1 domain / Tyrosine-rich domain of Sam68 / KH domain-containing BBP-like / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Nadal, M. / Fuentes-Prior, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Structure and function analysis of Sam68 and hnRNP A1 synergy in the exclusion of exon 7 from SMN2 transcripts.
著者: Nadal, M. / Anton, R. / Dorca-Arevalo, J. / Estebanez-Perpina, E. / Tizzano, E.F. / Fuentes-Prior, P.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1
BBB: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,29821
ポリマ－26,9522
非ポリマー1,34619
水37821
1
AAA: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1
ヘテロ分子

AAA: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, cross-linking
  • 28.7 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,70726
ポリマ－26,9522
非ポリマー1,75524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15180 Å2
2
BBB: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1
ヘテロ分子

BBB: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 27.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,88916
ポリマ－26,9522
非ポリマー93714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4300 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area14810 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)97.778, 97.500, 81.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 144 - 261 / Label seq-ID: 1 - 118

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AAAA
22BBBB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1 / GAP-associated tyrosine phosphoprotein p62 / Src-associated in mitosis 68 kDa protein / Sam68 / p21 ...GAP-associated tyrosine phosphoprotein p62 / Src-associated in mitosis 68 kDa protein / Sam68 / p21 Ras GTPase-activating protein-associated p62 / p68


分子量: 13475.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHDRBS1, SAM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07666
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→48.937 Å / Num. obs: 19107 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.76→2.86 Å / Num. unique obs: 1894 / CC1/2: 0.483

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EMO

5emo


解像度: 2.76→48.937 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 9.838 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.225 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 942 4.93 %
Rwork0.1992 18165 -
all0.201 --
obs-19107 91.976 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 92.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.564 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.466 Å20 Å2
3---4.902 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→48.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1884 0 76 21 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0121981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8491.6572624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1095234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96323.33390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.4915382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.855158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2320.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.8140.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.7498.643942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.80212.9221174
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.4339.5181039
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.25913.851450
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it17.657163.2417390
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0530.053645
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.0530.0501
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.0530.0501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.8320.402800.4721275X-RAY DIFFRACTION90.0931
2.832-2.9090.383630.4321338X-RAY DIFFRACTION94.9187
2.909-2.9930.454550.4261287X-RAY DIFFRACTION94.841
2.993-3.0850.404570.381260X-RAY DIFFRACTION94.8847
3.085-3.1870.364620.2941209X-RAY DIFFRACTION93.9394
3.187-3.2980.306590.2451164X-RAY DIFFRACTION93.2876
3.298-3.4230.249490.2211138X-RAY DIFFRACTION93.7599
3.423-3.5620.209440.2081082X-RAY DIFFRACTION92.5226
3.562-3.720.225840.1821003X-RAY DIFFRACTION92.5106
3.72-3.9020.204790.172959X-RAY DIFFRACTION91.6152
3.902-4.1120.195430.162948X-RAY DIFFRACTION92.5303
4.112-4.3610.149390.16874X-RAY DIFFRACTION91.9436
4.361-4.6620.204410.149836X-RAY DIFFRACTION90.8808
4.662-5.0340.21440.149768X-RAY DIFFRACTION91.0314
5.034-5.5130.211200.17733X-RAY DIFFRACTION89.5363
5.513-6.1620.329350.201638X-RAY DIFFRACTION88.5526
6.162-7.110.277210.209572X-RAY DIFFRACTION87.9822
7.11-8.6970.259320.168481X-RAY DIFFRACTION88.4483
8.697-12.2510.162190.156388X-RAY DIFFRACTION86.2288
12.251-48.9370.271160.248212X-RAY DIFFRACTION79.4425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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