PDB-7z89: Sam68

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z89

タイトル

Sam68

要素

Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Spinal muscular Atrophy

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of RNA export from nucleus / Grb2-Sos complex / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / positive regulation of RNA export from nucleus / poly(A) binding / poly(U) RNA binding / molecular function inhibitor activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / positive regulation of translational initiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Nadal, M. / Fuentes-Prior, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Structure and function analysis of Sam68 and hnRNP A1 synergy in the exclusion of exon 7 from SMN2 transcripts.
著者: Nadal, M. / Anton, R. / Dorca-Arevalo, J. / Estebanez-Perpina, E. / Tizzano, E.F. / Fuentes-Prior, P.

履歴

登録	2022年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z89.cif.gz	65.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z89.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7z89_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7z89_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	7z89_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	7z89_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/7z89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/7z89	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z8aC 7z9aC 7z9bC 7zabC 7zacC 7zafC 7zamC 5emoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

BBB: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

ヘテロ分子

AAA: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, cross-linking
28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

ヘテロ分子

BBB: Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.778, 97.500, 81.919
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 144 - 261 / Label seq-ID: 1 - 118

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Isoform 2 of KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1 / GAP-associated tyrosine phosphoprotein p62 / Src-associated in mitosis 68 kDa protein / Sam68 / p21 ...GAP-associated tyrosine phosphoprotein p62 / Src-associated in mitosis 68 kDa protein / Sam68 / p21 Ras GTPase-activating protein-associated p62 / p68 分子量: 13475.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHDRBS1, SAM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07666
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.57 Å³/Da
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.76→48.937 Å / Num. obs: 19107 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.76→2.86 Å / Num. unique obs: 1894 / CC_1/2: 0.483

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EMO

5emo

解像度: 2.76→48.937 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 9.838 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.225 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2358	942	4.93 %
R_work	0.1992	18165	-
all	0.201	-	-
obs	-	19107	91.976 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.094 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.564 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.466 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.902 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→48.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1884	0	76	21	1981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.849	1.657	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.109	5	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.963	23.333	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.49	15	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.855	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.232	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.814	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.749	8.643	942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.802	12.922	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.433	9.518	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	16.259	13.85	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.657	163.241	7390
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.053	0.05	3645

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.053	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.053	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.76-2.832	0.402	80	0.472	1275	X-RAY DIFFRACTION	90.0931
2.832-2.909	0.383	63	0.432	1338	X-RAY DIFFRACTION	94.9187
2.909-2.993	0.454	55	0.426	1287	X-RAY DIFFRACTION	94.841
2.993-3.085	0.404	57	0.38	1260	X-RAY DIFFRACTION	94.8847
3.085-3.187	0.364	62	0.294	1209	X-RAY DIFFRACTION	93.9394
3.187-3.298	0.306	59	0.245	1164	X-RAY DIFFRACTION	93.2876
3.298-3.423	0.249	49	0.221	1138	X-RAY DIFFRACTION	93.7599
3.423-3.562	0.209	44	0.208	1082	X-RAY DIFFRACTION	92.5226
3.562-3.72	0.225	84	0.182	1003	X-RAY DIFFRACTION	92.5106
3.72-3.902	0.204	79	0.172	959	X-RAY DIFFRACTION	91.6152
3.902-4.112	0.195	43	0.162	948	X-RAY DIFFRACTION	92.5303
4.112-4.361	0.149	39	0.16	874	X-RAY DIFFRACTION	91.9436
4.361-4.662	0.204	41	0.149	836	X-RAY DIFFRACTION	90.8808
4.662-5.034	0.21	44	0.149	768	X-RAY DIFFRACTION	91.0314
5.034-5.513	0.211	20	0.17	733	X-RAY DIFFRACTION	89.5363
5.513-6.162	0.329	35	0.201	638	X-RAY DIFFRACTION	88.5526
6.162-7.11	0.277	21	0.209	572	X-RAY DIFFRACTION	87.9822
7.11-8.697	0.259	32	0.168	481	X-RAY DIFFRACTION	88.4483
8.697-12.251	0.162	19	0.156	388	X-RAY DIFFRACTION	86.2288
12.251-48.937	0.271	16	0.248	212	X-RAY DIFFRACTION	79.4425

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)