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- PDB-7z87: DNA-PK in the active state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z87
タイトルDNA-PK in the active state
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • (X-ray repair cross-complementing protein ...) x 2
  • DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-dependent protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of platelet formation / Ku70:Ku80 complex / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase activity / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / histone H2AXS139 kinase activity ...positive regulation of platelet formation / Ku70:Ku80 complex / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase activity / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / immature B cell differentiation / regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to X-ray / regulation of epithelial cell proliferation / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / nuclear telomere cap complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / telomere capping / IRF3-mediated induction of type I IFN / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / protein localization to chromosome, telomeric region / U3 snoRNA binding / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of neurogenesis / maturation of 5.8S rRNA / T cell lineage commitment / cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / 2-LTR circle formation / B cell lineage commitment / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / hematopoietic stem cell proliferation / telomeric repeat DNA binding / negative regulation of protein phosphorylation / DNA 3'-5' helicase / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / hematopoietic stem cell differentiation / ectopic germ cell programmed cell death / somitogenesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / telomere maintenance via telomerase / site of DNA damage / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / activation of innate immune response / neurogenesis / positive regulation of erythrocyte differentiation / telomere maintenance / cyclin binding / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / peptidyl-serine phosphorylation / protein modification process / cellular response to leukemia inhibitory factor / DNA helicase activity / response to gamma radiation / positive regulation of translation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / regulation of circadian rhythm / brain development / protein destabilization / double-strand break repair via nonhomologous end joining / enzyme activator activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to insulin stimulus / T cell differentiation in thymus / rhythmic process / double-strand break repair / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / heart development / double-stranded DNA binding / scaffold protein binding / DNA recombination / secretory granule lumen / transcription regulator complex / ficolin-1-rich granule lumen / protein phosphorylation / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein kinase activity / chromosome, telomeric region / non-specific serine/threonine protein kinase / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / innate immune response / protein serine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / Neutrophil degranulation
類似検索 - 分子機能
Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, catalytic domain / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-PKcs, CC5 / DNA-PKcs, N-terminal ...Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, catalytic domain / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-PKcs, CC5 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / NUC194 / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / von Willebrand factor, type A domain / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Alpha Horseshoe / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1IX / DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein Ku70 / DNA repair protein Ku80 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Liang, S. / Blundell, T.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Human DNA-dependent protein kinase activation mechanism.
著者: Shikang Liang / Tom L Blundell /
要旨: DNA-dependent protein kinase (DNA-PK), a multicomponent complex including the DNA-PK catalytic subunit and Ku70/80 heterodimer together with DNA, is central to human DNA damage response and repair. ...DNA-dependent protein kinase (DNA-PK), a multicomponent complex including the DNA-PK catalytic subunit and Ku70/80 heterodimer together with DNA, is central to human DNA damage response and repair. Using a DNA-PK-selective inhibitor (M3814), we identified from one dataset two cryo-EM structures of the human DNA-PK complex in different states, the intermediate state and the active state. Here we show that activation of the kinase is regulated through conformational changes caused by the binding ligand and the string region (residues 802-846) of the DNA-PK catalytic subunit, particularly the helix-hairpin-helix motif (residues 816-836) that interacts with DNA. These observations demonstrate the regulatory role of the ligand and explain why DNA-PK is DNA dependent. Cooperation and coordination among binding partners, disordered flexible regions and mechanically flexible HEAT repeats modulate the activation of the kinase. Together with previous findings, these results provide a better molecular understanding of DNA-PK catalysis.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
B: X-ray repair cross-complementing protein 6
C: X-ray repair cross-complementing protein 5
D: DNA (26-MER)
E: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)638,8916
ポリマ－638,4095
非ポリマー4821
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / DNA-PK catalytic subunit / DNA-PKcs / DNPK1 / p460


分子量: 469673.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P78527, non-specific serine/threonine protein kinase

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X-ray repair cross-complementing protein ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 6 / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP- ...5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II 70 kDa subunit / CTC box-binding factor 75 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC6 / Lupus Ku autoantigen protein p70 / Ku70 / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6


分子量: 69945.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC6, G22P1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素- ...参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#3: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 5 / 86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase ...86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II 80 kDa subunit / CTC box-binding factor 85 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC5 / Ku80 / Ku86 / Lupus Ku autoantigen protein p86 / Nuclear factor IV / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining)


分子量: 82812.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC5, G22P2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P13010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#4: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7900.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8078.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 195分子

#6: 化合物 ChemComp-1IX / (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol / Nedisertib


分子量: 481.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21ClFN5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human DNA-dependent protein kinase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影電子線照射量: 47.22 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 275300 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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