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- PDB-7z7e: Crystal structure of p63 DNA binding domain in complex with inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z7e
タイトルCrystal structure of p63 DNA binding domain in complex with inhibitory DARPin G4
要素
  • DARPIN
  • Isoform 4 of Tumor protein 63
キーワードTRANSCRIPTION / p63 DBD / DARPin / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / negative regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / polarized epithelial cell differentiation / proximal/distal pattern formation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / skin morphogenesis / cranial skeletal system development / sympathetic nervous system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / hair follicle morphogenesis / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / WW domain binding / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of epidermal cell division / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / odontogenesis of dentin-containing tooth / epithelial cell development / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / keratinocyte proliferation / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / MDM2/MDM4 family protein binding / Notch signaling pathway / stem cell proliferation / determination of adult lifespan / skeletal system development / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / protein tetramerization / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cellular senescence / p53 binding / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / dendrite / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) ...Tumour protein p63, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Strubel, A. / Gebel, J. / Chaikuad, A. / Muenick, P. / Doetsch, V.
資金援助 ドイツ, カナダ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DO 545/13-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DO 545/18-1 ドイツ
The Structural Genomics Consortium (SGC)1097737 カナダ
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2022
タイトル: Designed Ankyrin Repeat Proteins as a tool box for analyzing p63.
著者: Strubel, A. / Munick, P. / Chaikuad, A. / Dreier, B. / Schaefer, J. / Gebel, J. / Osterburg, C. / Tuppi, M. / Schafer, B. / Knapp, S. / Pluckthun, A. / Dotsch, V.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 4 of Tumor protein 63
B: DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7273
ポリマ－39,6622
非ポリマー651
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Purified proteins co-migrate on size exclusion chromatography, hence forming a stable complex., immunoprecipitation, DARPin immunoprecipitates full length p63 protein from ...根拠: gel filtration, Purified proteins co-migrate on size exclusion chromatography, hence forming a stable complex., immunoprecipitation, DARPin immunoprecipitates full length p63 protein from cell lysate of human cells.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.578, 96.578, 77.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Isoform 4 of Tumor protein 63 / p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / ...p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p40 / p51


分子量: 22752.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP63, KET, P63, P73H, P73L, TP73L / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3D4
#2: タンパク質 DARPIN


分子量: 16908.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3350 0.2M Li2SO4 0.1M HEPES / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.29 Å / Num. obs: 37301 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.012 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9-48.291.70.0153580.9990.0150.022
1.8-1.841.90.31622110.8260.3160.447

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHASER位相決定
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3US0

3us0


解像度: 1.8→48.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.33 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 1865 5 %
Rwork0.1967 35434 -
all0.199 --
obs-37299 95.99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 40.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.398 Å20.199 Å20 Å2
2--0.398 Å2-0 Å2
3----1.293 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2679 0 1 186 2866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.6433721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3561.5785929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.255348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.80122.941136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48415441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8891515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1770.22424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.21318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21265
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1590.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1580.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7154.1441401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7134.1421400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8946.1891746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8926.1911747
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1394.5241335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1384.5261336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9546.6321975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9526.6341976
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.48849.572963
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.49249.4672938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8470.3151370.3142611X-RAY DIFFRACTION96.3534
1.847-1.8970.341340.2882552X-RAY DIFFRACTION96.6883
1.897-1.9520.3281280.2672431X-RAY DIFFRACTION96.2754
1.952-2.0120.2761180.2642243X-RAY DIFFRACTION89.5336
2.012-2.0780.2851200.2532269X-RAY DIFFRACTION95.1414
2.078-2.1510.3041210.232300X-RAY DIFFRACTION97.5816
2.151-2.2320.2441150.2112185X-RAY DIFFRACTION97.5403
2.232-2.3230.2951130.2092143X-RAY DIFFRACTION97.5357
2.323-2.4270.2891080.2072054X-RAY DIFFRACTION97.9167
2.427-2.5450.2681020.2071936X-RAY DIFFRACTION98.0279
2.545-2.6830.276970.2131854X-RAY DIFFRACTION96.92
2.683-2.8450.285870.2181640X-RAY DIFFRACTION91.0385
2.845-3.0410.281840.2231597X-RAY DIFFRACTION94.2793
3.041-3.2850.231820.2081561X-RAY DIFFRACTION98.4422
3.285-3.5980.239760.2051453X-RAY DIFFRACTION98.8365
3.598-4.0210.23690.1611311X-RAY DIFFRACTION98.5011
4.021-4.6420.178610.1521151X-RAY DIFFRACTION96.5737
4.642-5.680.214460.161885X-RAY DIFFRACTION87.0907
5.68-8.0150.289420.181790X-RAY DIFFRACTION99.4026
8.015-48.290.199250.153468X-RAY DIFFRACTION98.7976

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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