[日本語] English
万見
- PDB-7z73: Crystal structure of p63 tetramerization domain in complex with d... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z73
タイトルCrystal structure of p63 tetramerization domain in complex with darpin 8F1
要素
  • Darpin 8F1
  • Isoform 2 of Tumor protein 63
キーワードDNA BINDING PROTEIN / p63 / TP63 / darpin / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / positive regulation of keratinocyte proliferation / establishment of planar polarity / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / positive regulation of keratinocyte proliferation / establishment of planar polarity / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / negative regulation of keratinocyte differentiation / polarized epithelial cell differentiation / proximal/distal pattern formation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / skin morphogenesis / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / sympathetic nervous system development / cranial skeletal system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / WW domain binding / hair follicle morphogenesis / epithelial cell development / positive regulation of Notch signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / regulation of epidermal cell division / positive regulation of stem cell proliferation / odontogenesis of dentin-containing tooth / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / negative regulation of cellular senescence / keratinocyte proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Pyroptosis / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / stem cell proliferation / skeletal system development / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Metabolic Genes / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / protein tetramerization / promoter-specific chromatin binding / p53 binding / cellular senescence / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / neuron apoptotic process / damaged DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / dendrite / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) ...Tumour protein p63, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Strubel, A. / Doetsch, V. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2022
タイトル: Designed Ankyrin Repeat Proteins as a tool box for analyzing p63.
著者: Strubel, A. / Munick, P. / Chaikuad, A. / Dreier, B. / Schaefer, J. / Gebel, J. / Osterburg, C. / Tuppi, M. / Schafer, B. / Knapp, S. / Pluckthun, A. / Dotsch, V.
履歴
登録2022年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Tumor protein 63
B: Isoform 2 of Tumor protein 63
C: Isoform 2 of Tumor protein 63
D: Isoform 2 of Tumor protein 63
E: Darpin 8F1
F: Darpin 8F1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6526
ポリマ－56,6526
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12070 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area21470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.563, 50.761, 65.858
Angle α, β, γ (deg.)80.930, 79.920, 68.750
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17E
27F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLNGLNAA360 - 4055 - 50
21GLUGLUGLNGLNBB360 - 4055 - 50
12ASPASPGLNGLNAA359 - 4014 - 46
22ASPASPGLNGLNCC359 - 4014 - 46
13GLUGLUGLNGLNAA360 - 4015 - 46
23GLUGLUGLNGLNDD360 - 4015 - 46
14GLUGLUGLNGLNBB360 - 4015 - 46
24GLUGLUGLNGLNCC360 - 4015 - 46
15GLUGLUGLNGLNBB360 - 4015 - 46
25GLUGLUGLNGLNDD360 - 4015 - 46
16GLUGLUGLNGLNCC360 - 4015 - 46
26GLUGLUGLNGLNDD360 - 4015 - 46
17SERSERALAALAEE2 - 1252 - 125
27SERSERALAALAFF2 - 1252 - 125

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

#1: タンパク質
Isoform 2 of Tumor protein 63 / p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / ...p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p40 / p51


分子量: 7380.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP63, KET, P63, P73H, P73L, TP73L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3D4
#2: タンパク質 Darpin 8F1


分子量: 13565.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M bis-tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→47.06 Å / Num. obs: 21523 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 82692 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.27-2.353.90.542811220910.90.3180.6282.291.5
8.79-47.063.80.03215113970.9950.0190.0383098.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3zuv, 4a9z

3zuv

4a9z


解像度: 2.27→47.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2431 / WRfactor Rwork: 0.1953 / FOM work R set: 0.8036 / SU B: 15.867 / SU ML: 0.178 / SU R Cruickshank DPI: 0.3363 / SU Rfree: 0.2323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2349 1065 4.9 %RANDOM
Rwork0.1872 ---
obs0.1896 20456 92.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 173.83 Å2 / Biso mean: 63.288 Å2 / Biso min: 33.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.37 Å20.27 Å21.08 Å2
2--3 Å22.06 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3508 0 0 51 3559
Biso mean---55.15 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133579
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2441.6434847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2281.5837860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0395430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.61323.951205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.18415642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7491518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02790
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A13560.13
12B13560.13
21A11710.17
22C11710.17
31A11720.16
32D11720.16
41B11470.17
42C11470.17
51B11590.17
52D11590.17
61C11550.15
62D11550.15
71E39020.1
72F39020.1
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.329 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 65 -
Rwork0.255 1482 -
all-1547 -
obs--90.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.25211.5835-2.9151.5047-2.18423.4790.00870.0728-0.0671-0.10790.040.13880.13770.1049-0.04880.1061-0.00370.03820.11540.07580.109714.3604-37.7515-53.2549
23.3171-1.9319-1.32154.59451.35330.76470.18530.1381-0.0286-0.247-0.2582-0.0344-0.0555-0.08450.07290.13640.08910.08590.06560.04640.07361.6443-33.165-43.0849
34.0153-2.9726-0.8192.6552.53888.66680.10430.2231-0.39320.1472-0.12120.30460.7578-0.00080.01690.19060.01980.05750.17060.05180.120511.4393-34.3704-55.8577
42.15130.5602-0.5441.9466-1.65982.35380.1941-0.30950.2198-0.0185-0.03570.272-0.10720.0313-0.15840.09690.00590.07240.06370.01030.133-16.948-21.9092-26.4774
52.67610.8233-3.72230.2873-0.98857.5280.0631-0.22770.1256-0.0178-0.10120.04370.08140.47060.0380.1210.0860.03920.09010.01850.02963.94-29.67-42.7908
61.677-0.114-0.26771.9490.5482.0608-0.0539-0.0331-0.05710.01310.03420.03430.04920.18910.01960.03470.03030.040.03790.03210.047432.6145-39.5648-73.5647
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A359 - 406
2X-RAY DIFFRACTION2B360 - 407
3X-RAY DIFFRACTION3C359 - 402
4X-RAY DIFFRACTION4E1 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5D360 - 401
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 126

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る