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万見
- PDB-7z76: Crystal structure of compound 10 in complex with the bromodomain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z76
タイトルCrystal structure of compound 10 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Probable global transcription activator SNF2L2
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / PROTAC / Complex / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / regulation of cellular response to hypoxia / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of nucleotide-excision repair ...bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / regulation of cellular response to hypoxia / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of nucleotide-excision repair / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intermediate filament cytoskeleton / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of cell differentiation / spermatid development / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / positive regulation of myoblast differentiation / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / ATP-dependent activity, acting on DNA / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / helicase activity / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / negative regulation of cell growth / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / RMTs methylate histone arginines / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / nervous system development / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-macromolecule adaptor activity / histone binding / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / hydrolase activity / protein ubiquitination / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain ...BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / Elongin B / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Ubiquitin family / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin homologues / helicase superfamily c-terminal domain / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IFJ / IODIDE ION / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Probable global transcription activator SNF2L2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Bader, G. / Boettcher, J. / Wolkerstorfer, B.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Research Promotion Agency871904 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A selective and orally bioavailable VHL-recruiting PROTAC achieves SMARCA2 degradation in vivo.
著者: Kofink, C. / Trainor, N. / Mair, B. / Wohrle, S. / Wurm, M. / Mischerikow, N. / Roy, M.J. / Bader, G. / Greb, P. / Garavel, G. / Diers, E. / McLennan, R. / Whitworth, C. / Vetma, V. / Rumpel, ...著者: Kofink, C. / Trainor, N. / Mair, B. / Wohrle, S. / Wurm, M. / Mischerikow, N. / Roy, M.J. / Bader, G. / Greb, P. / Garavel, G. / Diers, E. / McLennan, R. / Whitworth, C. / Vetma, V. / Rumpel, K. / Scharnweber, M. / Fuchs, J.E. / Gerstberger, T. / Cui, Y. / Gremel, G. / Chetta, P. / Hopf, S. / Budano, N. / Rinnenthal, J. / Gmaschitz, G. / Mayer, M. / Koegl, M. / Ciulli, A. / Weinstabl, H. / Farnaby, W.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,77112
ポリマ－55,8064
非ポリマー1,9668
水12,106672
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.469, 101.395, 69.131
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質 Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 14380.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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非ポリマー , 3種, 680分子

#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物 ChemComp-IFJ / (2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[(2~{R})-1-[4-(4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl)piperidin-1-yl]propan-2-yl]oxy-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 1077.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H70BrN9O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 14.5 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 5.8, 100 mM sodium iodide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→66.59 Å / Num. obs: 104311 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.32→1.45 Å / Num. unique obs: 5216 / CC1/2: 0.51

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T35, 4QY4

5t35

4qy4


解像度: 1.32→33.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Blow DPI: 0.064 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.061
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 5233 5.02 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.179 104311 71.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 108.8 Å2 / Biso mean: 27.12 Å2 / Biso min: 10.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4077 Å20 Å2-0.2302 Å2
2--0.3925 Å20 Å2
3----0.8003 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.32→33.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3632 0 80 672 4384
Biso mean--16.53 39.43 -
残基数----449
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1363SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes678HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3805HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion490SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4910SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3805HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5168HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.19
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.41 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2721 112 5.37 %
Rwork0.2336 1975 -
all0.2357 2087 -
obs--8.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69520.32850.1821.8598-0.49571.70550.0285-0.1058-0.06030.1381-0.0460.07610.1315-0.02920.0175-0.0126-0.0090.0133-0.05590.0112-0.05662.4747-8.949312.197
21.0338-0.0430.22910.6779-0.64041.8541-0.01590.0192-0.0875-0.0656-0.0603-0.0640.15160.17830.0762-0.01810.01360.0157-0.0250.0117-0.03987.0096-5.2344-5.0671
31.19710.13460.41130.2938-0.03640.41440.00330.067-0.0675-0.04810.0048-0.00130.0131-0.0317-0.0081-0.02180.0081-0.0001-0.00320.0001-0.0264-13.61993.5455-21.593
40.6721-0.1896-0.45490.8205-0.16221.54780.11990.15830.0107-0.1635-0.01660.123-0.3147-0.1182-0.10330.02550.0221-0.0242-0.03580.0162-0.0739-32.919916.3392-45.4071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B17 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C60 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1377 - 1489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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