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- PDB-7z71: Crystal structure of p63 DBD in complex with darpin C14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z71
タイトルCrystal structure of p63 DBD in complex with darpin C14
要素
  • Darpin C14
  • Isoform 4 of Tumor protein 63
キーワードDNA BINDING PROTEIN / p63 / TP63 / darpin / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / positive regulation of keratinocyte proliferation / establishment of planar polarity / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / female genitalia morphogenesis / positive regulation of keratinocyte proliferation / establishment of planar polarity / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / negative regulation of keratinocyte differentiation / polarized epithelial cell differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / proximal/distal pattern formation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / skin morphogenesis / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / cranial skeletal system development / sympathetic nervous system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / hair follicle morphogenesis / WW domain binding / regulation of epidermal cell division / positive regulation of Notch signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / epithelial cell development / positive regulation of stem cell proliferation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / odontogenesis of dentin-containing tooth / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / negative regulation of cellular senescence / keratinocyte proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Pyroptosis / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / stem cell proliferation / skeletal system development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Metabolic Genes / protein tetramerization / promoter-specific chromatin binding / cellular senescence / p53 binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / spermatogenesis / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / dendrite / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) ...Tumour protein p63, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Strubel, A. / Doetsch, V. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2022
タイトル: Designed Ankyrin Repeat Proteins as a tool box for analyzing p63.
著者: Strubel, A. / Munick, P. / Chaikuad, A. / Dreier, B. / Schaefer, J. / Gebel, J. / Osterburg, C. / Tuppi, M. / Schafer, B. / Knapp, S. / Pluckthun, A. / Dotsch, V.
履歴
登録2022年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform 4 of Tumor protein 63
B: Darpin C14
C: Isoform 4 of Tumor protein 63
D: Darpin C14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9026
ポリマ－78,7714
非ポリマー1312
水12,394688
1
A: Isoform 4 of Tumor protein 63
B: Darpin C14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4513
ポリマ－39,3862
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
2
C: Isoform 4 of Tumor protein 63
D: Darpin C14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4513
ポリマ－39,3862
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.033, 63.930, 65.504
Angle α, β, γ (deg.)114.460, 94.600, 104.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAILEILEAA125 - 3205 - 200
21ALAALAILEILECC125 - 3205 - 200
12ASPASPALAALABB3 - 1593 - 159
22ASPASPALAALADD3 - 1593 - 159

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 4 of Tumor protein 63 / p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / ...p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p40 / p51


分子量: 22752.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP63, KET, P63, P73H, P73L, TP73L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3D4
#2: タンパク質 Darpin C14


分子量: 16632.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44.64 Å / Num. obs: 58153 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.85-1.913.80.119.557680.9750.0840.16192.6
7.17-44.643.60.0249950.9990.0150.02891

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3qyn, 6fpb

3qyn

6fpb


解像度: 1.85→42.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.005 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.1219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1812 2857 4.9 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.1439 55294 91.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.01 Å2 / Biso mean: 27.074 Å2 / Biso min: 14.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20.06 Å2-0.2 Å2
2--0.07 Å21.15 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→42.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5334 0 2 688 6024
Biso mean--23.93 35.15 -
残基数----699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0135504
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.6437503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4531.57912104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0445716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.7523.456272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52715919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8041529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.026318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021156
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A56520.12
12C56520.12
21B48360.08
22D48360.08
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 206 -
Rwork0.147 4159 -
all-4365 -
obs--92.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.359-0.18580.11340.5202-0.22580.57110.0360.00950.0324-0.0308-0.0232-0.0004-0.0011-0.0448-0.01280.0461-0.0057-0.03380.05410.02560.055722.550925.200936.4866
20.257-0.33710.28950.9456-0.15091.57030.01760.01750.03-0.0117-0.0473-0.1008-0.039800.02970.0258-0.0079-0.03350.03510.02980.067629.411228.41238.844
30.433-0.16990.55040.2402-0.16020.73040.10330.0164-0.0258-0.0843-0.05070.03980.1347-0.0116-0.05270.0504-0.0051-0.04110.06760.03110.061119.098424.316332.2493
43.42891.4426-0.78551.07450.65072.29130.03210.0257-0.27890.01230.0575-0.22-0.04860.1332-0.08960.0282-0.0257-0.0410.03920.03530.138834.073445.224914.7828
50.94370.0576-0.19060.58970.04410.35620.0008-0.0556-0.0039-0.01310.007-0.0365-0.0517-0.0455-0.00780.0275-0.0023-0.03020.04280.03730.070212.881441.815715.9965
65.5074-4.03842.29986.5799-2.26154.3842-0.0085-0.19420.10560.3867-0.0250.1793-0.1498-0.21780.03350.045-0.00020.02870.12650.0380.0641-2.587841.060427.0247
70.3988-0.3380.04271.3952-0.39050.55730.031-0.0280.0291-0.0147-0.0549-0.03830.00970.01680.02390.0284-0.0065-0.030.01530.01420.061312.93543.1613.4715
80.43110.16570.08080.7951-0.31020.2590.0373-0.01070.0297-0.0014-0.01580.01540.0357-0.0218-0.02150.0457-0.0029-0.03140.02850.01740.07558.66061.0522.4679
90.04540.14750.01012.6545-1.0050.52270.020.00310.02040.0424-0.06880.0416-0.00760.06350.04880.033-0.0055-0.01740.03190.0210.116319.29296.7813.8989
104.49760.354-0.21461.04350.10792.55720.0289-0.08070.12360.0049-0.05810.21840.2859-0.33480.02920.0431-0.0417-0.03260.05070.00010.1684-0.775727.0726-4.1448
111.05030.2696-0.17360.6008-0.08180.4148-0.04530.0419-0.0492-0.0721-0.00770.0561-0.01840.02040.0530.0345-0.0161-0.04590.0160.0160.091816.36930.1754-6.1655
121.9093-0.0629-0.22762.04280.31833.147-0.08810.0864-0.1429-0.2534-0.0746-0.26210.00080.49120.16270.04080.00720.02530.09360.04450.12133.965627.6979-10.7929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A125 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2A212 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3A291 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 26
5X-RAY DIFFRACTION5B27 - 144
6X-RAY DIFFRACTION6B145 - 159
7X-RAY DIFFRACTION7C125 - 219
8X-RAY DIFFRACTION8C220 - 290
9X-RAY DIFFRACTION9C291 - 320
10X-RAY DIFFRACTION10D3 - 26
11X-RAY DIFFRACTION11D27 - 116
12X-RAY DIFFRACTION12D117 - 159

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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