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- PDB-7z4t: AAL160 FAB IN COMPLEX WITH HUMAN INTERLEUKIN-1 BETA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z4t
タイトルAAL160 FAB IN COMPLEX WITH HUMAN INTERLEUKIN-1 BETA
要素
  • AAL160 Fab heavy-chain
  • AAL160 light-chain
  • Interleukin-1 beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / OTHER / MONOCLONAL ANTIBODY / IL-1B / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process ...positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / : / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of tight junction disassembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / fever generation / positive regulation of fever generation / regulation of establishment of endothelial barrier / CLEC7A/inflammasome pathway / Interleukin-1 processing / negative regulation of synaptic transmission / response to carbohydrate / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / response to ATP / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cell division / regulation of neurogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of MAP kinase activity / Pyroptosis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / JNK cascade / positive regulation of glial cell proliferation / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic nuclear division / regulation of insulin secretion / secretory granule / positive regulation of protein export from nucleus / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / Interleukin-1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rondeau, J.M. / Lehmann, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: "Redirecting an anti-IL-1 beta antibody to bind a new, unrelated and computationally predicted epitope on hIL-17A".
著者: Fischman, S. / Levin, I. / Rondeau, J.M. / Strajbl, M. / Lehmann, S. / Huber, T. / Nimrod, G. / Cebe, R. / Omer, D. / Kovarik, J. / Bernstein, S. / Sasson, Y. / Demishtein, A. / Shlamkovich, ...著者: Fischman, S. / Levin, I. / Rondeau, J.M. / Strajbl, M. / Lehmann, S. / Huber, T. / Nimrod, G. / Cebe, R. / Omer, D. / Kovarik, J. / Bernstein, S. / Sasson, Y. / Demishtein, A. / Shlamkovich, T. / Bluvshtein, O. / Grossman, N. / Barak-Fuchs, R. / Zhenin, M. / Fastman, Y. / Twito, S. / Vana, T. / Zur, N. / Ofran, Y.
履歴
登録2022年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: AAL160 Fab heavy-chain
I: Interleukin-1 beta
L: AAL160 light-chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1243
ポリマ－65,1243
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)185.795, 37.167, 97.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 AAL160 Fab heavy-chain


分子量: 24228.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
#2: タンパク質 Interleukin-1 beta / IL-1 beta / Catabolin


分子量: 17395.832 Da / 分子数: 1 / Fragment: Fab light-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mature form / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1B, IL1F2 / プラスミド: pET derived / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1 / 参照: UniProt: P01584
#3: 抗体 AAL160 light-chain


分子量: 23500.119 Da / 分子数: 1 / Fragment: Interleukin-1beta / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TRIS pH 8.5, 2.0M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月27日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48 Å / Num. obs: 9427 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 67.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 5.28 / Num. measured all: 38916
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1032 / Χ2: 1.02 / % possible all: 86.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20001.9.1データ削減
SCALEPACK1.6.1データスケーリング
AMoRE3.4位相決定
BUSTER2.11.8 (20-OCT-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I1B

2i1b


解像度: 3.3→29.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.605
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2689 969 10.47 %RANDOM
Rwork0.2376 ---
obs0.2409 9257 98.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 109.58 Å2 / Biso mean: 62.82 Å2 / Biso min: 31.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.6814 Å20 Å25.7981 Å2
2--1.5167 Å20 Å2
3----11.1981 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4456 0 0 0 4456
残基数----576
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2647SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1387HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4563HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion595SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5831SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8926HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16104HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.57
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 23 11.92 %
Rwork0.3096 170 -
all0.3056 193 -
obs--89.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.12990.3335-0.00470.40710.21240.4285-0.06670.20340.2899-0.0805-0.09070.09210.03820.00910.15740.07150.0331-0.0627-0.22920.06720.07-42.4449-1.736176.3475
26.2589-0.0127-0.2245.2803-0.33735.0348-0.39520.38440.45-0.1690.2982-0.1467-0.25330.67860.0971-0.2614-0.2524-0.08610.12870.12-0.2528-1.70256.644159.5986
35.99670.284-0.44880.3883-0.010.8887-0.54951.01850.3142-0.27460.06420.2260.0443-0.04960.48520.0161-0.1471-0.1199-0.12160.0641-0.0792-50.5663-4.922160.2395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|* }H1 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2{ I|* }I3 - 153
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }L1 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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